模體發(fā)現(xiàn)是生物信息學(xué)的核心問題之一,對于研究基因表達的調(diào)控機制有著極為重要的生物意義。植入（l,d）模體發(fā)現(xiàn)（Planted （l,d） motif search,PMS）是模體發(fā)現(xiàn)領(lǐng)域中一個廣為接受的問題模型。本文主要研究了4個基礎(chǔ)的算法解決模體發(fā)現(xiàn)問題,這些算法可以幫助人們理解模體發(fā)現(xiàn)問題。4個精確算法主要包括:（1）實現(xiàn)基于候選模體實例字符串深度優(yōu)先搜索+剪枝思想解決的位點比對的PMS問題。（2）實現(xiàn)基于候選模體字符深度優(yōu)先搜索+剪枝思想解決的位點比對的PM S問題。（3）實現(xiàn)基于候選模體字符廣度優(yōu)先搜索+剪枝思想解決的位點比對的PM S問題。（4）實現(xiàn)PM SP算法。 

【文章來源】：智能計算機與應(yīng)用. 2019,9(01)

【文章頁數(shù)】：3 頁

【文章目錄】：
0 引言
1 方法描述
    1.1 基于候選模體實例字符串深度優(yōu)先搜索的PMS算法
    1.2基于候選模體字符深度優(yōu)先搜索PMS算法
    1.3 基于候選模體字符廣度優(yōu)先搜索PMS算法
    1.4 PMSP算法
2 實驗比較
3 結(jié)束語


【參考文獻】：
期刊論文
[1]基于MapReduce的模體發(fā)現(xiàn)算法[J]. 霍紅衛(wèi),林帥,于強,張懿璞.  中國科技論文. 2012(07)



本文編號：3191745