本文關鍵詞：京海黃雞卵巢轉錄組研究:基因結構分析與新基因發(fā)掘注釋

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【摘要】：本試驗通過對京海黃雞卵巢組織進行轉錄組分析,旨在為完善京海黃雞部分基因結構和發(fā)掘新基因提供參考。選取高、低產京海黃雞各4只,利用轉錄組測序(RNA-Seq)技術對其卵巢轉錄組進行測序,然后對得到的測序數據進行生物信息學分析。測序數據經過質量控制后,8個樣品共得到484 992 074條有效數據(Clean Reads),總計61.09Gb。篩選出1 445 264個京海黃雞品種內SNP位點,其中位于基因區(qū)的SNP位點916 108個,位于基因間區(qū)的SNP位點552 168個。8個樣品中平均新預測的可變剪接12 883個,并對7 481個基因結構進行了優(yōu)化。與所選的參考基因組序列對比分析,共發(fā)掘4 431個新基因,通過與各數據庫進行序列對比,1 809個新基因得到功能注釋。本研究通過轉錄組測序技術檢測了京海黃雞卵巢組織的基因結構,為進一步完善京海黃雞的基因結構信息及發(fā)掘潛在的新基因提供分子水平的依據。
【作者單位】： 揚州大學動物科學與技術學院;江蘇省動物遺傳繁育與分子設計重點實驗室;
【關鍵詞】： 轉錄組測序 京海黃雞 基因結構 SNP 新基因
【基金】：國家肉雞產業(yè)技術體系(nycytx-42-G1-05) 江蘇高校優(yōu)勢學科建設工程 江蘇省動物遺傳繁育與分子設計重點實驗室
【分類號】：S831
【正文快照】： 轉錄組是特定組織或細胞在某一發(fā)育階段或功能狀態(tài)下轉錄出來的所有RNA的總和,主要包括mRNA和非編碼RNA(ncRNA)[1-2]。隨著轉錄組研究技術的發(fā)展,出現了以Roche公司、Illumina公司和ABI公司等為代表研發(fā)的新一代轉錄組測序技術(RNA-Seq)[3],使得對基因結構及功能進行整體水平

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