螻蛄是對農(nóng)作物及園林危害極為嚴(yán)重的地下害蟲之一,隸屬于直翅目(Orthoptera)螽亞目(Ensifera)螻蛄科(Gryllotalpidae)螻蛄屬(Gryllotalpa),世界范圍內(nèi)己報(bào)道64種,我國已報(bào)道10種。目前關(guān)于螻蛄的研究主要集中在生物學(xué)特征、分類學(xué)、形態(tài)解剖、害蟲防治及線粒體基因組等方面。關(guān)于螻蛄轉(zhuǎn)錄組及轉(zhuǎn)錄組與線粒體基因組相結(jié)合的線粒體基因組轉(zhuǎn)錄作圖研究尚未見報(bào)道。 本研究以采自河南北部地區(qū)的東方螻蛄(Gryllotalpa orientalis)為研究對象,通過L-PCR結(jié)合Sub-PCR擴(kuò)增出線粒體DNA,采用雙脫氧鏈終止法進(jìn)行全線粒體基因組序列測定,結(jié)合Kim所報(bào)道的韓國地區(qū)的東方螻蛄進(jìn)行比較分析；采用Illumina/HiseqTM2000測序平臺的雙末端測序策略進(jìn)行轉(zhuǎn)錄組序列測定與分析,結(jié)合黃臉油葫蘆及黑脛鉤額螽的轉(zhuǎn)錄組測序結(jié)果,對不同物種之間及同一物種不同性別之間的Unigene做兩兩比較,分別篩選出差異表達(dá)基因,并進(jìn)行初步的比較分析；最后在線粒體基因組序列測定與轉(zhuǎn)錄組序列測定的基礎(chǔ)上對線粒體轉(zhuǎn)錄組進(jìn)行覆蓋作圖。獲得的主要結(jié)果如下： 拼接完整的東方螻...

【文章頁數(shù)】：91 頁

【學(xué)位級別】：碩士

【文章目錄】：
摘要
Abstract
目錄
縮寫含義和中文對照表
第1章 前言
    1.1 直翅目昆蟲線粒體基因組結(jié)構(gòu)及研究現(xiàn)狀
    1.2 轉(zhuǎn)錄組學(xué)概述
    1.3 轉(zhuǎn)錄組學(xué)研究的基本方法
        1.3.1 EST技術(shù)
        1.3.2 基因芯片技術(shù)
        1.3.3 基因表達(dá)序列分析技術(shù)
        1.3.4 大規(guī)模平行測序技術(shù)
        1.3.5 高通量測序技術(shù)
        1.3.6 轉(zhuǎn)錄組測序技術(shù)
    1.4 線粒體轉(zhuǎn)錄組作圖分析
    1.5 東方螻蛄研究進(jìn)展
        1.5.1 螻蛄研究現(xiàn)狀
        1.5.2 本項(xiàng)目的研究內(nèi)容與意義
第2章 實(shí)驗(yàn)材料與方法
    2.1 標(biāo)本采集與鑒定
    2.2 實(shí)驗(yàn)儀器與試劑
        2.2.1 實(shí)驗(yàn)儀器設(shè)備
        2.2.2 主要試劑及溶液
    2.3 實(shí)驗(yàn)方法
        2.3.1 全mtDNA序列測定及分析
        2.3.2 轉(zhuǎn)錄組研究
        2.3.3 線粒體轉(zhuǎn)錄組作圖研究
第3章 東方螻蛄全線粒體基因組分析
    3.1 總DNA提取及序列擴(kuò)增
        3.1.1 總DNA樣品檢測
        3.1.2 L-PCR擴(kuò)增及純化結(jié)果
        3.1.3 Sub-PCR擴(kuò)增及純化結(jié)果
    3.2 序列拼接
    3.3 全線粒體基因組分析
        3.3.1 基因組結(jié)構(gòu)及排序
        3.3.2 堿基組成情況及三螻蛄間堿基組成比較
        3.3.3 蛋白質(zhì)編碼基因的密碼子使用情況及氨基酸組成
        3.3.4 tRNA和rRNA
        3.3.5 A+T富集區(qū)
    3.4 三種螻蛄線粒體基因組之間的遺傳距離
    3.5 小結(jié)與討論
第4章 東方螻蛄轉(zhuǎn)錄組結(jié)果與分析
    4.1 總RNA樣品檢測
        4.1.1 瓊脂糖凝膠電泳檢測
        4.1.2 紫外分光光度儀檢測
        4.1.3 Agilent 2100 Bioanalyzer檢測結(jié)果
    4.2 測序原始數(shù)據(jù)統(tǒng)計(jì)
    4.3 測序數(shù)據(jù)組裝
    4.4 All-Unigene蛋白編碼框預(yù)測
    4.5 All-Unigene的功能注釋
        4.5.1 All-Unigene GO功能分類
        4.5.2 All-Unigene COG功能分類
        4.5.3 All-Unigene的Nr注釋
        4.5.4 All-Unigene通路分析
    4.6 All-Unigene SSR位點(diǎn)分析
    4.7 All-Unigene SNP分析
    4.8 小結(jié)與討論
第5章 差異表達(dá)基因分析
    5.1 差異基因的篩選與初步分析
    5.2 差異Unigene的GO和Pathway分析
        5.2.1 差異Unigene的GO功能注釋和富集分析
        5.2.2 差異Unigene的Pathway功能富集分析
    5.3 小結(jié)與討論
第6章 東方螻蛄線粒體基因組轉(zhuǎn)錄作圖分析
結(jié)論
參考文獻(xiàn)
致謝
攻讀碩士學(xué)位期間的研究成果



本文編號：3794481