【背景】南極地區(qū)環(huán)境苛刻植被稀少,無冰區(qū)面積約占其總面積的0.4%,但是土壤中存在著豐富的微生物群落,對于極地微生物資源仍需要進(jìn)一步挖掘。【目的】獲得南極恩克斯堡島土壤中可培養(yǎng)細(xì)菌多樣性信息。【方法】對來源于南極恩克斯堡島的5個土壤樣品采用直接涂布、微好氧富集和有氧富集后涂布3種方法進(jìn)行細(xì)菌分離培養(yǎng)�！窘Y(jié)果】共獲得144株可培養(yǎng)細(xì)菌,分布于5門30個屬。這些菌株來自變形菌門（Proteobacteria,38.9%）、放線菌門（Actinobacteria,34.0%）、厚壁菌門（Firmicutes,22.2%）、異常球菌-棲熱菌門（Deinococcus-Thermus,3.5%）、擬桿菌門（Bacteroidetes,1.4%）等。不同土壤樣品中可培養(yǎng)細(xì)菌多樣性存在差異。企鵝糞土中Bacillus是主要屬類;Pseudomonas、Streptomyces在植被覆蓋區(qū)土壤中是優(yōu)勢菌屬;Psychrobacter在湖水邊土壤中是優(yōu)勢屬類,Flavobacterium、Chryseobacterium僅從該樣品中分離得到;放線菌門類在干燥土壤樣中占優(yōu)勢,Pseudarthrobact... 

【文章來源】：微生物學(xué)通報. 2020,47(06)北大核心CSCD

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3種培養(yǎng)方法在R2A培養(yǎng)基上得到細(xì)菌在屬水平數(shù)目韋恩圖

5份土壤樣品中共分離得到144株可培養(yǎng)細(xì)菌，對分離菌株16S rRNA基因進(jìn)行PCR擴(kuò)增、測序和序列比對，發(fā)現(xiàn)這些菌株來自5個門，分布在30個屬52個種(表2)。如圖1顯示，最多的是變形菌門56株，達(dá)到總分離株的38.9%；其次是放線菌門49株，占比34.0%；厚壁菌門32株，占總數(shù)的22.2%；異常球菌-棲熱菌門5株，占總數(shù)的3.5%；擬桿菌門最少，僅有2株，占總數(shù)的1.4%。將16S rRNA基因測序結(jié)果在EzTaxon數(shù)據(jù)庫中比對獲得參考序列，應(yīng)用MEGA 6.0軟件繪制系統(tǒng)發(fā)育樹，得到進(jìn)化樹如圖2所示。從系統(tǒng)發(fā)育分析的結(jié)果可以看出，放線菌門中最多的是鏈霉菌屬(Streptomyces)14株，其次是節(jié)桿菌屬(Arthrobacter)7株，最少的類谷氨酸桿菌屬(Paeniglutamicibacter)、庫克菌屬(Kocuria)和韓國生工屬(Kribbella)各1株。變形菌門中分別有α、β和γ三個亞門，α變形菌亞門最多的是Aureimonas，有7株；β變形菌類只有貪噬菌屬(Variovorax)；γ變形菌亞門中最多的是嗜冷桿菌屬(Psychrobacter)(22株)，其次是假單胞菌屬(Pseudomonas)(15株)。對144株菌株測序時發(fā)現(xiàn)，有2株菌(1株屬于變形菌門，1株屬于放線菌門)的16S rRNA基因序列相似度均小于97%，可以認(rèn)為是潛在新種[21]。這兩株潛在新種的菌株鑒定工作正在進(jìn)行中。2.2 不同培養(yǎng)方法在同種平板獲得可培養(yǎng)細(xì)菌的多樣性

為了使可培養(yǎng)細(xì)菌的多樣性增加，本實驗用了3種方法，分別是直接涂布培養(yǎng)、微好氧富集和有氧富集在不同時間段涂布培養(yǎng)。3種方式在R2A平板上分離到的可培養(yǎng)細(xì)菌的種類有區(qū)別。直接涂布法分離得到11個屬，獨有7個屬；有氧富集分離得到9個屬，獨有5個屬；微好氧富集獨有2個屬，分別是Paeniglutamicibacter和Acinetobacter。上述結(jié)果說明在R2A平板上，有氧富集和無氧富集均獲得特有屬，有氧富集涂布與直接涂布法共有的屬4個，包括Staphylococcus、Rhodococcus、Pseudarthrobacte和Arthrobacter，微好氧富集獲得可培養(yǎng)細(xì)菌種類少(圖3)。圖3 3種培養(yǎng)方法在R2A培養(yǎng)基上得到細(xì)菌在屬水平數(shù)目韋恩圖

【參考文獻(xiàn)】：
期刊論文
[1]北極苔原土壤中可培養(yǎng)細(xì)菌的分離及其抗菌活性測定[J]. 賀瑞含,杜宗軍,俞勇,李會榮.  微生物學(xué)報. 2019(06)
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[3]從環(huán)境中分離培養(yǎng)微生物:培養(yǎng)基營養(yǎng)水平至關(guān)重要[J]. 周楠,姜成英,劉雙江.  微生物學(xué)通報. 2016(05)
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[5]南海南沙海域沉積物中可培養(yǎng)微生物及其多樣性分析[J]. 孫風(fēng)芹,汪保江,李光玉,劉秀片,杜雅萍,賴其良,邵宗澤.  微生物學(xué)報. 2008(12)



本文編號：3574220