HCH(六六六)降解菌的分離、鑒定和相關降解基因的克隆
發(fā)布時間:2021-07-29 13:54
本研究從長期受六六六污染的土壤中分離到3株能以y-HCH為唯一碳源生長的六六六降解菌,分別命名為BHC-B、BHC-C 和 BHC-D。測定了此三株六六六降解菌的16S rRNA基因序列,提交至GenBank,其登陸號分別為No.KC191573, No. KC191574和No.KC191575。系統(tǒng)發(fā)育分析顯示,菌株BHC-B, BHC-C 和 BHC-D聚成一枝,表現(xiàn)出很高的相似性;與該菌株16S rRNA基因序列相似性較高的菌株都是研究得較多的六六六降解菌株,分別是Sphingobium japonicum UT26T, Sphingobium francense Sp+T 和 Sphingobium indicum B90AT,相似性都大于99%(99.10%到99.72%)。綜合它們的形態(tài)和生理生化特征,以及系統(tǒng)進化分析,將菌株BHC-B、BHC-C和BHC-D皆鑒定為鞘脂菌屬(Sphingobium sp.)。由于這些菌株相互之間的16S rRNA基因序列相似性大于99%,因此從這個層面上區(qū)分它們比較困難。ERIC-PCR是一種常用于分析腸道微生物菌群結構的方法,我們嘗試...
【文章來源】:南京農(nóng)業(yè)大學江蘇省 211工程院校 教育部直屬院校
【文章頁數(shù)】:83 頁
【學位級別】:碩士
【文章目錄】:
摘要
ABSTRACT
符號與縮略語說明
前言
文獻綜述
第一章 有機氯農(nóng)藥的污染及生物修復
1. 有機氯農(nóng)藥的污染及殘留狀況
2 生物修復
2.1 生物修復的概念
2.2 生物修復的主要主力軍——微生物
2.3 微生物降解的機制
第二章 六六六生物降解研究進展
1. 六六六的理化性質(zhì)
2 六六六的微生物降解
2.1 六六六微生物降解研究情況
2.2 六六六好氧微生物降解途徑研究
第三章 微生物多樣性分析及ERIC-PCR技術應用
1 ERIC概述
2 ERIC-PCR的建立
3 ERIC-PCR在微生物分類鑒定中的應用
實驗部分
第一章 六六六降解菌的分離篩選
1 材料與方法
1.1 培養(yǎng)基與試劑
1.2 六六六降解菌的分離和篩選
1.3 降解菌株的生理生化指標測定
1.4 降解菌株16S rRNA基因的擴增與分析
1.5 降解菌株的系統(tǒng)發(fā)育分析
1.6 HCH降解菌的ERIC-PCR分析
1.7 六六六氣相色譜檢測
2 結果與分析
2.1 六六六降解菌株的分離篩選
2.2 降解菌株的形態(tài)
2.3 六六六降解菌株的生理生化特征
2.4 降解菌株的16S rRNA基因擴增
2.5 六六六降解菌株的系統(tǒng)進化分析
2.6 環(huán)境條件對降解菌株生長的影響
3 本章小結
第二章 六六六降解菌降解特性研究
1 材料和方法
1.1 菌株、培養(yǎng)基和試劑
1.2 六六六降解菌中l(wèi)in基因分析
1.3 六六六含量的測定
2 結果與分析
2.1 溫度對BHC-B,BHC-C和BHC-D降解γ-HCH的影響
2.2 pH值對BHC-B,BHC-C和BHC-D降解γ-HCH的影響
2.3 通氣量對菌株BHC-B、BHC-C和BHC-D降解γ-HCH的影響
2.4 接種量對BHC-B,BHC-C和BHC-D降解γ-HCH的影響
2.5 菌株BHC-B,BHC-C和BHC-D菌株對六六六4種主要異構體(α-、β-γ-和δ-HCH)的降解
2.6 降解菌株BHC-B、BHC-C和BHC-D的lin基因分析
3 本章小結
第三章 菌株Sphingomonas sp.BHC-A降解δ-六六六的代謝途徑的研究
1 材料與方法
1.1 試劑與培養(yǎng)基
1.2 菌株與質(zhì)粒
1.3 菌株BHC-A中l(wèi)inA基因的敲除
1.4 BHC-A中l(wèi)inB和敲除菌株BHC-A-△linA粗酶液的制備
1.5 粗酶反應條件與提取
1.6 氣質(zhì)聯(lián)機實驗
1.7 基因序列的測定與分析
2 結果與分析
2.1 菌株Sphingomonas sp.BHC-A中l(wèi)inA基因敲除載體的構建
2.2 敲除BHC-A菌株的linA基因
2.3 敲除菌株Sphingomonas sp.BHC-A-AlinA降解δ-HCH的產(chǎn)物檢測
2.4 BHC-A中與降解δ-HCH相關基因的分析
2.5 與δ-HCH降解相關的可能基因的驗證
3. 本章小結
參考文獻
全文總結
本論文主要創(chuàng)新點
附錄 文中所用培養(yǎng)基及試劑配方
攻讀碩士學位期間發(fā)表的論女
致謝
【參考文獻】:
期刊論文
[1]中國東南部地區(qū)副豬嗜血桿菌分離株ERIC-PCR指紋圖譜分析[J]. 李鵬,李軍星,李玉峰,李文良,王先煒,姜平. 中國獸醫(yī)學報. 2009(12)
[2]持久性有機污染物γ-六六六生物降解研究進展[J]. 張海燕,李梅,邱星輝. 微生物學通報. 2007(05)
[3]ERIC結構功能及ERIC-PCR技術的應用[J]. 吳清平,葉應旺,張菊梅,楊寧. 中國衛(wèi)生檢驗雜志. 2006(04)
[4]六六六(HCH)降解菌Sphingomonassp.BHC-A的分離與降解特性的研究[J]. 馬愛芝,武俊,汪婷,張國順,李順鵬. 微生物學報. 2005(05)
[5]有機氯農(nóng)藥在南京市郊蔬菜中的生物富集與質(zhì)量安全[J]. 郜紅建,蔣新. 環(huán)境科學學報. 2005(01)
[6]ERIC-PCR技術在李斯特氏菌種、菌株鑒定中的應用[J]. 金莉莉,王秋雨,侯瀟. 遺傳. 2003(02)
[7]大腸桿菌MG1655菌株ERIC-PCR圖譜主帶序列組成分析[J]. 陳迎春,曹又方,趙立平. 微生物學通報. 2002(06)
[8]ERIC序列在不同細菌基因組中分布的分析[J]. 曹又方,趙立平. 山西大學學報(自然科學版). 2002(04)
[9]氣相色譜法測定茶葉中六六六、DDT殘留量[J]. 楊靜紅,馬亞文,孫宏賓. 中國公共衛(wèi)生. 2001(05)
[10]農(nóng)藥六六六的GC/MS分析[J]. 張力. 廣東公安科技. 2000(01)
本文編號:3309451
【文章來源】:南京農(nóng)業(yè)大學江蘇省 211工程院校 教育部直屬院校
【文章頁數(shù)】:83 頁
【學位級別】:碩士
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摘要
ABSTRACT
符號與縮略語說明
前言
文獻綜述
第一章 有機氯農(nóng)藥的污染及生物修復
1. 有機氯農(nóng)藥的污染及殘留狀況
2 生物修復
2.1 生物修復的概念
2.2 生物修復的主要主力軍——微生物
2.3 微生物降解的機制
第二章 六六六生物降解研究進展
1. 六六六的理化性質(zhì)
2 六六六的微生物降解
2.1 六六六微生物降解研究情況
2.2 六六六好氧微生物降解途徑研究
第三章 微生物多樣性分析及ERIC-PCR技術應用
1 ERIC概述
2 ERIC-PCR的建立
3 ERIC-PCR在微生物分類鑒定中的應用
實驗部分
第一章 六六六降解菌的分離篩選
1 材料與方法
1.1 培養(yǎng)基與試劑
1.2 六六六降解菌的分離和篩選
1.3 降解菌株的生理生化指標測定
1.4 降解菌株16S rRNA基因的擴增與分析
1.5 降解菌株的系統(tǒng)發(fā)育分析
1.6 HCH降解菌的ERIC-PCR分析
1.7 六六六氣相色譜檢測
2 結果與分析
2.1 六六六降解菌株的分離篩選
2.2 降解菌株的形態(tài)
2.3 六六六降解菌株的生理生化特征
2.4 降解菌株的16S rRNA基因擴增
2.5 六六六降解菌株的系統(tǒng)進化分析
2.6 環(huán)境條件對降解菌株生長的影響
3 本章小結
第二章 六六六降解菌降解特性研究
1 材料和方法
1.1 菌株、培養(yǎng)基和試劑
1.2 六六六降解菌中l(wèi)in基因分析
1.3 六六六含量的測定
2 結果與分析
2.1 溫度對BHC-B,BHC-C和BHC-D降解γ-HCH的影響
2.2 pH值對BHC-B,BHC-C和BHC-D降解γ-HCH的影響
2.3 通氣量對菌株BHC-B、BHC-C和BHC-D降解γ-HCH的影響
2.4 接種量對BHC-B,BHC-C和BHC-D降解γ-HCH的影響
2.5 菌株BHC-B,BHC-C和BHC-D菌株對六六六4種主要異構體(α-、β-γ-和δ-HCH)的降解
2.6 降解菌株BHC-B、BHC-C和BHC-D的lin基因分析
3 本章小結
第三章 菌株Sphingomonas sp.BHC-A降解δ-六六六的代謝途徑的研究
1 材料與方法
1.1 試劑與培養(yǎng)基
1.2 菌株與質(zhì)粒
1.3 菌株BHC-A中l(wèi)inA基因的敲除
1.4 BHC-A中l(wèi)inB和敲除菌株BHC-A-△linA粗酶液的制備
1.5 粗酶反應條件與提取
1.6 氣質(zhì)聯(lián)機實驗
1.7 基因序列的測定與分析
2 結果與分析
2.1 菌株Sphingomonas sp.BHC-A中l(wèi)inA基因敲除載體的構建
2.2 敲除BHC-A菌株的linA基因
2.3 敲除菌株Sphingomonas sp.BHC-A-AlinA降解δ-HCH的產(chǎn)物檢測
2.4 BHC-A中與降解δ-HCH相關基因的分析
2.5 與δ-HCH降解相關的可能基因的驗證
3. 本章小結
參考文獻
全文總結
本論文主要創(chuàng)新點
附錄 文中所用培養(yǎng)基及試劑配方
攻讀碩士學位期間發(fā)表的論女
致謝
【參考文獻】:
期刊論文
[1]中國東南部地區(qū)副豬嗜血桿菌分離株ERIC-PCR指紋圖譜分析[J]. 李鵬,李軍星,李玉峰,李文良,王先煒,姜平. 中國獸醫(yī)學報. 2009(12)
[2]持久性有機污染物γ-六六六生物降解研究進展[J]. 張海燕,李梅,邱星輝. 微生物學通報. 2007(05)
[3]ERIC結構功能及ERIC-PCR技術的應用[J]. 吳清平,葉應旺,張菊梅,楊寧. 中國衛(wèi)生檢驗雜志. 2006(04)
[4]六六六(HCH)降解菌Sphingomonassp.BHC-A的分離與降解特性的研究[J]. 馬愛芝,武俊,汪婷,張國順,李順鵬. 微生物學報. 2005(05)
[5]有機氯農(nóng)藥在南京市郊蔬菜中的生物富集與質(zhì)量安全[J]. 郜紅建,蔣新. 環(huán)境科學學報. 2005(01)
[6]ERIC-PCR技術在李斯特氏菌種、菌株鑒定中的應用[J]. 金莉莉,王秋雨,侯瀟. 遺傳. 2003(02)
[7]大腸桿菌MG1655菌株ERIC-PCR圖譜主帶序列組成分析[J]. 陳迎春,曹又方,趙立平. 微生物學通報. 2002(06)
[8]ERIC序列在不同細菌基因組中分布的分析[J]. 曹又方,趙立平. 山西大學學報(自然科學版). 2002(04)
[9]氣相色譜法測定茶葉中六六六、DDT殘留量[J]. 楊靜紅,馬亞文,孫宏賓. 中國公共衛(wèi)生. 2001(05)
[10]農(nóng)藥六六六的GC/MS分析[J]. 張力. 廣東公安科技. 2000(01)
本文編號:3309451
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