本文關(guān)鍵詞：遺傳算法模擬生物多序列比對(duì)之交叉算子優(yōu)化

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【摘要】：為優(yōu)化生物多序列比對(duì)問(wèn)題,降低計(jì)算難度,提高計(jì)算效率,采用遺傳算法模擬多序列比對(duì),構(gòu)造了四種簡(jiǎn)單的交叉算子及三種后處理方式,分析交叉算子和交叉后處理方式對(duì)多序列比對(duì)結(jié)果的影響。通過(guò)實(shí)驗(yàn)比較,結(jié)果表明多行橫向交叉的計(jì)算效果最好,后處理方式cross4to2能有效縮短計(jì)算時(shí)間,二者相結(jié)合能很大提高遺傳算法的計(jì)算效率,從而達(dá)到優(yōu)化多序列比對(duì)的目的.
【作者單位】： 海南師范大學(xué)數(shù)學(xué)與統(tǒng)計(jì)學(xué)院;
【關(guān)鍵詞】： 多序列比對(duì) 遺傳算法 交叉算子 后處理 計(jì)算效率
【基金】：海南省自然科學(xué)基金項(xiàng)目(20151003) 國(guó)家自然科學(xué)基金項(xiàng)目(71361008) 海南省重點(diǎn)項(xiàng)目(ZDXM20130080)
【分類號(hào)】：Q811.4;TP18
【正文快照】： 多重序列比對(duì)(multiple sequence alignment,MSA)問(wèn)題是生物信息學(xué)中一個(gè)尚未解決的問(wèn)題,它是一個(gè)NP組合優(yōu)化問(wèn)題,想要找到復(fù)雜性為多項(xiàng)式的精確算法是不可能的[1],因此,求得多重序列比對(duì)問(wèn)題的近似解具有實(shí)際意義.遺傳算法(GA)借用了生物遺傳學(xué)的觀點(diǎn),通過(guò)選擇、交叉、變異等

【相似文獻(xiàn)】

中國(guó)期刊全文數(shù)據(jù)庫(kù) 前10條

1 張敏,方偉武,張俊華,遲忠先;一種新的迭代漸進(jìn)多序列比對(duì)算法[J];計(jì)算機(jī)工程與應(yīng)用;2005年02期

2 趙英杰;王正志;;基于結(jié)構(gòu)信息的RNA多序列比對(duì)[J];生物醫(yī)學(xué)工程研究;2009年01期

3 鄒權(quán);郭茂祖;韓英鵬;李文濱;;多序列比對(duì)算法的研究進(jìn)展[J];生物信息學(xué);2010年04期

4 高峰;李防震;王s，

本文編號(hào)：1106253