由于理想的生物標(biāo)志物可以有效地標(biāo)記器官、組織、系統(tǒng)、細(xì)胞結(jié)構(gòu)或功能的改變或潛在發(fā)生改變的生化指標(biāo),對于疾病的預(yù)防、診斷、監(jiān)控、預(yù)后和治療起到非常重要的作用。近幾年來,越來越多研究表明microRNAs（非編碼單鏈RNA分子,miRNAs）和微生物在很多基本的生物過程中有著重要的作用,其中之一便是致病作用。所以嘗試從miRNAs和微生物中尋找和發(fā)現(xiàn)潛在的理想生物標(biāo)志物成為了目前研究的一個(gè)熱點(diǎn)問題。然而僅依靠昂貴且耗時(shí)的生物驗(yàn)證實(shí)驗(yàn)是遠(yuǎn)遠(yuǎn)不夠的。隨著各種各樣的生物型數(shù)據(jù)集的公開,人們開始利用計(jì)算機(jī)模型從不同角度去預(yù)測潛在的miRNA與疾病以及微生物與疾病的相互關(guān)系,從而挑選出高相關(guān)性的候選關(guān)系對優(yōu)先進(jìn)行實(shí)驗(yàn)驗(yàn)證,從而大大加快優(yōu)質(zhì)生物標(biāo)志物的發(fā)現(xiàn),以及促進(jìn)對各種人類復(fù)雜疾病發(fā)病機(jī)理的理解。本文主要工作包括:（1）對所需生物數(shù)據(jù)集進(jìn)行獲取與收集,通過數(shù)據(jù)清洗和預(yù)處理后,從中通過相關(guān)計(jì)算方法計(jì)算出疾病語義類似性,miRNA功能類似性以及高斯作用譜核相似性。（2）提出基于路徑的miRNA與疾病關(guān)聯(lián)關(guān)系預(yù)測模型PBMDA,其主要原理是構(gòu)建雙色異構(gòu)計(jì)算網(wǎng)絡(luò),然后基于這一網(wǎng)絡(luò)采用一種特殊的深度遍歷搜索算... 

【文章來源】：深圳大學(xué)廣東省

【文章頁數(shù)】：60 頁

【學(xué)位級別】：碩士

【部分圖文】：

胸腺癌在MeSH數(shù)據(jù)庫中的顯示

圖 2-1 胸腺癌在 MeSH 數(shù)據(jù)庫中的顯示如圖 2-2 所示，點(diǎn)擊“MeSHTreeStructures”，可以清楚看出胸腺癌是屬于 Neoplas04]和 Skin and Connective Tissue Diseases [C17]兩種大類疾病中的子類。根據(jù)這個(gè)疾類系統(tǒng)，我們可以有效地找出不同疾病之間可能存在的關(guān)聯(lián)。

疾病與生物標(biāo)志物的關(guān)聯(lián)關(guān)系預(yù)測模型研究這種表達(dá)數(shù)據(jù)比較稀缺，并不是所有 miRNA 的表達(dá)數(shù)據(jù)都能獲已知的關(guān)聯(lián)關(guān)系對，疾病的語義類似性，希望從 miRNA 在疾病iRNA 的功能類似性。結(jié)果，發(fā)現(xiàn) miRNA 的功能類似性與之前測高度相關(guān)（R=0.05,P=2.70*10-12, 皮爾遜相關(guān)系數(shù)）。而且通過實(shí)，處于同一種群（Family 或 Cluster）的 miRNA 也呈現(xiàn)出較高的P=2.7*10-52, t-test）。所以本文采用這份 miRNA 的功能類似性，用了方便計(jì)算，一個(gè) nm*nm 規(guī)模的矩陣 FS 會(huì)被用于記錄對應(yīng)的以 FS(i,j)的值表示第 i 個(gè) miRNA 與第 j 個(gè) miRNA 的功能類似性

【參考文獻(xiàn)】：
期刊論文
[1]miRNA（microRNA）家族的研究進(jìn)展[J]. 葉茂,陳躍磊,明鎮(zhèn)寰.  生物化學(xué)與生物物理進(jìn)展. 2003(03)



本文編號：2972716