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基于轉(zhuǎn)錄組測(cè)序的棘頭梅童魚(yú)四個(gè)生殖發(fā)育相關(guān)基因研究

發(fā)布時(shí)間:2024-05-14 22:07
  棘頭梅童魚(yú)(Collichthys lucidus)作為我國(guó)重要的小型、底棲經(jīng)濟(jì)魚(yú)類(lèi),廣泛分布于我國(guó)河口地區(qū)及沿海海域。棘頭梅童魚(yú)的肉質(zhì)細(xì)膩,味道鮮美,終年可以捕獲,深受沿海居民的喜愛(ài)。然而,棘頭梅童魚(yú)有限的種群規(guī)模和繁衍速率難以滿(mǎn)足市場(chǎng)需求,現(xiàn)已出現(xiàn)過(guò)度捕撈和種群衰退的危險(xiǎn)。課題組已對(duì)我國(guó)沿海地區(qū)棘頭梅童魚(yú)群體遺傳結(jié)構(gòu)進(jìn)行了系統(tǒng)研究,并正在開(kāi)展棘頭梅童魚(yú)規(guī);庇夹g(shù)攻關(guān)與研究工作。目前,棘頭梅童魚(yú)缺少轉(zhuǎn)錄組學(xué)及基因組學(xué)信息,對(duì)棘頭梅童魚(yú)細(xì)胞學(xué)與生殖學(xué)方面的研究尚未見(jiàn)報(bào)道。對(duì)棘頭梅童魚(yú)生殖細(xì)胞發(fā)育及相關(guān)調(diào)控機(jī)制的研究,不論對(duì)棘頭梅童魚(yú)遺傳基礎(chǔ)的深入系統(tǒng)研究,還是產(chǎn)業(yè)化開(kāi)發(fā)都有很深遠(yuǎn)的意義。本研究基于Illumina HiSeqTMM 500測(cè)序平臺(tái),對(duì)棘頭梅童魚(yú)成熟精巢和卵巢進(jìn)行轉(zhuǎn)錄組測(cè)序,經(jīng)de nove組裝,得到與棘頭梅童魚(yú)生殖發(fā)育相關(guān)的基因及信號(hào)通路;通過(guò)克隆得到生殖細(xì)胞特異基因dnd、dmrt1、foxl2和vasa cDNA全長(zhǎng)序列,并對(duì)它們的表達(dá)模式和功能進(jìn)行分析研究;最后通過(guò)數(shù)據(jù)庫(kù)預(yù)測(cè)參與棘頭梅童魚(yú)生殖發(fā)育調(diào)控的microRNA。本研究結(jié)果不僅可以...

【文章頁(yè)數(shù)】:81 頁(yè)

【學(xué)位級(jí)別】:碩士

【部分圖文】:

圖1-1棘頭梅童魚(yú)外部形態(tài)

圖1-1棘頭梅童魚(yú)外部形態(tài)

梅童魚(yú)簡(jiǎn)介童魚(yú)(Collichthyslucidus),俗稱(chēng)梅童,小金鱗,隸屬硬hyes),鱸形目(Perciformes),石首魚(yú)科(Sciaenidae),梅童魚(yú)屬型底棲經(jīng)濟(jì)魚(yú)類(lèi)[73,74],短期洄游、喜棲息于低鹽度溫水水域[75分布于我國(guó)黃渤海、東海和南海水域,適溫、....


圖1-2技術(shù)路線(xiàn)

圖1-2技術(shù)路線(xiàn)

上海海洋大學(xué)碩士學(xué)位論文LRE驗(yàn)證vasa和dnd的3’非編碼區(qū)對(duì)于PGCs具有保守的標(biāo)記作用,是重要的生殖細(xì)胞標(biāo)記基因。通過(guò)靶向調(diào)控基因數(shù)據(jù)庫(kù)反向預(yù)測(cè)和microRNA保守性分析,初步篩選到6個(gè)性腺特異的microRNA,為探究性腺特異基因轉(zhuǎn)錄后水平調(diào)....


圖2-1NR注釋物種分布圖

圖2-1NR注釋物種分布圖

圖2-1NR注釋物種分布圖Fig.2-1NRspeciesdistributionGO分類(lèi)注釋用于描述序列的功能,分為生物過(guò)程(Biologicalprocess)、細(xì)(Cellularcomponent)和分子功能(Molecularfunction)三個(gè)部....


圖2-2GO分類(lèi)注釋結(jié)果圖

圖2-2GO分類(lèi)注釋結(jié)果圖

圖2-2GO分類(lèi)注釋結(jié)果圖Fig.2-2GOanalysis隨后,通過(guò)eggNOG蛋白質(zhì)組分析,用于unigene的功能分類(lèi)。48,042個(gè)(36.63%nigene被分成24類(lèi)(圖2-3)。最豐富的類(lèi)別有:信號(hào)轉(zhuǎn)導(dǎo)機(jī)制(9710,20.2%)般功能預(yù)測(cè)(96....



本文編號(hào):3973478

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