牛角是一個重要的形態(tài)特征,對野生狀態(tài)下個體的生存競爭優(yōu)勢具有重要的影響。然而,無角表型的自然突變體早在8000年前就已在歐洲和非洲黃牛群體中觀察到,且早期研究已證實該性狀以顯性方式遺傳。四川擁有豐富的地方黃牛資源,但歷史上全部為有角表型。近幾十年中,四川先后引入荷斯坦牛和西門塔爾牛凍精雜交改良本地黃牛,該過程也將決定無角表型的等位基因?qū)氲搅嗽摶虺刂?現(xiàn)已觀察到了一定比例的無角牛。目前已有至少三個獨立的遺傳標記被證實與黃牛無角表型間存在完全的相關(guān)性,即該三個遺傳標記中任何一個發(fā)生突變均會導(dǎo)致無角表型。為了驗證四川黃牛群體中的無角表型相關(guān)遺傳標記,進而為分子標記輔助選擇提供理論基礎(chǔ),我們開展了以下研究:(1)黃牛無角表型候選遺傳標記篩選。以蜀宣花牛為試驗材料,收集48頭無角牛和16頭有角牛的耳組織樣本,保證個體間無親緣關(guān)系。針對3個與無角表型完全相關(guān)的遺傳標記(P202ID、P80kbID、P219ID)和4個不完全相關(guān)的遺傳標記(P5ID、PG1855898A、PC1768587A、PG1654405A),設(shè)計PCR引物擴增目標片段,采用毛細管電泳法、Sanger測序和瓊脂糖電泳方法進...

【文章頁數(shù)】：55 頁

【學位級別】：碩士

【文章目錄】：
摘要
Abstract
1 文獻綜述
    1.1 黃牛無角表型的出現(xiàn)歷史與培育利用
    1.2 牛角的組織發(fā)育過程
    1.3 黃牛無角表型功能基因及遺傳標記的研究進展
        1.3.1 參與角發(fā)育的相關(guān)功能基因
        1.3.2 決定黃牛無角表型的遺傳位點
        1.3.3 與黃牛無角表型相關(guān)的遺傳標記
    1.4 基于多遺傳標記預(yù)測個體表型的決策模型
        1.4.1 機器學習與決策模型
        1.4.2 決策模型分類
    1.5 本研究的目的與意義
2 材料與方法
    2.1 實驗材料
        2.1.1 無角和有角表型個體收集
        2.1.2 轉(zhuǎn)錄組測序數(shù)據(jù)
    2.2 實驗器材
    2.3 實驗儀器
    2.4 分析軟件
    2.5 實驗試劑及配制
    2.6 實驗方法
        2.6.1 黃牛無角表型候選遺傳標記的基因型檢測
        2.6.2 黃牛母系組成分析
        2.6.3 轉(zhuǎn)錄組分析
    2.7 基于決策樹的機器學習模型建立
        2.7.1 建模工具
        2.7.2 數(shù)據(jù)預(yù)處理
        2.7.3 模型構(gòu)建
        2.7.4 模型評估
3 結(jié)果與分析
    3.1 黃牛無角表型候選遺傳標記檢測結(jié)果
        3.1.1 基因分型
        3.1.2 位點間連鎖不均衡分析
        3.1.3 母系起源分析
    3.2 牛角表型預(yù)測
        3.2.1 突變位點與角性狀的關(guān)聯(lián)分析
        3.2.2 機器學習模型預(yù)測角表型
    3.3 無角性狀區(qū)域的基因篩選
        3.3.1 基因富集化分析
        3.3.2 基因共表達分析
        3.3.3 基因同源性分析
4 討論
    4.1 四川黃牛群體中的無角表型相關(guān)遺傳標記
    4.2 建立決策模型預(yù)測個體的角表型
    4.3 黃牛無角表型相關(guān)候選功能基因分析
5 結(jié)論
參考文獻
致謝
作者簡歷



本文編號：4033773