發(fā)布時(shí)間：2021-01-16 03:15

　　利用單核苷酸多態(tài)性（Single nucleotide polymorphism,SNP）標(biāo)記對(duì)人類(lèi)復(fù)雜疾病進(jìn)行全基因組范圍的關(guān)聯(lián)研究（Genome-wide association study,GWAS）已成為目前分子遺傳學(xué)的研究熱點(diǎn)之一。傳統(tǒng)的GWAS關(guān)注于單個(gè)SNP位點(diǎn)與復(fù)雜疾病之間的關(guān)聯(lián)分析;然而,大量研究表明復(fù)雜疾病往往受到多個(gè)基因,以及基因與環(huán)境之間的共同影響。因此,在全基因組范圍內(nèi),對(duì)復(fù)雜疾病開(kāi)展SNP交互作用（上位性）研究將推動(dòng)對(duì)復(fù)雜疾病機(jī)制的進(jìn)一步認(rèn)識(shí),彌補(bǔ)傳統(tǒng)GWAS帶來(lái)的“遺傳性缺失”。目前,多種上位性識(shí)別方法已經(jīng)被提出,然而大多方法主要是針對(duì)兩階上位性的識(shí)別。由全基因組數(shù)據(jù)的高維性而帶來(lái)的沉重計(jì)算負(fù)擔(dān)是高階上位性識(shí)別面臨的最大挑戰(zhàn)。篩選SNP使得在全基因組上識(shí)別高階上位性成為可能,其關(guān)鍵是定義合適的篩選原則。為此,本文面向全基因組高階上位性識(shí)別方法問(wèn)題展開(kāi)較為深入的研究,主要包括以下四個(gè)方面:（1）基于顯著統(tǒng)計(jì)模式和快速置換檢驗(yàn)篩選策略的高階上位性識(shí)別方法（High-order SNP-SNP interactions detection based on ef... 

【文章來(lái)源】：西南大學(xué)重慶市 211工程院校 教育部直屬院校

【文章頁(yè)數(shù)】：110 頁(yè)

【學(xué)位級(jí)別】：碩士

【文章目錄】：
摘要
ABSTRACT
1 緒論
    1.1 研究背景和意義
    1.2 相關(guān)知識(shí)介紹
        1.2.1 單核苷酸多態(tài)性相關(guān)概念
        1.2.2 上位性相關(guān)知識(shí)
    1.3 國(guó)內(nèi)外研究現(xiàn)狀與挑戰(zhàn)
        1.3.1 國(guó)內(nèi)外研究現(xiàn)狀
        1.3.2 挑戰(zhàn)
    1.4 本文的主要內(nèi)容
    1.5 本文的組織結(jié)構(gòu)
2 基于統(tǒng)計(jì)模式篩選策略的高階上位性識(shí)別方法研究
    2.1 HiSSI基本原理
        2.1.1 位點(diǎn)及位點(diǎn)組合編碼
        2.1.2 篩選顯著候選集
        2.1.3 上位性識(shí)別
        2.1.4 FWER控制
        2.1.5 參數(shù)設(shè)置
    2.2 實(shí)驗(yàn)結(jié)果分析
        2.2.1 模擬數(shù)據(jù)實(shí)驗(yàn)
        2.2.2 真實(shí)數(shù)據(jù)實(shí)驗(yàn)
    2.3 本章小結(jié)
3 基于聚類(lèi)和互信息篩選策略的高階上位性識(shí)別方法研究
    3.1 Cluster MI基本原理
        3.1.1 篩選顯著的兩位點(diǎn)組合
        3.1.2 高階上位性識(shí)別
        3.1.3 參數(shù)設(shè)置
    3.2 實(shí)驗(yàn)結(jié)果分析
        3.2.1 模擬實(shí)驗(yàn)
        3.2.2 參數(shù)敏感性分析
        3.2.3 運(yùn)行時(shí)間分析
        3.2.4 真實(shí)實(shí)驗(yàn)
    3.3 本章小結(jié)
4 基于雙重篩選策略的高階上位性識(shí)別方法研究
    4.1 Dual WMDR基本原理
        4.1.1 雙重篩選策略
        4.1.2 上位性識(shí)別
        4.1.3 參數(shù)設(shè)置
    4.2 實(shí)驗(yàn)結(jié)果分析
        4.2.1 模擬實(shí)驗(yàn)結(jié)果分析
        4.2.2 參數(shù)魯棒性分析
        4.2.3 雙重篩選策略性能分析
        4.2.4 真實(shí)實(shí)驗(yàn)結(jié)果分析
    4.3 本章小結(jié)
5 基于多分類(lèi)器集成的高階上位性識(shí)別方法研究
    5.1 EnSSI基本原理
    5.2 實(shí)驗(yàn)結(jié)果分析
        5.2.1 實(shí)驗(yàn)設(shè)計(jì)
        5.2.2 模擬數(shù)據(jù)結(jié)果分析
        5.2.3 參數(shù)敏感性分析
        5.2.4 基識(shí)別算法分析
        5.2.5 運(yùn)行時(shí)間分析
        5.2.6 真實(shí)數(shù)據(jù)結(jié)果分析
    5.3 本章小結(jié)
6 總結(jié)與展望
    6.1 論文總結(jié)
    6.2 論文展望
參考文獻(xiàn)
附錄
致謝
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本文編號(hào)：2980050