發(fā)布時(shí)間：2024-03-10 05:41

　　該文為探究MAPK15基因的結(jié)構(gòu)和功能,根據(jù)冬瓜(Benincasa hispida (Thunb.) Cogn.)轉(zhuǎn)錄組高通量測(cè)序結(jié)果,采用RT-PCR方法從冬瓜中分離得到MAPK15基因的完整編碼序列,命名為BhMAPK15。序列分析表明,BhMAPK15開放閱讀框(ORF)長(zhǎng)1 704 bp,編碼567個(gè)氨基酸。亞細(xì)胞定位預(yù)測(cè)表明,BhMAPK15可能定位于細(xì)胞核或細(xì)胞質(zhì)。以NCBI數(shù)據(jù)庫為基礎(chǔ),從數(shù)據(jù)庫中獲得模式植物水稻、擬南芥和其他不同物種間的MAPK15家族成員,分析該基因與這些成員的氨基酸序列、保守基序,并構(gòu)建系統(tǒng)進(jìn)化樹。經(jīng)系統(tǒng)進(jìn)化樹分析表明,BhMAPK15屬于D組家族成員,與甜瓜、南瓜、黃瓜和苦瓜的相似性較高。氨基酸序列和保守基序結(jié)果表明,該基因家族成員保守性較高。實(shí)時(shí)熒光定量PCR分析表明,BhMAPK15在不同組織器官中均有表達(dá),且非生物脅迫處理可以上調(diào)BhMAPK15的表達(dá)水平。上述研究結(jié)果表明,BhMAPK15基因可能在冬瓜響應(yīng)非生物脅迫中發(fā)揮作用。

【文章頁數(shù)】：12 頁

【部分圖文】：

圖1冬瓜BhMAPK15基因ORF擴(kuò)增結(jié)果

利用課題組前期獲得的冬瓜轉(zhuǎn)錄組測(cè)序結(jié)果,對(duì)MAPK基因進(jìn)行搜索,初步得到冬瓜MAPK候選基因。利用NCBI數(shù)據(jù)庫對(duì)候選基因結(jié)構(gòu)域、ORF完整性等方面進(jìn)行驗(yàn)證,最終得到1個(gè)具有完整ORF的MAPK基因序列。根據(jù)基因的序列設(shè)計(jì)ORF引物,冬瓜葉片cDNA為模板,進(jìn)行PCR擴(kuò)增,結(jié)果發(fā)....

圖2冬瓜BhMAPK15核苷酸序列及其相應(yīng)的氨基酸序列

圖1冬瓜BhMAPK15基因ORF擴(kuò)增結(jié)果2.2冬瓜BhMAPK15氨基酸序列分析

圖3冬瓜BhMAPK15三級(jí)結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)

利用SOPMA預(yù)測(cè)BhMAPK15蛋白二級(jí)結(jié)構(gòu),結(jié)果顯示,無規(guī)則卷曲(randomcoil)、α螺旋(alphahelix)為該蛋白主要構(gòu)成元件,分別占蛋白總氨基酸的41.80%和40.92%;利用Phyre2預(yù)測(cè)BhMAPK15蛋白三級(jí)結(jié)構(gòu),結(jié)果如圖3所示。圖4冬瓜BhM....

圖4冬瓜BhMAPK15蛋白親疏水性分析

圖3冬瓜BhMAPK15三級(jí)結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)利用DNAMAN5.0對(duì)BhMAPK15氨基酸序列預(yù)測(cè)分析。結(jié)果(圖4A和圖4B)表明,BhMAPK15第219位的半胱氨酸(Cys)分值最高(2.61),疏水性最強(qiáng),第130位的苯丙氨酸(Phe)分值最低(–1.86),親水性最強(qiáng)。同時(shí)從....

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