學(xué)術(shù)信息聚合系統(tǒng)的特點(diǎn)和發(fā)展趨勢(shì)
發(fā)布時(shí)間：2021-10-14 21:54
調(diào)研國(guó)內(nèi)外醫(yī)學(xué)文獻(xiàn)學(xué)術(shù)信息聚合系統(tǒng),剖析了現(xiàn)有系統(tǒng)的資源組織原理和特點(diǎn),梳理了資源聚合的主要方法和模式。從用戶需求理論的基本觀點(diǎn)出發(fā),探討了學(xué)術(shù)信息聚合系統(tǒng)未來的發(fā)展趨勢(shì),旨在為學(xué)術(shù)信息聚合平臺(tái)的聚合方法提供可靠的引導(dǎo)和參考。
【文章來源】：中華醫(yī)學(xué)圖書情報(bào)雜志. 2020,29(08)
【文章頁(yè)數(shù)】：8 頁(yè)
【部分圖文】：
Coremine Medical平臺(tái)的主題概念
Chilibot平臺(tái)的檢索界面
圖2 Chilibot平臺(tái)的檢索界面生命醫(yī)學(xué)領(lǐng)域中，對(duì)細(xì)胞功能的研究需要在系統(tǒng)層面了解和理解各種蛋白、基因之間的相互作用關(guān)系和信號(hào)傳導(dǎo)通路[8]，并以前人的研究結(jié)果所揭示和注釋的蛋白質(zhì)功能和蛋白質(zhì)之間的相互作用為基礎(chǔ)。然而信息資料和呈現(xiàn)蛋白質(zhì)之間相互作用信息的收集一直是一項(xiàng)需要大量查找、分析、注釋和重組信息的過程和工作，需要研究人員耗費(fèi)大量的時(shí)間和精力在相關(guān)的文獻(xiàn)中通過人工閱讀析出基因與蛋白、蛋白與蛋白之間的相互作用關(guān)系，從而預(yù)測(cè)或科學(xué)假設(shè)未知生物學(xué)進(jìn)程中可能存在的靶點(diǎn)，以及調(diào)控、相互作用機(jī)制。String平臺(tái)整合了多個(gè)功能基因組學(xué)生物信息庫(kù)的資源(如Ref Seq參考序列數(shù)據(jù)庫(kù)[9]、Ensembl基因組數(shù)據(jù)庫(kù)項(xiàng)目[10])，對(duì)蛋白相似性數(shù)據(jù)(Similarity Matrix of Proteins,SIMAP[11])進(jìn)行了相同基因信息的去重和完整性篩選。為了保證功能基因組的系統(tǒng)化，String平臺(tái)還儲(chǔ)備了交叉同源基因組學(xué)的信息庫(kù)，可以提供微生物或有機(jī)生物內(nèi)的基因相互作用信息。用戶在String平臺(tái)輸入基因或蛋白名稱即可得到蛋白質(zhì)或基因相互作用的網(wǎng)絡(luò)結(jié)構(gòu)圖，節(jié)點(diǎn)之間的連線分別鏈接了相互作用的證據(jù)，如圖4中節(jié)點(diǎn)間不同顏色連線代表不同的證據(jù)，圖5中節(jié)點(diǎn)間連線的粗細(xì)顯示證據(jù)強(qiáng)度評(píng)分的高低。String平臺(tái)旨在提供一站式的蛋白功能和相互作用關(guān)系的信息，將用戶從信息梳理和整合工作中解放出來。String平臺(tái)中呈現(xiàn)的蛋白或基因之間的網(wǎng)絡(luò)圖有多種形式，既有關(guān)聯(lián)強(qiáng)度圖，也有關(guān)聯(lián)證據(jù)圖。許多蛋白或基因的網(wǎng)絡(luò)數(shù)據(jù)庫(kù)(如SWISS Model Respository[12]、Uni Pot蛋白質(zhì)數(shù)據(jù)庫(kù)[13]、SMART蛋白結(jié)構(gòu)域數(shù)據(jù)庫(kù)[14]、Gene Cards數(shù)據(jù)庫(kù)[15]等)都通過API接口連接到String平臺(tái)，這些數(shù)據(jù)庫(kù)中都有鏈接String平臺(tái)的功能按鈕。具有類似功能和內(nèi)容的還有Gene Mania平臺(tái)數(shù)據(jù)庫(kù)[16]。
【參考文獻(xiàn)】：
期刊論文
[1]圖情領(lǐng)域聚合概念溯源及信息聚合研究進(jìn)展[J]. 王志紅. 圖書館論壇. 2019(01)
[2]信息聚合概念的構(gòu)成與聚合模式研究[J]. 曹樹金,馬翠嫦. 中國(guó)圖書館學(xué)報(bào). 2016(03)
[3]網(wǎng)絡(luò)資源聚合研究綜述[J]. 劉清堂,吳林靜,黃煥. 情報(bào)科學(xué). 2015(10)
[4]基于語義的數(shù)字資源超網(wǎng)絡(luò)聚合研究[J]. 畢強(qiáng),王傳清,李潔. 情報(bào)科學(xué). 2015(03)
本文編號(hào)：3436880
【文章來源】：中華醫(yī)學(xué)圖書情報(bào)雜志. 2020,29(08)
【文章頁(yè)數(shù)】：8 頁(yè)
【部分圖文】：
Coremine Medical平臺(tái)的主題概念
Chilibot平臺(tái)的檢索界面
圖2 Chilibot平臺(tái)的檢索界面生命醫(yī)學(xué)領(lǐng)域中，對(duì)細(xì)胞功能的研究需要在系統(tǒng)層面了解和理解各種蛋白、基因之間的相互作用關(guān)系和信號(hào)傳導(dǎo)通路[8]，并以前人的研究結(jié)果所揭示和注釋的蛋白質(zhì)功能和蛋白質(zhì)之間的相互作用為基礎(chǔ)。然而信息資料和呈現(xiàn)蛋白質(zhì)之間相互作用信息的收集一直是一項(xiàng)需要大量查找、分析、注釋和重組信息的過程和工作，需要研究人員耗費(fèi)大量的時(shí)間和精力在相關(guān)的文獻(xiàn)中通過人工閱讀析出基因與蛋白、蛋白與蛋白之間的相互作用關(guān)系，從而預(yù)測(cè)或科學(xué)假設(shè)未知生物學(xué)進(jìn)程中可能存在的靶點(diǎn)，以及調(diào)控、相互作用機(jī)制。String平臺(tái)整合了多個(gè)功能基因組學(xué)生物信息庫(kù)的資源(如Ref Seq參考序列數(shù)據(jù)庫(kù)[9]、Ensembl基因組數(shù)據(jù)庫(kù)項(xiàng)目[10])，對(duì)蛋白相似性數(shù)據(jù)(Similarity Matrix of Proteins,SIMAP[11])進(jìn)行了相同基因信息的去重和完整性篩選。為了保證功能基因組的系統(tǒng)化，String平臺(tái)還儲(chǔ)備了交叉同源基因組學(xué)的信息庫(kù)，可以提供微生物或有機(jī)生物內(nèi)的基因相互作用信息。用戶在String平臺(tái)輸入基因或蛋白名稱即可得到蛋白質(zhì)或基因相互作用的網(wǎng)絡(luò)結(jié)構(gòu)圖，節(jié)點(diǎn)之間的連線分別鏈接了相互作用的證據(jù)，如圖4中節(jié)點(diǎn)間不同顏色連線代表不同的證據(jù)，圖5中節(jié)點(diǎn)間連線的粗細(xì)顯示證據(jù)強(qiáng)度評(píng)分的高低。String平臺(tái)旨在提供一站式的蛋白功能和相互作用關(guān)系的信息，將用戶從信息梳理和整合工作中解放出來。String平臺(tái)中呈現(xiàn)的蛋白或基因之間的網(wǎng)絡(luò)圖有多種形式，既有關(guān)聯(lián)強(qiáng)度圖，也有關(guān)聯(lián)證據(jù)圖。許多蛋白或基因的網(wǎng)絡(luò)數(shù)據(jù)庫(kù)(如SWISS Model Respository[12]、Uni Pot蛋白質(zhì)數(shù)據(jù)庫(kù)[13]、SMART蛋白結(jié)構(gòu)域數(shù)據(jù)庫(kù)[14]、Gene Cards數(shù)據(jù)庫(kù)[15]等)都通過API接口連接到String平臺(tái)，這些數(shù)據(jù)庫(kù)中都有鏈接String平臺(tái)的功能按鈕。具有類似功能和內(nèi)容的還有Gene Mania平臺(tái)數(shù)據(jù)庫(kù)[16]。
【參考文獻(xiàn)】：
期刊論文
[1]圖情領(lǐng)域聚合概念溯源及信息聚合研究進(jìn)展[J]. 王志紅. 圖書館論壇. 2019(01)
[2]信息聚合概念的構(gòu)成與聚合模式研究[J]. 曹樹金,馬翠嫦. 中國(guó)圖書館學(xué)報(bào). 2016(03)
[3]網(wǎng)絡(luò)資源聚合研究綜述[J]. 劉清堂,吳林靜,黃煥. 情報(bào)科學(xué). 2015(10)
[4]基于語義的數(shù)字資源超網(wǎng)絡(luò)聚合研究[J]. 畢強(qiáng),王傳清,李潔. 情報(bào)科學(xué). 2015(03)
本文編號(hào)：3436880
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