水稻作為一種重要的經(jīng)濟(jì)農(nóng)作物,為全世界超過百分之五十的人口提供糧作物。水稻在長(zhǎng)期進(jìn)化的過程中受到自然選擇的作用,部分重要的優(yōu)勢(shì)性狀得以保留并在不斷的人工馴化過程中獲得很好的提升,從而讓水稻更好地抵御來自外界的生物或非生物脅迫。本研究利用轉(zhuǎn)錄組分析方法比較兩種不同亞種的栽培水稻Nipponbare(粳稻,japonicarice cultivar)和 93-11(秈稻,indica rice cultivar)在響應(yīng)子囊菌稻瘟病菌(Pyriculariaoryzae)的方式上的不同。從檢測(cè)到的差異表達(dá)基因集中,我們發(fā)現(xiàn)兩種水稻在響應(yīng)稻瘟病菌侵染有很大差異,并且在進(jìn)化上高度保守的直系同源基因所表現(xiàn)出的表達(dá)差異性是兩種水稻對(duì)稻瘟病菌差異響應(yīng)的一個(gè)重要因素。進(jìn)一步分析結(jié)果表明直系同源基因上游啟動(dòng)子區(qū)域的高水平核酸多態(tài)性與它們的差異性基因表達(dá)模式呈現(xiàn)正相關(guān),而由啟動(dòng)子區(qū)域的核酸多態(tài)性所造成的轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合位點(diǎn)多態(tài)性是這些響應(yīng)稻瘟病菌的直系同源基因在兩種水稻中展現(xiàn)出差異表達(dá)模式的重要原因。從這些結(jié)果我們可以總結(jié)出粳稻和秈稻在受到長(zhǎng)期自然選擇和人工馴化的過程中可能進(jìn)化出兩種不同的機(jī)制來抵御稻瘟病菌的侵...

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圖２－１實(shí)驗(yàn)材料處理的流程??Ｆｉｇ?２－１?Ｔｈｅ?ｗｏｒｋｆｌｏｗ?ｏｆ?ｅｘｐｅｒｉｍｅｎｔ??

２．２．１實(shí)驗(yàn)材料處理流程??所選取的Ｎｉｐｐｏｎｂａｒｅ和９３－１１水稻種子于田間栽培，待水稻長(zhǎng)出適宜的葉??苗后放置黑暗環(huán)境下生長(zhǎng)。實(shí)驗(yàn)材料的處理如圖２－１所示。取一組未接種稻瘟??病菌的水稻苗并提�。遥危磷鰹閷�(duì)照組。另取一組水稻苗分別接種ＦＪ８１２７８和??Ｇｕｙｌｌ兩種稻....

圖２－３?Ｒｅａｄｓ中每個(gè)位點(diǎn)的堿基分布及質(zhì)量分布

魯?Ｌｏｗ?Ｑｕａｌｉｔｙ：?０．６１％??？?Ｃｌｅａｎ?Ｒｅａｄｓ：?９８．９０％??圖２－４原始測(cè)序數(shù)據(jù)中被過濾的數(shù)據(jù)??Ｆｉｇ．２－４?Ｔｈｅ?ｆｉｌｔｅｒｅｄ?ｓｅｑｕｅｎｃｉｎｇ?ｒｅａｄｓ?ｉｎ?ｒａｗ?ｒｅａｄｓ?ｄａｔａ??１０??

圖２－４原始測(cè)序數(shù)據(jù)中被過濾的數(shù)據(jù)??Ｆｉｇ．２－４?Ｔｈｅ?ｆｉｌｔｅｒｅｄ?ｓｅｑｕｅｎｃｉｎｇ?ｒｅａｄｓ?ｉｎ?ｒａｗ?ｒｅａｄｓ?ｄａｔａ??

ｐｏｓｉｔｉｏｎ?ａｌｏｎｇ?ｒｅａｄｓ??Ｏ??圖２－３?Ｒｅａｄｓ中每個(gè)位點(diǎn)的堿基分布及質(zhì)量分布。橫坐標(biāo)為堿基在ｒｅａｄｓ中的位置，縱坐??標(biāo)為減基的百分比，左右各半表示雙端測(cè)序數(shù)據(jù)的ｌｅｆｔ?ｒｅａｄｓ和ｒｉｇｈｔ?ｒｅａｄｓ，Ｑ２０和Ｑ３０??分別表示堿基質(zhì)量９９％和９９....

圖３－２?３０個(gè)樣本原始測(cè)序數(shù)據(jù)的過濾結(jié)果，其中ｘ軸代表三十個(gè)樣本的名字，ｙ軸代表雙??端ｒｅａｄｓ的數(shù)量，不同顏色代表不同類型的測(cè)序數(shù)據(jù)

?ｍｍｍｍ??ＦＪ８７：?ＦＪ８１２７８?ＧＹ１１：?Ｇｕｙ１１??圖３－１兩種菌株對(duì)兩個(gè)水稻品種的致病性檢測(cè)??Ｆｉｇ?３－１?Ｐａｔｈｏｇｅｎｉｃｉｔｙ?ｏｆ?ｔｗｏ?ｉｓｏｌａｔｅｓ?ｉｎ?ｔｗｏ?ｒｉｃｅ?ｃｕｌｔｉｖａｒｓ??４Ｅ？０７?ＢＨｉｇｈ?Ｑｕａｌｉｔｙ?■ｒ....

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