發(fā)布時間：2017-08-14 17:23

  本文關(guān)鍵詞：人類微小RNA-208a的靶基因預(yù)測及生物學(xué)過程和信號通路的生物信息學(xué)分析

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【摘要】：目的采用生物信息學(xué)技術(shù)預(yù)測人類微小RNA-208a(hsa-miRNA-208a)靶基因及分析其可能參與的生物學(xué)過程及信號通路。方法應(yīng)用miRbase數(shù)據(jù)庫和UCSC Genome Browser分析工具獲取hsa-miRNA-208a的染色體定位、堿基序列和物種保守性等基本信息,利用miRanda、miRDB、Target Scan和miRwalk進行靶基因預(yù)測,采用miRwalk網(wǎng)站對靶基因取交集,合并有文獻支持和經(jīng)實驗證實的靶基因作為基因集,對基因集進行功能富集分析(GO分析)和信號通路分析。結(jié)果hsa-miRNA-208a序列在各物種間高度保守。對Target Scan、miRDB、miRanda和miRwalk預(yù)測的靶基因進行交集后共得到16個靶基因(CPEB2、CSNK2A2、DLD、MTF2、FBXO28、LEP、SMAD4、NLK、GPR88、VPS13D、ZNF215、CHD9、SLC7A5、C19orf44、SLC45A3、MAP4K4),miRwalk、DIANA Lab Tar Base檢索到已驗證的靶基因分別為12個(CASP3、MRGPRX3、FPRL1、MED13、IL10、GATA4、HSH2D、MYH6、MYH7、TNNI3、CDKN1A、PAK3)和3個(SOX6、MTM1、TAB3)。GO分析結(jié)果顯示靶基因富集于心室肌組織發(fā)育、心室形態(tài)發(fā)育、心腔發(fā)育、心肌發(fā)育、心臟發(fā)育以及細胞發(fā)育等生物學(xué)過程(P0.05);信號通路分析結(jié)果顯示靶基因富集于黏附連接、緊密連接、心肌收縮、Wnt信號通路以及病毒性心肌炎、肥厚型心肌病和擴張型心肌病的相關(guān)信號通路中(P0.05)。結(jié)論 hsa-miRNA-208a參與心臟生長發(fā)育的生物學(xué)過程,與心肌疾病的發(fā)生密切相關(guān)。
【作者單位】： 廣西醫(yī)科大學(xué)第一附屬醫(yī)院心血管內(nèi)科;
【關(guān)鍵詞】： 微小RNA-a 人類 生物信息學(xué) 靶基因 心臟生長發(fā)育 心肌疾病
【分類號】：R54;Q811.4
【正文快照】： 微小RNA(microRNA,miRNA)是一類長度約20~24個核苷酸的內(nèi)源性、非編碼RNA,它通過影響mRNA的穩(wěn)定性和翻譯,參與多細胞生物表達基因的轉(zhuǎn)錄后調(diào)控。成熟miRNA整合入RNA誘導(dǎo)的沉默復(fù)合體(RNA-inducedsilencing complex,RISC),miRNA 5'端第2~8個核苷酸(種子序列)通過與靶基因mRNA 3

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本文編號：673820