【摘要】： 本文以2006年至2007年福建沿岸海域游泳動(dòng)物調(diào)查4個(gè)航次的底拖網(wǎng)漁獲軟骨魚(yú)類(lèi)為研究對(duì)象,對(duì)該海域的軟骨魚(yú)類(lèi)資源現(xiàn)狀進(jìn)行分析;對(duì)部分軟骨魚(yú)類(lèi)的線粒體COI基因進(jìn)行PCR擴(kuò)增和測(cè)序,對(duì)所得線粒體COI基因序列進(jìn)行分析,并構(gòu)建系統(tǒng)進(jìn)化樹(shù);同時(shí)采用AFLP技術(shù)對(duì)福建沿岸海域軟骨魚(yú)類(lèi)進(jìn)行系統(tǒng)進(jìn)化的初步研究。主要結(jié)果如下: 1.分析了2006年至2007年福建沿岸海域游泳動(dòng)物調(diào)查共4個(gè)航次的底拖網(wǎng)漁獲物中軟骨魚(yú)類(lèi)的種類(lèi)組成、數(shù)量、資源密度、棲息密度及其季節(jié)變化。結(jié)果表明:4個(gè)航次共捕獲軟骨魚(yú)類(lèi)17種,隸屬于5目9科9屬,其中鲼形目最多,有9種。春、夏、秋、冬4個(gè)航次分別捕獲軟骨魚(yú)類(lèi)8、13、15、9種;條紋斑竹鯊、何氏鰩、光沖、奈氏沖、日本單鰭電鰩和小眼沖在4個(gè)航次均有捕獲。4個(gè)航次捕獲的軟骨魚(yú)類(lèi)占該海域魚(yú)類(lèi)總漁獲量的15.99%;平均資源密度和平均棲息密度分別為99.38 kg/km2和295.81 ind/km2,平均資源密度以夏季最高,為170.28 kg/km2,平均棲息密度則以秋季最高,為504.73 ind/km2。4個(gè)海域中,閩東近岸海域的平均資源密度最大,為200.77 kg/km2;春季和冬季,廈門(mén)近岸海域的平均資源密度最大,夏季和秋季則以閩東近岸海域的平均資源密度最大。17種軟骨魚(yú)類(lèi)中,出現(xiàn)頻率最高的是尖嘴沖,為27.08%;資源密度最大的是奈氏沖,為21.52kg/km2;條紋斑竹鯊的棲息密度最大,為86.25 ind/km2。條紋斑竹鯊的優(yōu)勢(shì)度指數(shù)最高,為756.52。條紋斑竹鯊和尖嘴沖是福建沿岸海域軟骨魚(yú)類(lèi)的優(yōu)勢(shì)種。 2.通過(guò)PCR擴(kuò)增獲得福建沿岸海域15種軟骨魚(yú)類(lèi)共74個(gè)個(gè)體的COI基因618 bp長(zhǎng)度的同源序列,共有35種單倍型。35種單倍型的618 bp同源序列中,有267個(gè)可變位點(diǎn),包括253個(gè)簡(jiǎn)約信息位點(diǎn)和14個(gè)單突變子,無(wú)插入和缺失位點(diǎn)。T、C、A、G各堿基的平均含量分別為31.8%、26.2%、25.4%和16.6%。所有種類(lèi)的G含量都較低(14.7%～18.3%)。A+T含量平均值57.2%,高于G+C含量(42.8%)。第1、2、3密碼子位點(diǎn)的A+T含量平均值分別為45.5%、57.2%和68.7%。所有位點(diǎn)的平均轉(zhuǎn)換/顛換比值為1.4,其中第1密碼子位點(diǎn)的轉(zhuǎn)換/顛換比值最高(5.0),而第3密碼子位點(diǎn)的轉(zhuǎn)換值(52)和顛換值(43)均顯著高于第1、第2密碼子位點(diǎn)。根據(jù)Kimura雙參數(shù)模型計(jì)算15種軟骨魚(yú)類(lèi)74個(gè)個(gè)體的遺傳距離,沖鰩類(lèi)個(gè)體間平均遺傳距離為0.1626,鯊類(lèi)個(gè)體間平均遺傳距離為0.0851,鯊類(lèi)和沖鰩類(lèi)間的遺傳距離為0.2664;74個(gè)個(gè)體間的平均遺傳距離為0.1936。對(duì)35種單倍型序列和鬼形兔銀鮫(Hydrolagus lemures)的同源序列進(jìn)行聚類(lèi)分析,得到NJ系統(tǒng)樹(shù)。系統(tǒng)樹(shù)顯示,同種個(gè)體聚類(lèi)成一支,同屬的所有種類(lèi)也都聚在一起,聚類(lèi)結(jié)果與傳統(tǒng)分類(lèi)體系吻合。結(jié)果表明,線粒體COI基因序列可用于所研究的幾種軟骨魚(yú)類(lèi)的種類(lèi)鑒定和系統(tǒng)分類(lèi)研究。 3.利用AFLP技術(shù)對(duì)福建沿岸海域14種軟骨魚(yú)類(lèi)進(jìn)行了分類(lèi)的初步研究。利用6對(duì)選擇性擴(kuò)增引物(E-AAG/M-CTA,E-AGG/M-CCG,E-ACG/M-CCG,E-AGG/M-CAG,E-ACC/M-CTA,E-ACC/M-CCG),在71個(gè)個(gè)體中共擴(kuò)增出241個(gè)AFLP可檢測(cè)位點(diǎn),其中236個(gè)為多態(tài)位點(diǎn),多態(tài)位點(diǎn)比率為96.7%。每對(duì)引物擴(kuò)增出的可檢測(cè)位點(diǎn)數(shù)為39～44個(gè),平均40.2個(gè)。Popgene統(tǒng)計(jì)結(jié)果顯示種間遺傳距離為0.1308～0.5720。其中奈氏沖(Dasyatis navarrae)與赤沖(Dasyatis akajei)之間的遺傳距離最低(0.1308),尖頭斜齒鯊(Scoliodon sorrakowah)與日本單鰭電鰩(Narke japonica)之間的遺傳距離最高(0.5720)。UPGMA聚類(lèi)結(jié)果顯示同種個(gè)體聚在一起,表明AFLP技術(shù)可用于屬以下階元的系統(tǒng)分類(lèi)研究。
【圖文】：

圖 3.3 COI 基因片段的 N J 樹(shù)（圖中數(shù)字為 N j 的置信度）Fig.3.3 The NJ tree of mitochondrial COI gene sequences豚（Sousa chinensis）和糙齒海豚（Steno bredanensis）COI 基因 G 含量分別%和 16.2%，A+T 含量分別為 58.5%、58.3%和 58.3%，黃鯛（Dentex tumifro的 G 含量為 24.3%，A+T 含量(54.7%)高于含量 G+C(45.3%)；凡納濱對(duì)蝦namei）COI 基因片段的 G 含量為 18.2%，A+T 含量為 62.6%［91］，中華絨螯蟹(ensis )COI 基因片段的 G 含量為 20.0%，A+T 含量為 62.3%［92］。中華哲水蚤icus）的 G 含量為 22.5% ，，A+T 含量為 58.3%［93］。可見(jiàn) A+T 含量較高，G 含量為普遍。本研究發(fā)現(xiàn)在各密碼子位點(diǎn)中，分別有 80.0%和 93.5%的堿基轉(zhuǎn)換和顛換發(fā)子位點(diǎn)。第 3 密碼子可變位點(diǎn)較多（204），占總可變位點(diǎn)（267）的 76.4%的鰩類(lèi)中 88%的替代也發(fā)生在第 3 密碼子[67]�？梢�(jiàn)，第 3 密碼子位點(diǎn)變異子可變位點(diǎn)較少（5），僅占總可變位點(diǎn)（267）的 1.9%，表明第 2 密碼子位密碼子位點(diǎn)突變率差異產(chǎn)生的原因是 DNA 水平上受自然選擇壓力的影響[86]

40圖 4.1 引物組合 E-AAG/M-CTA 對(duì)部分軟骨魚(yú)類(lèi)個(gè)體的擴(kuò)增圖A representative gel showing amplification result of some individuals using combination E-AAG/M-CTA 14 種軟骨魚(yú)類(lèi)間的遺傳相似度和遺傳距離據(jù) 6 種 AFLP 引物組合的檢測(cè)結(jié)果，采用 Popgene 軟件計(jì)算 14 種軟骨魚(yú)類(lèi)之度和遺傳距離, 結(jié)果顯示個(gè)體間遺傳距離為 0.1308～0.5720（表 4.3）。其asyatis navarrae)與赤沖(Dasyatis akajei)之間的遺傳距離最低(0.1308)(Scoliodon sorrakowah)與日本單鰭電鰩(Narke japonica)之間的遺傳距離0）。
【學(xué)位授予單位】：集美大學(xué)
【學(xué)位級(jí)別】：碩士
【學(xué)位授予年份】：2010
【分類(lèi)號(hào)】：S932.4

【參考文獻(xiàn)】

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本文編號(hào)：2593618