本文關鍵詞：梭梭干旱轉錄組測序和分析及SNAC亞族基因的克隆

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【摘要】：梭梭是一種優(yōu)良的防風固沙植物,不僅對防止土地沙漠化,維護生態(tài)環(huán)境平衡有重要意義,而且梭梭能在極為惡劣的環(huán)境下生長,明確其分子作用機制對培育轉基因抗逆植物以及了解分子抗逆機制網絡有重要參考價值。目前,對梭梭的研究僅限于生理生化水平,對其分子水平的研究仍處于起步階段。本研究完成梭梭轉錄組的測序,構建了梭梭轉錄水平的信息平臺。通過梭梭對照組和干旱組轉錄本的對比分析,篩選出了梭梭不同組織在干旱脅迫前后表達差異的基因。并根據測序數據注釋結果對注釋為梭梭NAC、bZIP、MYB、WRKY轉錄因子的序列進行了分組及生物信息學初步分析。最后克隆了4個SNAC亞族的基因,通過比較克隆獲得的序列和測序獲得的Unigenes序列來驗證測序分析后獲得測序和拼接結果的質量,也為進一步研究梭梭抗逆機制打下了基礎。主要研究結果如下:(1)經過轉錄組測序,原始序列拼接組裝優(yōu)化,共獲得41,381條Unigenes,通過對梭梭正常組和干旱組進行轉錄組測序數據比較分析,在梭梭同化枝中有2430個基因表達在上調,在根中有4349個基因表達上調,有996個基因同時在梭梭莖及根中表達上調。說明梭梭中有大量基因通過不同方式響應干旱脅迫。(2)分析了梭梭四大類轉錄因子,參考擬南芥和水稻的分類方式對各家族成員進行了分組,明確了其在進化關系上的地位,并根據擬南芥和水稻以及其它植物已經驗證功能的基因,結合基因在干旱脅迫前后轉錄水平的表達豐度變化推測了梭梭不同亞家族基因的功能,其中梭梭NAC基因家族中的HaNAC02/03/04/06/20/22/23/24/27/35/42,bZIP轉錄因子家族中的HabZIP3/4/5/6/13/14/16/17/20/22/24/26/27/28/29/31,WRKY基因家族中的HaWRKY2/4/5/6/7/8/11/13/14/15/16/17/18/19/20/21/22/24/25/26/27/28,MYB轉錄因子家族中的HaMYB2/6/8/10/11/12/13/14/15/18/20/25/35/43/44可能通過不同方式不同途徑參與梭梭的干旱脅迫反應。(3)克隆了梭梭NAC家族的HaNAC20/22/24/27基因,得到的NAC基因cDNA全長序列與Unigenes序列相似度達99%以上,說明梭梭轉錄組序列組裝質量良好。將克隆出的全長序列提交至NCBI,基因登錄號分別為KU845314、KU845315、KU845316、KU845318,并對這4條序列進行了初步的生物信息學分析。
【關鍵詞】：梭梭 轉錄組 差異基因 轉錄因子家族 生物信息學
【學位授予單位】：新疆農業(yè)大學
【學位級別】：碩士
【學位授予年份】：2016
【分類號】：Q943.2
【目錄】：

• 摘要4-5
• Abstract5-7
• 英文縮略說明表7-8
• 第1章 緒論8-16
• 1.1 梭梭簡介8-9
• 1.2 干旱研究概況9
• 1.3 轉錄組測序研究進展9-10
• 1.4 植物轉錄因子研究進展10-14
• 1.5 選題目的和意義14-15
• 1.6 本研究技術路線15-16
• 第2章 梭梭RNA的制備及轉錄組測序16-27
• 2.1 實驗材料16
• 2.2 試驗方法16-22
• 2.3 結果與分析22-25
• 2.4 討論25-27
• 第3章 梭梭干旱轉錄組NAC、bZIP、MYB、WRKY四大類轉錄因子家族生物信息學分析27-58
• 3.1 梭梭干旱轉錄組NAC基因家族生物信息學分析27-36
• 3.2 梭梭干旱轉錄組b ZIP基因家族生物信息學分析36-43
• 3.3 梭梭干旱轉錄組MYB基因家族生物信息學分析43-50
• 3.4 梭梭干旱轉錄組WRKY基因家族生物信息學分析50-56
• 3.5 總結與討論56-58
• 第4章 4個梭梭SNAC亞族基因的克隆與序列分析58-65
• 4.1 材料與試劑58
• 4.2 試驗方法58-61
• 4.3 結果與分析61-64
• 4.4 討論64-65
• 第5章 結論與展望65-67
• 5.1 結論65-66
• 5.2 展望66-67
• 參考文獻67-73
• 作者簡介73-74
• 致謝74

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本文編號：850738