【摘要】：蛋白質(zhì)-多肽間相互作用是計(jì)算生物學(xué)中的熱門方向,對(duì)其結(jié)合的精確預(yù)測(cè)對(duì)于了解體內(nèi)復(fù)雜的信號(hào)通路以及蛋白質(zhì)功能,及進(jìn)一步進(jìn)行藥物設(shè)計(jì)有著至關(guān)重要的作用。蛋白質(zhì)-多肽對(duì)接方法能夠有效地模擬蛋白質(zhì)-多肽間相互作用,其對(duì)接性能直接決定模擬實(shí)驗(yàn)的準(zhǔn)確性和成功與否。針對(duì)當(dāng)前主要的蛋白質(zhì)-多肽對(duì)接方法,綜合測(cè)試了其算法性能;同時(shí)將本實(shí)驗(yàn)室開發(fā)的基于全信息粒子群算法的分子對(duì)接工具FIPSDock(Fully-Informed-ParticleSwarm-Dock)延伸到蛋白質(zhì)-多肽對(duì)接領(lǐng)域,并評(píng)估其性能。利用標(biāo)準(zhǔn)蛋白質(zhì)-多肽對(duì)接數(shù)據(jù)集(pepti DB)的21個(gè)測(cè)試?yán)?3個(gè)定制測(cè)試?yán)M(jìn)行性能測(cè)試,主要對(duì)比分析了各算法的成功率和對(duì)接精度。結(jié)果表明FIPSDock可用于蛋白質(zhì)-多肽對(duì)接,并相對(duì)于其他對(duì)接算法展示出優(yōu)異的性能。
[Abstract]:Protein-polypeptide interaction is a hot topic in computational biology. Accurate prediction of its binding is essential for understanding complex signaling pathways and protein functions in vivo and for further drug design. The protein-polypeptide docking method can simulate the protein-polypeptide interaction effectively, and its docking performance directly determines the accuracy and success of the simulation experiment. Aiming at the main protein-polypeptide docking methods, the performance of the algorithm is comprehensively tested, and the molecular docking tool FIPSDock (Fully-Informed-ParticleSwarm-Dock) based on full information particle swarm optimization is extended to the protein-polypeptide docking field. And evaluate its performance. Using 21 test cases and 13 custom test cases of standard protein-polypeptide docking data set (pepti DB), the success rate and docking accuracy of each algorithm are compared and analyzed. The results show that FIPSDock can be used for protein-polypeptide docking, and shows excellent performance compared with other docking algorithms.
【作者單位】： 大連理工大學(xué)軟件學(xué)院;大連理工大學(xué)IT服務(wù)工程與管理研究所;大連理工大學(xué)生命科學(xué)與技術(shù)學(xué)院;
【基金】：國(guó)家自然科學(xué)基金委員會(huì)與中國(guó)民用航空局聯(lián)合資助項(xiàng)目(No.U1233110) 中央高�；究蒲袠I(yè)務(wù)費(fèi)(No.DUT13JR01)
【分類號(hào)】：Q811.4;TP18

【相似文獻(xiàn)】

相關(guān)期刊論文 前8條

1 張有廣,李煒疆;分子對(duì)接的隨機(jī)聚點(diǎn)搜索算法[J];生物物理學(xué)報(bào);2001年01期

2 趙麗琴,肖軍海,李松;分子對(duì)接在基于結(jié)構(gòu)藥物設(shè)計(jì)中的應(yīng)用[J];生物物理學(xué)報(bào);2002年03期

3 李建;梅虎;龍?jiān)?劉麗;楊力;;雌激素β受體喹啉類配體的分子對(duì)接及3D-QSAR研究[J];化學(xué)學(xué)報(bào);2009年21期

4 朱春玉;李雪嬌;張力;段艷婷;劉宏生;;基于分子對(duì)接技術(shù)篩選中草藥中潛在的H1N1病毒神經(jīng)氨酸酶抑制劑[J];生物信息學(xué);2012年04期

5 詹冬玲;邵鴻澤;韓葳葳;劉景圣;;嗜熱酯酶EstTs1的遠(yuǎn)源三維結(jié)構(gòu)模建及分子對(duì)接[J];吉林大學(xué)學(xué)報(bào)(理學(xué)版);2011年06期

6 羅麗萍;余小平;韓彬;陳祥燕;彭曉莉;陳瑋;周杰;李遂焰;;花青素主要成分與HER-2激酶區(qū)的分子對(duì)接[J];生物工程學(xué)報(bào);2014年03期

7 邢家強(qiáng);劉曉凡;竇強(qiáng);林杰;魏至棟;;風(fēng)疹病毒E1蛋白與受體結(jié)合特定結(jié)合域的預(yù)測(cè)[J];中國(guó)生物制品學(xué)雜志;2014年06期

8 ;[J];;年期

相關(guān)會(huì)議論文 前7條

1 楊帆;劉艾林;;分子對(duì)接應(yīng)用與研究進(jìn)展[A];藥學(xué)發(fā)展前沿論壇及藥理學(xué)博士論壇論文集[C];2008年

2 廖莎;白芳;李洪林;;金屬特異性打分函數(shù)設(shè)計(jì)[A];中國(guó)化學(xué)會(huì)第28屆學(xué)術(shù)年會(huì)第14分會(huì)場(chǎng)摘要集[C];2012年

3 張圣虎;高士祥;;酚類化合物與辣根過(guò)氧化物酶作用的3D-QSAR和分子對(duì)接研究[A];中國(guó)毒理學(xué)會(huì)環(huán)境與生態(tài)毒理學(xué)專業(yè)委員會(huì)第二屆學(xué)術(shù)研討會(huì)暨中國(guó)環(huán)境科學(xué)學(xué)會(huì)環(huán)境標(biāo)準(zhǔn)與基準(zhǔn)專業(yè)委員會(huì)2011年學(xué)術(shù)研討會(huì)會(huì)議論文集[C];2011年

4 孫清;時(shí)國(guó)慶;鄧乾民;;利用分子對(duì)接軟件預(yù)測(cè)PFOA與人血清白蛋白的結(jié)合位點(diǎn)[A];中國(guó)毒理學(xué)會(huì)第五次全國(guó)學(xué)術(shù)大會(huì)論文集[C];2009年

5 李麗娜;蘇莉;張曉昀;黃曉燕;單志杰;翟紅林;;關(guān)于HIV-1非核苷類逆轉(zhuǎn)錄酶抑制劑藥物的三維定量構(gòu)效關(guān)系和分子對(duì)接研究[A];第十一屆全國(guó)計(jì)算（機(jī)）化學(xué)學(xué)術(shù)會(huì)議論文摘要集[C];2011年

6 劉欣;胡燕;崔一然;張冰;劉小青;;基于分子對(duì)接技術(shù)的辛熱藥藥性表達(dá)研究[A];第四屆全國(guó)中醫(yī)藥博士生優(yōu)秀論文專輯[C];2013年

7 范春雷;田男;胡林峰;錢穎;沃興德;;基于固醇調(diào)控通路膽固醇競(jìng)爭(zhēng)結(jié)合靶點(diǎn)的新藥篩選與機(jī)制研究[A];第十二屆全國(guó)脂質(zhì)與脂蛋白學(xué)術(shù)會(huì)議論文匯編[C];2014年

相關(guān)博士學(xué)位論文 前10條

1 康玲;藥物分子對(duì)接優(yōu)化模型與算法研究[D];大連理工大學(xué);2009年

2 李正夫;藥物分子對(duì)接優(yōu)化算法及在云平臺(tái)中的應(yīng)用[D];大連理工大學(xué);2014年

3 徐淑坦;基于多目標(biāo)差分進(jìn)化的分子對(duì)接算法研究[D];吉林大學(xué);2015年

4 李純蓮;藥物設(shè)計(jì)中分子對(duì)接優(yōu)化設(shè)計(jì)的算法和軟件研究[D];大連理工大學(xué);2004年

5 張娛;腈和苯酚與相關(guān)降解酶之間的分子對(duì)接研究[D];湖南大學(xué);2014年

6 鄭清川;蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)及分子對(duì)接的理論研究[D];吉林大學(xué);2006年

7 殷勇;以PI3K為靶點(diǎn)的抗腫瘤化合物的設(shè)計(jì)、合成及生物活性評(píng)價(jià)[D];南京大學(xué);2015年

8 尹玲;新型肽脫甲酰基酶抑制劑的設(shè)計(jì)、合成與生物活性研究[D];山東大學(xué);2010年

9 張金亮;新型非肽類小分子Caspase-3抑制劑的設(shè)計(jì)、合成、活性檢測(cè)與分子對(duì)接研究[D];吉林大學(xué);2009年

10 龐小東;蛋白質(zhì)和配體相互作用研究以及小肽抑制劑設(shè)計(jì)方法初探[D];復(fù)旦大學(xué);2010年

相關(guān)碩士學(xué)位論文 前10條

1 方虎林;基質(zhì)金屬蛋白酶-7抑制劑選擇性的分子對(duì)接研究[D];延邊大學(xué);2015年

2 宋向崗;基于分子對(duì)接技術(shù)探討中藥川芎治療腦缺血的物質(zhì)基礎(chǔ)及分子作用機(jī)制[D];廣東藥學(xué)院;2015年

3 張菘;計(jì)算機(jī)輔助設(shè)計(jì)高活性小分子新型SAHA衍生物及其合成與生物活性評(píng)價(jià)[D];廣東藥學(xué)院;2015年

4 馬少杰;激酶Src多靶點(diǎn)抑制劑的3D-QSAR、分子對(duì)接及分子動(dòng)力學(xué)研究[D];廣東藥學(xué)院;2015年

5 王志;新型含氟羥甲基戊二酰輔酶A還原酶抑制劑的分子設(shè)計(jì)[D];上海應(yīng)用技術(shù)學(xué)院;2015年

6 敖燕;分子對(duì)接構(gòu)象搜索優(yōu)化策略與算法研究[D];電子科技大學(xué);2014年

7 武明威;MCHR1拮抗劑結(jié)合機(jī)理的計(jì)算機(jī)輔助研究[D];大連理工大學(xué);2015年

8 姚輝;基于最優(yōu)搜索理論的分子對(duì)接研究[D];電子科技大學(xué);2015年

9 張麗;基于云平臺(tái)的分子對(duì)接設(shè)計(jì)與實(shí)現(xiàn)[D];電子科技大學(xué);2015年

10 劉振;新德里金屬β-內(nèi)酰胺酶抑制劑的設(shè)計(jì)、合成與活性研究[D];中國(guó)海洋大學(xué);2015年

，

本文編號(hào)：2246792