大規(guī)模多重檢驗的問題產(chǎn)生于許多科學(xué)研究領(lǐng)域。例如,在全基因組關(guān)聯(lián)分析（GWAS）中,通常需要進行數(shù)以萬計的檢驗以尋找與復(fù)雜疾病或性狀相關(guān)聯(lián)的單核苷酸多態(tài)性（SNPs）。一些其它的例子包括:神經(jīng)影像數(shù)據(jù)分析[72]、微陣列數(shù)據(jù)分析[51,52]、空間數(shù)據(jù)分析[82]等等。到目前為止,一些多重檢驗方法已經(jīng)被廣泛地應(yīng)用于眾多科學(xué)領(lǐng)域。然而,在大規(guī)模多重檢驗中仍然存在一些棘手的問題需要解決。首先,日益產(chǎn)生的“高通量”數(shù)據(jù)的分析通常需要我們同時進行數(shù)以萬計的檢驗�；趥鹘y(tǒng)的控制準則（例如FWER）的多重檢驗方法過于保守。其次,多重檢驗中的檢驗之間通常存在著復(fù)雜的相依性。例如,在GWAS中,由于相鄰的基因位點在減數(shù)分裂過程中傾向于分離到同一個配子中,因此相鄰的檢驗之間存在著復(fù)雜的相依結(jié)構(gòu)。最后,多重檢驗方法忽略協(xié)變量效應(yīng)的影響往往會導(dǎo)致檢驗功效的損失。例如,在大規(guī)模兩樣本推斷中,合適地利用稀疏性信息可以顯著地提高檢驗功效。為了解決上述問題,我們提出了一類基于拓展的隱馬爾可夫模型的大規(guī)模多重檢驗方法。理論結(jié)果表明:這些新的多重檢驗方法可以將偽發(fā)現(xiàn)率（FDR）控制在預(yù)設(shè)的顯著性水平α,并且在所有的FD... 

【文章頁數(shù)】：110 頁

【學(xué)位級別】：博士

【文章目錄】：
摘要
英文摘要
第一章 序言
    1.1 背景介紹
        1.1.1 FWER控制準則
        1.1.2 FDR控制準則
        1.1.3 FNR和ETP
    1.2 基于FWER的多重檢驗方法
        1.2.1 Bonferroni方法
        1.2.2 Sidak方法
        1.2.3 Holm方法
    1.3 基于FDR的多重檢驗方法
        1.3.1 BH方法
        1.3.2 Lfdr方法
        1.3.3 LIS方法
    1.4 本文內(nèi)容和結(jié)構(gòu)安排
第二章 基于因子隱馬爾可夫模型的大規(guī)模多重檢驗
    2.1 引言
    2.2 統(tǒng)計模型和方法
        2.2.1 基于因子隱馬爾可夫模型的協(xié)變量調(diào)整的多重檢驗
        2.2.2 協(xié)變量調(diào)整的多重檢驗問題和加權(quán)分類問題之間的關(guān)系
        2.2.3 基于因子隱馬爾可夫模型的CALIS方法
        2.2.4 計算CALIS值的向前-向后算法
        2.2.5 估計因子隱馬爾可夫模型參數(shù)的EM算法
    2.3 理論證明
        2.3.1 定理2.2.3的證明
        2.3.2 定理2.2.4的證明
        2.3.3 定理2.2.5的證明
    2.4 模擬研究
        2.4.1 因子隱馬爾可夫模型的相依結(jié)構(gòu)
        2.4.2 更真實的SNP相依結(jié)構(gòu)
    2.5 實際數(shù)據(jù)分析
第三章 基于笛卡爾隱馬爾可夫模型的可重復(fù)性分析
    3.1 引言
    3.2 統(tǒng)計模型和方法
        3.2.1 可重復(fù)性分析的框架
        3.2.2 笛卡爾隱馬爾可夫模型
        3.2.3 可重復(fù)性分析的repLIS方法
        3.2.4 計算repLIS值的向前-向后算法
        3.2.5 計算笛卡爾隱馬爾可夫模型參數(shù)的EM算法
    3.3 模擬研究
        3.3.1 基于確定模型的模擬
        3.3.2 基于基因型數(shù)據(jù)的模擬
    3.4 實際數(shù)據(jù)分析
        3.4.1 尋找基因多效性中的應(yīng)用
        3.4.2 尋找可重復(fù)性關(guān)聯(lián)中的應(yīng)用
第四章 基于半連接的隱馬爾可夫模型的兩樣本推斷
    4.1 引言
    4.2 統(tǒng)計模型和方法
        4.2.1 半連接的隱馬爾可夫模型
        4.2.2 神諭的COALIS方法
        4.2.3 數(shù)據(jù)驅(qū)動的COALIS方法
    4.3 理論證明
        4.3.1 定理4.2.1的證明
        4.3.2 定理4.2.2的證明
        4.3.3 定理4.2.3的證明
    4.4 模擬研究
        4.4.1 模擬研究一
        4.4.2 模擬研究二
    4.5 實際數(shù)據(jù)分析
第五章 總結(jié)與展望
參考文獻
附錄
致謝
在學(xué)期間公開發(fā)表論文情況



本文編號：3692040