【摘要】：耗散粒子動(dòng)力學(xué)(DPD)模擬是一種重要的研究流體動(dòng)力學(xué)特性的計(jì)算模擬方法,基于Intel MIC平臺(tái)設(shè)計(jì)實(shí)現(xiàn)了面向大規(guī)模耗散粒子動(dòng)力學(xué)模擬,充分結(jié)合了DPD模擬本身的特性和MIC平臺(tái)的特征。對DPD模擬中的近鄰列表構(gòu)建和短程作用力關(guān)鍵代碼實(shí)現(xiàn)了向量化優(yōu)化,在CPU和MIC協(xié)處理器之間采用任務(wù)計(jì)算負(fù)載平衡機(jī)制,支持MPI進(jìn)程內(nèi)線程數(shù)量負(fù)載平衡控制。分別在原型程序上和LAMMPS集成中做了性能對比分析,實(shí)驗(yàn)結(jié)果顯示了引入相關(guān)優(yōu)化技術(shù)的有效性,為進(jìn)一步研究面向MIC眾核平臺(tái)的分子動(dòng)力學(xué)相關(guān)工作奠定了基礎(chǔ)。
[Abstract]:Dissipative particle dynamics (DPD) simulation is an important computational simulation method for the study of hydrodynamic characteristics. Based on the Intel MIC platform, the large-scale dissipative particle dynamics simulation is designed and realized. The characteristics of DPD simulation and MIC platform are fully combined. In this paper, the nearest neighbor list construction and short range force key code in DPD simulation are optimized by vectorization. The task computing load balancing mechanism is adopted between CPU and MIC coprocessor to support the load balancing control of the number of threads in the MPI process. The performance of the prototype program is compared with that of LAMMPS integration. The experimental results show the effectiveness of the introduction of correlation optimization technology, which lays a foundation for further research on molecular dynamics correlation for MIC multi-kernel platform.
【作者單位】： 中國科學(xué)院計(jì)算機(jī)網(wǎng)絡(luò)信息中心;中國科學(xué)院計(jì)算科學(xué)應(yīng)用研究中心;
【基金】：國家重點(diǎn)研發(fā)計(jì)劃“高性能計(jì)算”重點(diǎn)專項(xiàng)項(xiàng)目(2016YFB0201700) 中國科學(xué)院-英特爾并行計(jì)算中心項(xiàng)目(902016000200) 中國科學(xué)院青年創(chuàng)新促進(jìn)會(huì)(2016156)
【分類號(hào)】：O347.7

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本文編號(hào)：2288105