本文關(guān)鍵詞：基于時(shí)間序列的基因表達(dá)數(shù)據(jù)分析與基因調(diào)控網(wǎng)絡(luò)建模方法研究

  更多相關(guān)文章： 時(shí)間序列 基因差異表達(dá) 基因調(diào)控網(wǎng)絡(luò) HMM模型 動(dòng)態(tài)貝葉斯模型

【摘要】：由于大多數(shù)生物過(guò)程是動(dòng)態(tài)的,基于時(shí)間序列的實(shí)驗(yàn)可以幫助人們理解這些過(guò)程并進(jìn)行建模。有一些基因數(shù)據(jù)是可以隨著時(shí)間來(lái)測(cè)量的,在這之中最豐富可用的數(shù)據(jù)就是基于時(shí)間序列的基因表達(dá)數(shù)據(jù)。這種數(shù)據(jù)可以用來(lái)描述特定基因的功能、這些基因之間的關(guān)系、它們的調(diào)控和協(xié)調(diào)信息以及其臨床意義等,基于時(shí)間序列的基因表達(dá)數(shù)據(jù)已經(jīng)成為研究生物過(guò)程的最基本的方法之一。本文使用Ethanoligenens harbinense YUAN-3細(xì)菌在特定條件下的6個(gè)時(shí)間點(diǎn)分別測(cè)量得到的基于時(shí)間序列的RNA-Seq數(shù)據(jù),在靜態(tài)基因表達(dá)數(shù)據(jù)分析方法的基礎(chǔ)上,充分利用了時(shí)序數(shù)據(jù)的動(dòng)態(tài)特性,使用基于時(shí)序差異以及LRT的方法對(duì)細(xì)菌的基因進(jìn)行表達(dá)差異分析,識(shí)別了在整個(gè)時(shí)間序列上差異表達(dá)的基因;使用基于時(shí)序軌跡以及HMM模型的聚類(lèi)算法為細(xì)菌表達(dá)數(shù)據(jù)進(jìn)行聚類(lèi),可以有效地識(shí)別細(xì)菌基因表達(dá)的動(dòng)態(tài)變化;并使用動(dòng)態(tài)貝葉斯網(wǎng)絡(luò)為細(xì)菌基因調(diào)控網(wǎng)絡(luò)建模,可以有效地分析轉(zhuǎn)錄時(shí)間延遲,建立正確的基因調(diào)控關(guān)系。
【關(guān)鍵詞】：時(shí)間序列 基因差異表達(dá) 基因調(diào)控網(wǎng)絡(luò) HMM模型 動(dòng)態(tài)貝葉斯模型
【學(xué)位授予單位】：哈爾濱工業(yè)大學(xué)
【學(xué)位級(jí)別】：碩士
【學(xué)位授予年份】：2016
【分類(lèi)號(hào)】：Q811.4;TP311.13
【目錄】：

• 摘要4-5
• Abstract5-8
• 第1章 緒論8-14
• 1.1 課題背景及研究意義8-10
• 1.1.1 課題背景8-9
• 1.1.2 研究目的與意義9-10
• 1.2 國(guó)內(nèi)外研究現(xiàn)狀10-12
• 1.3 本文的研究?jī)?nèi)容12-14
• 第2章 基因差異表達(dá)分析14-25
• 2.1 靜態(tài)實(shí)驗(yàn)與Time-series實(shí)驗(yàn)14-15
• 2.2 基因差異表達(dá)分析的基本原理15-18
• 2.3 識(shí)別差異表達(dá)基因的過(guò)程18-24
• 2.3.1 序列比對(duì)19-21
• 2.3.2 計(jì)算Read的原始數(shù)量信息21-22
• 2.3.3 基因差異表達(dá)分析22-24
• 2.4 本章小結(jié)24-25
• 第3章 基因表達(dá)的時(shí)序模式分析25-39
• 3.1 基因表達(dá)的時(shí)序模式25-26
• 3.2 靜態(tài)聚類(lèi)方法26-28
• 3.3 基于時(shí)間序列的聚類(lèi)方法28-37
• 3.3.1 基于時(shí)序軌跡相似度的方法29-31
• 3.3.2 基于HMM的聚類(lèi)方法31-33
• 3.3.3 使用HMM模型對(duì)細(xì)菌表達(dá)數(shù)據(jù)進(jìn)行聚類(lèi)33-37
• 3.4 本章小結(jié)37-39
• 第4章 基因調(diào)控網(wǎng)絡(luò)建模39-48
• 4.1 常用的基因表達(dá)建模方法39-40
• 4.2 動(dòng)態(tài)貝葉斯網(wǎng)絡(luò)的基本原理40-41
• 4.3 使用動(dòng)態(tài)貝葉斯網(wǎng)絡(luò)構(gòu)建基因調(diào)控網(wǎng)絡(luò)41-46
• 4.4 本章小結(jié)46-48
• 結(jié)論48-49
• 參考文獻(xiàn)49-53
• 攻讀碩士學(xué)位期間發(fā)表的論文53-55
• 致謝55

【相似文獻(xiàn)】

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