本文關(guān)鍵詞：寨卡病毒基因序列分析及核酸檢測(cè)方法

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【摘要】：目的分析寨卡病毒基因組序列特征,建立寨卡病毒的核酸檢測(cè)方法。方法構(gòu)建81種蟲媒傳播黃病毒和寨卡病毒的系統(tǒng)進(jìn)化樹,比較寨卡病毒與登革病毒4型、日本腦炎病毒的核酸和氨基酸序列差異,分析亞洲型和非洲型寨卡病毒基因變異位點(diǎn),尤其是中國(guó)的4株輸入性寨卡病毒基因序列。通過比較亞洲型和非洲型寨卡病毒全基因組核酸序列,設(shè)計(jì)一組寨卡病毒實(shí)時(shí)熒光定量PCR檢測(cè)的引物和探針,并檢測(cè)其敏感性與特異性。結(jié)果 81種蟲媒傳播黃病毒中,寨卡病毒與Spondweni、Kedougou病毒同源性最近。全基因組核酸序列比較結(jié)果顯示寨卡病毒與登革病毒4型的同源性比日本腦炎病毒更近,而氨基酸序列比較結(jié)果顯示寨卡病毒與日本腦炎病毒的同源性更近。與傳統(tǒng)亞洲型寨卡病毒比較,廣東GD01株有5個(gè)氨基酸突變位點(diǎn),廣東GDZ16001株有3個(gè),浙江ZJ03株有6個(gè),贛縣VE Ganxian株有33個(gè)。所設(shè)計(jì)的PCR引物和探針對(duì)質(zhì)粒標(biāo)準(zhǔn)品檢測(cè)呈陽(yáng)性,檢測(cè)下限為100拷貝/mL,對(duì)細(xì)胞培養(yǎng)的寨卡病毒RNA檢測(cè)呈陽(yáng)性,而對(duì)登革病毒1~4型和日本腦炎病毒檢測(cè)呈陰性。結(jié)論寨卡病毒與Spondweni病毒同源性最近,贛縣VE Ganxian株的高變異顯示寨卡病毒正在快速變異。本研究設(shè)計(jì)的PCR引物和探針可用于亞洲型和非洲型寨卡病毒株檢測(cè),具有較高的敏感性和特異性。
【作者單位】： 第二軍醫(yī)大學(xué)熱帶醫(yī)學(xué)與公共衛(wèi)生學(xué)系生物防御教研室上海市醫(yī)學(xué)生物防護(hù)重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室;第二軍醫(yī)大學(xué)學(xué)員旅學(xué)員7隊(duì);
【關(guān)鍵詞】： 寨卡病毒 病毒基因組 RNA序列分析 核酸檢測(cè) 亞洲
【基金】：上海市衛(wèi)生與計(jì)劃生育委員會(huì)課題(20154Y125) 上海市公共衛(wèi)生三年行動(dòng)計(jì)劃重點(diǎn)學(xué)科建設(shè)項(xiàng)目(15GWZK0103)~~
【分類號(hào)】：R511;R440
【正文快照】： [Acad J Sec Mil Med Univ,2016,37(6):661-667]寨卡病毒(Zika virus)為單正鏈RNA病毒,是黃病毒科黃病毒屬成員,基因組由10 794個(gè)核苷酸組成(MR 766,NC_012532),編碼3個(gè)結(jié)構(gòu)基因(核衣殼蛋白C、膜蛋白M和包膜蛋白E)和7個(gè)非結(jié)構(gòu)基因(NS1、NS2a、NS2b、NS3、NS4a、NS4b和NS5)。寨

【相似文獻(xiàn)】

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