本文關(guān)鍵詞：LongMan:一個哺乳類直系同源長鏈非編碼RNA數(shù)據(jù)庫

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【摘要】：目的計算并預測13 562個GENCODE項目首期鑒定的人類長鏈非編碼RNA在16個哺乳動物的直系同源基因,并建立數(shù)據(jù)庫Long Man,為長鏈非編碼RNA研究提供重要數(shù)據(jù)。方法使用RNAfold預測13 562個人類長鏈非編碼RNA每個外顯子的結(jié)構(gòu);使用Infernal對每個外顯子進行基因組搜索,分析其在16個哺乳動物可能的同源外顯子;分析每個人類長鏈非編碼RNA是否有同源基因;分析同源長鏈非編碼RNA中的轉(zhuǎn)座子和剪切信號;構(gòu)造數(shù)據(jù)庫的搜索引擎和輸出界面;實現(xiàn)數(shù)據(jù)庫維護更新機制。結(jié)果 Long Man目前收錄133 646個直系同源長鏈非編碼RNA;提供序列、比對、轉(zhuǎn)座子和種系特異性插缺(indel)等信息;提供多條件組合查詢;提供顯示與下載功能。結(jié)論 Long Man是首個大規(guī)模多種系同源長鏈非編碼RNA數(shù)據(jù)庫,對長鏈非編碼RNA比較與功能研究具有重要價值。
【作者單位】： 南方醫(yī)科大學基礎(chǔ)醫(yī)學院生物信息學教研室;南方醫(yī)科大學網(wǎng)絡(luò)中心;
【關(guān)鍵詞】： 數(shù)據(jù)庫 長鏈非編碼RNA 同源基因
【基金】：廣州市科技創(chuàng)新局(2012Y2-00047)
【分類號】：Q811.4
【正文快照】： X染色體失活、基因簇印跡和基因組區(qū)域的組蛋白修飾和DNA甲基化都是表觀基因組修飾,但調(diào)控這些修飾的分子機制多年未能揭示。最近研究揭示,大量表觀基因組修飾是由長鏈非編碼RNA(long non-codingRNA,lnc RNA)調(diào)控的[1],它們長度大于200 bp,結(jié)構(gòu)保守性高于序列保守性,包含多個

【相似文獻】

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