目的識別與前列腺癌不良預后相關的差異甲基化基因,為尋找治療靶點提供數據支持。方法利用GEO數據庫的4個前列腺癌基因芯片數據集GSE46602、GSE69223、GSE6919和GSE32269進行差異基因的篩選,并與TCGA數據相比對。通過David數據庫對其進行功能富集分析。采用String數據庫構建了基因編碼蛋白之間PPI網絡,隨后利用Cytoscape軟件進行分析并實現可視化。通過TCGA甲基化數據,考量基因的甲基化水平,并利用臨床數據觀察其差異表達對預后的影響。結果 GEO數據庫篩選得到差異基因600個,與TCGA數據比對后,得到差異基因301個。激活了癌癥、p I3K-Akt和cGMP-PKG信號通路。構建PPI網絡,分析出10個網絡關鍵節(jié)點,進一步做差異甲基化分析,發(fā)現過表達基因EZH2、TOP2A、GTSE1和HOXC6存在啟動子區(qū)低甲基化情況,低表達基因CAV1啟動子區(qū)高甲基化。其中基因EZH2、GTSE1和HOXC6的過表達與前列腺癌的不良預后相關。結論選取不同平臺的前列腺癌數據,通過生物信息學分析,篩選出與不良預后相關的差異甲基化基因,為前列腺癌治療提供新的分子靶點...

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圖3差異基因蛋白質互作網絡

圖2差異基因篩選韋恩圖2.3PPI網絡構建

圖1差異基因篩選流程圖

為選取更具特征性的差異基因，分析了原發(fā)前列腺癌GSE46602數據，得到差異表達基因1393個，其中上調表達502個，下調表達891個；GSE69223數據，得到差異表達基因1759個，其中上調表達592個，下調表達1167個，兩個結果取交集得到差異基因401個。分析轉移前列腺癌....

圖2差異基因篩選韋恩圖

對最終篩選的301個差異基因做GO分析和KEGG分析。GO分析結果顯示，生物過程（biologicalprocess,BP）主要圍繞聚合酶II啟動子轉錄的負性調節(jié)、細胞增殖的調控和細胞黏附及分化；細胞組分（cellularcomponent,CC）主要表現在細胞質、質膜、胞漿....

圖4關鍵基因甲基化水平（A:EZH2,P=6.84E-08;B:TOP2A,P=2.49E-05;C:GTSE1,P=1.62E-12;D:HOXC6,P<1.0E-12;E:CAV1,P<1.0E-12;**P<0.01)

利用TCGA臨床數據評估上一步中篩選出的5個差異甲基化基因，考察其表達水平與生存時間的關系。K-M法生存曲線顯示，前列腺癌患者組織中EZH2、GTSE1和HOXC6高表達組患者總生存率低于低表達組，差異具有顯著性，P<0.05，詳見圖5。圖5生存分析曲線（A:EZH2;B:GT....

本文編號：3971618