基于土壤宏基因組的新穎木聚糖酶基因克隆及生物信息學(xué)分析
發(fā)布時(shí)間:2021-06-16 14:35
土壤微生物總DNA經(jīng)試劑盒提取,使用CODEHOP引物進(jìn)行木聚糖酶基因編碼區(qū)核心序列進(jìn)行擴(kuò)增,根據(jù)所擴(kuò)增序列設(shè)計(jì)hiTAIL-PCR特異性引物,最終克隆了1個(gè)編碼區(qū)長(zhǎng)度為1 284 bp的新穎木聚糖酶基因。生物信息學(xué)分析表明,該基因編碼蛋白質(zhì)氨基酸序列長(zhǎng)度為427 aa,分子量為47 398.91 Da,理論等電點(diǎn)(pI)為8.99,是一個(gè)不含跨膜區(qū)域的親水性蛋白。
【文章來(lái)源】:生物化工. 2020,6(01)
【文章頁(yè)數(shù)】:6 頁(yè)
【部分圖文】:
蛋白質(zhì)跨膜區(qū)域分析
土壤中因富含腐殖酸、多酚等雜質(zhì),其高質(zhì)量微生物總DNA的提取頗有困難困難較大。本研究使用試劑盒法提取總DNA。所提樣品經(jīng)瓊脂糖凝膠電泳檢測(cè),結(jié)果如圖1所示。發(fā)現(xiàn)其條帶單一,泳道內(nèi)無(wú)彌散、降解現(xiàn)象,初步認(rèn)為可滿足PCR擴(kuò)增對(duì)模板質(zhì)量的要求。為了進(jìn)一步驗(yàn)證模板質(zhì)量,以微生物16S rRNA通用引物27F/1525R擴(kuò)增,PCR產(chǎn)物經(jīng)電泳檢測(cè),結(jié)果如圖2所示?梢钥吹綌U(kuò)增產(chǎn)物條帶清晰、符合預(yù)期大小,因此所提取DNA可滿足后續(xù)實(shí)驗(yàn)要求。2.2 木聚糖酶基因核心序列的PCR擴(kuò)增
16S rRNAPCR檢測(cè)
【參考文獻(xiàn)】:
期刊論文
[1]木聚糖酶對(duì)全麥面團(tuán)特性的影響研究[J]. 王佳玉,陳鳳蓮,湯曉智. 中國(guó)糧油學(xué)報(bào). 2019(09)
[2]木聚糖酶預(yù)處理在檀皮纖維漂白中的應(yīng)用[J]. 王陽(yáng),盛杰,劉旭,楊仁黨. 造紙科學(xué)與技術(shù). 2019(01)
[3]木聚糖酶對(duì)肉雞不同類型飼糧凈能值的影響[J]. 班志彬,閆曉剛,張瑩,于維,郎朝麗,梁浩,李立佳,蘇斯瑤,楊華明. 動(dòng)物營(yíng)養(yǎng)學(xué)報(bào). 2019(03)
[4]基于土壤宏基因組文庫(kù)篩選非培養(yǎng)木聚糖酶基因[J]. 熊科,高樂(lè),楊玉煥,崔曉亭,李秀婷. 食品與發(fā)酵工業(yè). 2015(10)
[5]木聚糖酶及其在食品工業(yè)中的應(yīng)用[J]. 閔兆升,郭會(huì)明,顧承真,洪厚勝. 食品與發(fā)酵工業(yè). 2013(10)
本文編號(hào):3233250
【文章來(lái)源】:生物化工. 2020,6(01)
【文章頁(yè)數(shù)】:6 頁(yè)
【部分圖文】:
蛋白質(zhì)跨膜區(qū)域分析
土壤中因富含腐殖酸、多酚等雜質(zhì),其高質(zhì)量微生物總DNA的提取頗有困難困難較大。本研究使用試劑盒法提取總DNA。所提樣品經(jīng)瓊脂糖凝膠電泳檢測(cè),結(jié)果如圖1所示。發(fā)現(xiàn)其條帶單一,泳道內(nèi)無(wú)彌散、降解現(xiàn)象,初步認(rèn)為可滿足PCR擴(kuò)增對(duì)模板質(zhì)量的要求。為了進(jìn)一步驗(yàn)證模板質(zhì)量,以微生物16S rRNA通用引物27F/1525R擴(kuò)增,PCR產(chǎn)物經(jīng)電泳檢測(cè),結(jié)果如圖2所示?梢钥吹綌U(kuò)增產(chǎn)物條帶清晰、符合預(yù)期大小,因此所提取DNA可滿足后續(xù)實(shí)驗(yàn)要求。2.2 木聚糖酶基因核心序列的PCR擴(kuò)增
16S rRNAPCR檢測(cè)
【參考文獻(xiàn)】:
期刊論文
[1]木聚糖酶對(duì)全麥面團(tuán)特性的影響研究[J]. 王佳玉,陳鳳蓮,湯曉智. 中國(guó)糧油學(xué)報(bào). 2019(09)
[2]木聚糖酶預(yù)處理在檀皮纖維漂白中的應(yīng)用[J]. 王陽(yáng),盛杰,劉旭,楊仁黨. 造紙科學(xué)與技術(shù). 2019(01)
[3]木聚糖酶對(duì)肉雞不同類型飼糧凈能值的影響[J]. 班志彬,閆曉剛,張瑩,于維,郎朝麗,梁浩,李立佳,蘇斯瑤,楊華明. 動(dòng)物營(yíng)養(yǎng)學(xué)報(bào). 2019(03)
[4]基于土壤宏基因組文庫(kù)篩選非培養(yǎng)木聚糖酶基因[J]. 熊科,高樂(lè),楊玉煥,崔曉亭,李秀婷. 食品與發(fā)酵工業(yè). 2015(10)
[5]木聚糖酶及其在食品工業(yè)中的應(yīng)用[J]. 閔兆升,郭會(huì)明,顧承真,洪厚勝. 食品與發(fā)酵工業(yè). 2013(10)
本文編號(hào):3233250
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