發(fā)布時間：2020-10-12 02:07

　　 隨著蛋白質(zhì)數(shù)據(jù)庫中蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)數(shù)量的快速增長,設計高效快速的蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)比對算法是一個具有挑戰(zhàn)性且有重要意義的問題。本論文設計了一個蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)庫的快速搜索算法和一個準確的多重結(jié)構(gòu)比對算法,并搭建了相應的網(wǎng)絡服務器mTM-align。在結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)庫的快速搜索算法中,本文重新組織了蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)庫中的結(jié)構(gòu),并使用啟發(fā)式算法,來加速搜索的速度。經(jīng)測試表明,mTM-align結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)庫的快速搜索算法在速度和精度兩方面都優(yōu)于現(xiàn)今最受歡迎的結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)庫的快速搜索算法Dali Server。在多重結(jié)構(gòu)比對算法中,本文基于快速的兩兩結(jié)構(gòu)比對算法TM-align提出了mTM-align多重結(jié)構(gòu)比對算法。本文在四個數(shù)據(jù)集上與五種其他多重結(jié)構(gòu)比對算法進行了嚴格的比較和分析,得出了mTM-align多重結(jié)構(gòu)比對算法優(yōu)于其他五種算法的結(jié)論。網(wǎng)絡服務器mTM-align的一個特點是提供了結(jié)構(gòu)搜索和多重結(jié)構(gòu)比對的聯(lián)動。mTM-align服務器不僅提供搜索,并且會將搜索的結(jié)果進行多重結(jié)構(gòu)比對。一般來說,服務器完成一個中等大小蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)(長度大約為300個殘基)的搜索任務需要花費2-5分鐘;完成10個中等大小蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)的多重比對大約需要10秒。服務器的網(wǎng)址為:http://yanglab.nankai.edu.cn/mTM-align/。
【學位單位】：南開大學
【學位級別】：碩士
【學位年份】：2018
【中圖分類】：Q51;Q811.4
【部分圖文】：

圖 2 蛋白質(zhì)的二級結(jié)構(gòu)（左為 α-螺旋，右為 β-折疊）結(jié)構(gòu)（TertiaryStructure）：指二級結(jié)構(gòu)進一步通過盤曲或折疊形成的定規(guī)律的結(jié)構(gòu)，其主要依靠氨基酸之間的疏水相互作用，靜電力，氫鍵，

蛋白質(zhì)的三級結(jié)構(gòu)

蛋白質(zhì)的四級結(jié)構(gòu)
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本文編號：2837473