發(fā)布時間：2017-05-03 06:06

  本文關鍵詞：基于質譜篩選差異表達蛋白的統(tǒng)計學方法研究，由筆耕文化傳播整理發(fā)布。

【摘要】：準確、高效地篩選差異表達的蛋白質是基于質譜的定量蛋白質組學的重要研究內容之一,是發(fā)現(xiàn)生物標志物的先決條件,對疾病的早期診斷具有促進作用。但是差異分析方法較難選擇、蛋白質定量信息缺失較多、篩選結果質量參差不齊等挑戰(zhàn)一直存在于定量差異分析工作中。本文在前人的研究基礎上,針對這些問題做了以下三個方面的工作：(i)在含有內標的真實蛋白質組學數(shù)據(jù)D1和D2上,評估了包含Welth檢驗、置換檢驗、ROTs、SAM和EBRCT法在內的五種有代表性的差異篩選統(tǒng)計方法,同時合理控制了檢驗結果的質量,通過比較ROC曲線、pAUC、TPR、FPR和FDR,證實了在D1和D2中,針對定量差異分析問題,結合經(jīng)典統(tǒng)計理論與貝葉斯理論的統(tǒng)計方法和從其他組學借鑒的方法是不錯的選擇。(ii)根據(jù)蛋白質組學定量信息缺失的特點,在D1的基礎上,模擬了九個含有不同缺失比例的數(shù)據(jù),分別進行含有57種不同插補次數(shù)的鏈式等式多重插補,通過比較插補前后的絕對Pearson相關系數(shù)、平均MAD和平均MSD,可知多重插補的效果與插補次數(shù)和缺失比例相關,當缺失比例不變時,插補次數(shù)越多,插補效果不一定越好,且最優(yōu)插補次數(shù)隨著缺失比例的不同而不同。(iii)探討了包含均值插補、基于豐度分布的插補、k近鄰插補和多重插補在內的四種有代表性的插補方法對除EBRCT法之外的其它四種統(tǒng)計方法在篩選差異表達蛋白質方面檢驗功效的影響,通過比較ROC曲線、pAUC.f-score和g-score,以提醒相關研究人員在差異分析前,應慎重處理缺失數(shù)據(jù)。
【關鍵詞】：質譜 定量蛋白質組學 差異表達 缺失值 統(tǒng)計方法
【學位授予單位】：大連海事大學
【學位級別】：碩士
【學位授予年份】：2016
【分類號】：O212.1
【目錄】：

• 摘要5-6
• ABSTRACT6-10
• 第1章 緒論10-17
• 1.1 論文研究背景及意義10
• 1.2 國內外研究現(xiàn)狀10-15
• 1.2.1 差異分析統(tǒng)計方法的選擇問題11-12
• 1.2.2 定量結果中的缺失值問題12-13
• 1.2.3 差異分析結果的質量控制問題13-15
• 1.3 本文的主要工作15-17
• 第2章 相關概念及理論知識17-25
• 2.1 質譜17
• 2.2 定量蛋白質組學17-20
• 2.2.1 定量蛋白質組學的研究內容18
• 2.2.2 蛋白質組學的定量方法18-20
• 2.3 基于質譜的定量差異分析流程20
• 2.4 基于質譜的定量差異分析統(tǒng)計手段20-25
• 2.4.1 基于經(jīng)典統(tǒng)計學派的差異分析統(tǒng)計方法21-22
• 2.4.2 基于貝葉斯學派的差異分析統(tǒng)計方法22
• 2.4.3 其他方法22-24
• 2.4.4 差異分析的軟件工具24-25
• 第3章 差異分析統(tǒng)計方法的比較研究25-37
• 3.1 數(shù)據(jù)的來源及特點25-26
• 3.2 差異分析統(tǒng)計方法的原理與實現(xiàn)26-29
• 3.3 評價指標29-32
• 3.3.1 真陽與假陽、真陰與假陰29-30
• 3.3.2 靈敏度、特異性和準確性30-31
• 3.3.3 FPR和FDR31
• 3.3.4 ROC曲線和AUC值31-32
• 3.4 過程及結論32-37
• 第4章 插補方法對差異蛋白質篩選結果的影響37-49
• 4.1 數(shù)據(jù)的來源及特點37
• 4.2 插補方法的原理與實現(xiàn)37-39
• 4.3 評價指標39-41
• 4.3.1 絕對Pearson相關系數(shù)39-40
• 4.3.2 MAD和MSD40
• 4.3.3 g-score和f-score40-41
• 4.4 過程及結論41-49
• 結論與展望49-51
• 參考文獻51-60
• 攻讀學位期間公開發(fā)表論文60-61
• 致謝61

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  本文關鍵詞：基于質譜篩選差異表達蛋白的統(tǒng)計學方法研究，，由筆耕文化傳播整理發(fā)布。

本文編號：342452