【摘要】：利用已經(jīng)公布的木質(zhì)部寄生屬(Xylella fastidiosa)2 766個基因組數(shù)據(jù)信息,運用在線計算機預測軟件,分析了木質(zhì)部寄生屬(Xylella fastidiosa)的分泌蛋白組。運用Signal P version 2.0預測得到204個開放閱讀框架具有編碼蛋白質(zhì)的N-端信號肽;運用TMHMM、GPI-anchored預測具有非跨膜蛋白(或者在N-端信號肽只有1個跨膜區(qū)),不具有錨定位點的173個,運用Target P預測除去分泌到線粒體以及位置不確定的分泌蛋白,最終得到X.fastidiosa的分泌蛋白為149個。分泌類信號肽(Sec-type)114個和具雙精氨酸結(jié)構(gòu)的信號肽(RR-motif)32個,分別占分泌蛋白的76.5%和21.5%,脂蛋白信號肽3個,僅占2%,沒有預測到類前菌毛信號肽和細菌素及外激素信號肽。
[Abstract]:Based on the published genomic data of (Xylella fastidiosa) 2766, the secretory proteome of (Xylella fastidiosa) was analyzed by online computer prediction software. Signal P version 2.0 was used to predict the N-terminal signal peptides with coding proteins in the open reading frame, and TMHMM,GPI-anchored was used to predict the non-transmembrane proteins (or only one transmembrane region in the N-terminal signal peptides), and there were no anchoring sites. Target P was used to predict that the secretory proteins secreted to the mitochondria and uncertain position were removed, and the secretory proteins of the X.fastidiosa were obtained to be 149. the N-terminal signal peptides were predicted to have non-transmembrane proteins (or only one transmembrane region in the N-terminal signal peptides) and no anchoring sites. There were 114 secretory signal peptides (Sec-type) and 32 signal peptides with diarginine structure (RR-motif), accounting for 76.5% and 21.5% of secretory proteins, respectively. Lipoprotein signal peptides accounted for only 2%. No prefimal signal peptides, bacteriocin and exocrine signal peptides were predicted.
【作者單位】： 云南農(nóng)業(yè)大學教育部生物多樣性與病蟲害控制重點實驗室;云南省醫(yī)療器械檢驗所;云南生物資源保護與利用國家重點實驗室;
【基金】：國家自然科學基金項目(31270067)
【分類號】：S432.4

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本文編號：2525363