目的使用生物信息學(xué)方法,揭示瘢痕疙瘩發(fā)病過程中參與的核心基因,并預(yù)測與其互作的潛在微小核糖核酸(micro-ribonucleic acid,miRNA)。方法從NCBI Gene database中獲取GSE7890基因芯片集,應(yīng)用LIMMA軟件,條件限制為P<0.05且?Symbol|A@log₂FC?Symbol|A@>1.5篩選出差異基因。通過DAVID(database for annotation,visualization and integrated discovery)對篩選出的差異基因進(jìn)行功能富集分析。使用STRING(search tool for the retrieval of interacting genes)官方平臺(tái)和MCODE (molecular complex detection)軟件進(jìn)一步建立PPI(protein-protein interaction)網(wǎng)絡(luò)圖并通過分析連接度分出有意義的集簇模塊。最后,CyTargeLinker用于預(yù)測與核心基因相互作用的潛在miRNA的分析。結(jié)果本研究共獲得69個(gè)上調(diào)基因和1...

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圖1火山圖和熱圖

本研究下載GSE7890基因數(shù)據(jù)集,該數(shù)據(jù)集共包含19個(gè)樣本,從中挑選5個(gè)生理性瘢痕(未處理激素)和5個(gè)瘢痕疙瘩(未處理激素)樣本。通過運(yùn)行R語言程序,經(jīng)過一系列對數(shù)據(jù)的前處理,分別得出共243個(gè)差別基因,69個(gè)上調(diào)基因和174個(gè)下調(diào)基因。并且,繪制差異基因的火山圖和前50個(gè)差....

圖2蛋白質(zhì)互作網(wǎng)絡(luò)及其前4個(gè)集簇模塊

經(jīng)過對篩選出的差異基因進(jìn)一步分析得知,這些基因主要參與細(xì)胞增殖及細(xì)胞外基質(zhì)的細(xì)胞定位及生物過程。關(guān)于分子功能中的“肝素結(jié)合”,已有研究表明肝素負(fù)調(diào)控成纖維細(xì)胞增殖和細(xì)胞外基質(zhì)沉積[18];關(guān)于“胚胎發(fā)育系統(tǒng)形態(tài)”,有相關(guān)研究揭示瘢痕疙瘩細(xì)胞外基質(zhì)具有軟骨樣改變[19]。通過KEG....

圖3miRNA-核心基因調(diào)控網(wǎng)絡(luò)

圖2蛋白質(zhì)互作網(wǎng)絡(luò)及其前4個(gè)集簇模塊根據(jù)先前研究,已知瘢痕疙瘩成纖維細(xì)胞的異常增殖與凋亡的異常機(jī)制共同參與瘢痕疙瘩疾病的發(fā)生[23]。KIT又名C-KIT,編碼三型受體酪氨酸激酶蛋白。該基因編碼的C-KIT蛋白/配體SCF(stemcellfactor)通路已被證實(shí)與炎癥疾....

本文編號(hào)：3970122