【摘要】：背景:厭氧菌是臨床腹腔感染、盆腔感染、膽道感染、復(fù)雜性皮膚軟組織感染及血流感染常見病原菌,由于其分離培養(yǎng)及鑒定困難,多數(shù)臨床實(shí)驗(yàn)室不常規(guī)開展厭氧培養(yǎng)、鑒定和藥敏試驗(yàn)。基質(zhì)輔助激光解吸電離飛行時(shí)間質(zhì)譜(MALDI-TOF MS)在臨床微生物領(lǐng)域的應(yīng)用,為提升臨床實(shí)驗(yàn)厭氧菌鑒定能力提供了契機(jī)。除國(guó)際主流品牌設(shè)備,我國(guó)也有國(guó)產(chǎn)自主知識(shí)產(chǎn)權(quán)的微生物MALDI-TOF MS被研發(fā)并進(jìn)入臨床應(yīng)用,但尚無(wú)對(duì)此類設(shè)備厭氧菌的鑒定能力的系統(tǒng)評(píng)價(jià)。受到培養(yǎng)鑒定技術(shù)的限制,對(duì)于厭氧菌感染臨床通常只能依賴經(jīng)驗(yàn)性治療,我國(guó)缺少臨床分離厭氧菌對(duì)常用抗菌藥物敏感性方面的資料,因而對(duì)其耐藥機(jī)制及發(fā)生率也缺少系統(tǒng)性評(píng)價(jià),因而本研究旨在對(duì)4種MALDI-TOF MS和VITEK 2 ANC鑒定卡對(duì)臨床分離厭氧菌的鑒定能力進(jìn)行比對(duì)評(píng)估,對(duì)厭氧菌中最常見的脆弱擬桿菌群進(jìn)行抗菌藥物體外敏感性測(cè)定和耐藥機(jī)制研究。方法:收集2010年至2017年臨床分離厭氧菌及厭氧菌參考菌株,以16S rRNA基因測(cè)序作為鑒定參考方法,評(píng)價(jià) VITEK MS、Clin-ToF-Ⅱ MS、Autof MS 1000 和 M-Discover 100四種MALDI-TOF MS及VITEK 2 ANC鑒定卡對(duì)臨床相關(guān)厭氧菌的鑒定能力。選取厭氧菌感染最常見的脆弱擬桿菌群細(xì)菌138株,使用美國(guó)臨床與實(shí)驗(yàn)室標(biāo)準(zhǔn)化研究所(CLSI)所推薦的瓊脂稀釋法,測(cè)定其對(duì)19種臨床常用抗菌藥物的體外敏感性。PCR 擴(kuò)增耐藥基因 CfiA IS、cepA、cfxA、nim、ermF、mefA、tetQ 和 tetX,以及脆弱擬桿菌腸毒素基因bft。對(duì)14株碳青霉烯類耐藥脆弱擬桿菌和3株碳青霉烯類敏感脆弱擬桿菌進(jìn)行全基因組測(cè)序,進(jìn)行抗菌藥物耐藥基因、毒力基因分析,與NCBI Genome數(shù)據(jù)庫(kù)中7株參考菌株,一起進(jìn)行SNP分析并構(gòu)建系統(tǒng)發(fā)生樹。結(jié)果:共收集479株厭氧菌,經(jīng)16SrRNA基因測(cè)序鑒定為25個(gè)屬、71個(gè)種。VITEK MS、Clin-ToF-Ⅱ MS、Autof MS 1000、M-Discover 100 和 VITEK 2 ANC 鑒定卡在種水平和混合種水平正確鑒定率分別為86.0%、83.7%、92.5%、89.4%和88.6%,在屬水平正確鑒定率分別為89.1%、93.9%、99.2%、97.1%和94.2%。5種鑒定系統(tǒng)結(jié)果間有統(tǒng)計(jì)學(xué)差異。在種水平及混合種水平的正確鑒定上,VITEK MS、Clin-ToF-Ⅱ MS和M-Discover 100三者間沒(méi)有統(tǒng)計(jì)學(xué)差異,VITEK 2 ANC鑒定卡分別與VITEK MS及Clin-ToF-Ⅱ MS間沒(méi)有統(tǒng)計(jì)學(xué)差異,Autof MS 1000和M-Discover 100間沒(méi)有統(tǒng)計(jì)學(xué)差異,Autof MS 1000 分別顯著優(yōu)于 VITEK MS、Clin-ToF-Ⅱ MS 和 VITEK 2 ANC 鑒定卡(P0.005)、M-Discover 100 顯著優(yōu)于 VITEK 2 ANC 鑒定卡(P0.005)。根據(jù) CLSI 藥敏標(biāo)準(zhǔn),在19種被測(cè)抗菌藥物中,138株脆弱擬桿菌群菌株對(duì)甲硝唑和氯霉素敏感率最高,分別為99.3%和92.8%;其次為碳青霉烯類藥物和哌拉西林/他唑巴坦,敏感率為76.8%-79.0%;耐藥率最高的是氨芐西林、四環(huán)素和克林霉素(89.9%-99.3%)。研究菌株對(duì)厄他培南、亞胺培南和美羅培南的耐藥率為19.6%-22.5%。脆弱擬桿菌群菌株中 cfiA、IS、cepA、cfxA、nim、ermf、AtetQ、tetX和 bff 基因陽(yáng)性率分別 37.7%、13.8%、55.1%、33.3%o、0%、77.4%、8.8%、92.8%、11.6%和 0%。全基因組測(cè)序菌株中,每株菌發(fā)現(xiàn)2-7種耐藥基因,14株碳青霉烯耐藥菌株均攜帶cfiA,發(fā)現(xiàn)cepA陽(yáng)性5株、ermF陽(yáng)性15株、tetQ陽(yáng)性16株、tetX 陽(yáng)性1株;分析未發(fā)現(xiàn)產(chǎn)毒株。系統(tǒng)發(fā)育分析顯示14株耐藥菌株均在同一cluster,而3株敏感菌株在同一cluster。結(jié)論:五種鑒定系統(tǒng)均能滿足臨床厭氧菌鑒定需求,與國(guó)際主流設(shè)備VITEK MS相比,3種國(guó)產(chǎn)MALDI-TOF MS鑒定能力與之相當(dāng)或具有顯著性優(yōu)勢(shì)。臨床分離脆弱擬桿菌群菌株對(duì)甲硝唑和氯霉素最為敏感,但對(duì)包括碳青霉烯類在內(nèi)的抗菌藥物出現(xiàn)多重耐藥,且耐藥率及耐藥基因攜帶率高于其他國(guó)家和我國(guó)既往研究報(bào)道,應(yīng)引起臨床高度關(guān)注。未發(fā)現(xiàn)甲硝唑耐藥基因nim和腸毒素基因bft陽(yáng)性菌株。
【圖文】：

１．菌株基本信息逡逑研宄共收集來(lái)自非重復(fù)患者的脆弱擬桿菌群細(xì)菌１３８株，其中３４株（２４．６％）逡逑來(lái)自急診患者，１０４株（７５．４％）來(lái)自住院患者（圖１）。來(lái)自住院患者的菌株中，逡逑分離自內(nèi)科病房、外科病房、重癥醫(yī)學(xué)（ＩＣＵ）病房及婦產(chǎn)科病房的菌株數(shù)分別為逡逑３５邋株（２５．４％）、３３邋株（２３．９％）、１８邋株（１３．０％）和邋１８邋株（１３．０％）。來(lái)自急診的邋３４逡逑株菌株中，２５株（１８．１％）來(lái)自急診內(nèi)科患者、６株（４．３％）來(lái)自急診外科患者、３逡逑株（２．２％）來(lái)自急診婦產(chǎn)科患者。來(lái)自內(nèi)科病房的３５株菌株中，２１株（１５．２％）來(lái)逡逑自于內(nèi)分泌科的糖尿病足患者，另有１株來(lái)自急診的菌株也分離自糖尿病足患者，逡逑糖尿病足患者感染部位分離株占總收集菌株數(shù)的１５．９％。來(lái)自外科病房的３３株菌中逡逑有２４株（１７．４％）來(lái)自基本外科，均為盆腹腔或消化道感染患者。來(lái)自ＩＣＵ病房的逡逑１８株菌株中，來(lái)自內(nèi)科ＩＣＵ和外科ＩＣＵ各９株，均占總株數(shù)的６．５％。來(lái)自婦產(chǎn)科病逡逑房的１８株菌株中，１６株（１１．６％）來(lái)自婦科患者，２株（１．４％）來(lái)自產(chǎn)科患者，，另逡逑有２株分離自急診婦科患者、１株分離自急診產(chǎn)科患者，分離自婦科急診和病房患逡逑者的菌株數(shù)共計(jì)１８株（１３．１０％）

圖２．所有脆弱擬桿菌群菌株、碳青霉烯類敏感菌株和碳青霉烯類不敏感菌株體外抗逡逑菌藥物敏感率比較（ＣＬＳＩ抗菌藥物敏感性試驗(yàn)標(biāo)準(zhǔn)）逡逑－邐—＾ｉ＝＝ｉ＾ｉ＝＝＝ｉｒ＝ｉＰ逡逑．夢(mèng)邋０邐S緬澹掊危掊危阱澹掊宕╁澹掊義希掊澹掊澹澹澹澹掊澹掊澹掊澹掊澹澹義稀鰣澹幔歟戾澹簦瑁邋澹椋螅錚歟幔簦澹簀澹ǎ睿劍保常福╁巍鰣澹悖幔潁猓幔穡澹睿澹礤澹螅酰螅悖澹穡簦椋猓歟邋澹ǎ睿劍罰常╁澹悖幔潁猓幔穡澹睿澹礤澹睿錚睿螅酰螅悖澹穡簦椋猓歟邋澹ǎ睿劍叮擔(dān)╁義

本文編號(hào)：2664231