目的:通過(guò)生物信息學(xué)分析篩選與肝癌預(yù)后有關(guān)的miRNA及其調(diào)控的靶基因,為開(kāi)發(fā)肝癌新的預(yù)后標(biāo)志物及治療策略提供新思路。方法:利用來(lái)自TCGA數(shù)據(jù)庫(kù)中肝癌的miRNA表達(dá)數(shù)據(jù)、mRNA表達(dá)數(shù)據(jù)和臨床預(yù)后數(shù)據(jù),利用R軟件中的limma包和survival包對(duì)miRNA進(jìn)行差異表達(dá)分析和預(yù)后分析,利用多個(gè)數(shù)據(jù)庫(kù)對(duì)具有預(yù)后意義的miRNA進(jìn)行靶基因預(yù)測(cè)并降維得到高置信度的靶基因集,對(duì)所有靶基因進(jìn)行GO、KEGG和蛋白進(jìn)行互作網(wǎng)絡(luò)分析;對(duì)篩選出來(lái)的樞紐基因在肝癌中的預(yù)后意義進(jìn)行分析,并對(duì)其激酶靶點(diǎn)進(jìn)行預(yù)測(cè)。結(jié)果:通過(guò)差異分析和預(yù)后分析篩選出4個(gè)可以作為肝癌預(yù)后標(biāo)志物的miRNA;通過(guò)進(jìn)一步預(yù)測(cè)其靶基因并結(jié)合蛋白互作網(wǎng)絡(luò)分析,得到3個(gè)樞紐基因,其中EZH2可以作為肝癌的預(yù)后標(biāo)志物;靶基因的富集分析表明基因主要富集在血管生成、RNA聚合酶Ⅱ啟動(dòng)子轉(zhuǎn)錄調(diào)控、粘著斑通路等方面。結(jié)論:從本研究中挖掘出4個(gè)miRNA可以作為肝癌的潛在預(yù)后標(biāo)志物,同時(shí)在其調(diào)控靶基因網(wǎng)絡(luò)中SRC、EZH2和PRKCA是重要的調(diào)控結(jié)點(diǎn),且EZH2作為肝癌潛在預(yù)后標(biāo)志物具有較好的研究?jī)r(jià)值。

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【部分圖文】：

圖1肝癌中miRNA和mRNA的差異基因分析

對(duì)肝癌中miRNA和mRNA在癌組織和癌旁組織的表達(dá)數(shù)據(jù)進(jìn)行差異分析,共得到5800個(gè)差異表達(dá)mRNA和130個(gè)差異表達(dá)miRNA。其中表達(dá)上調(diào)的mRNA4726個(gè),表達(dá)下調(diào)的mRNA1076個(gè)(圖1-A);而差異表達(dá)的miRNA中,38個(gè)表達(dá)上調(diào),97個(gè)表達(dá)出現(xiàn)下調(diào)(....

圖25個(gè)表達(dá)上調(diào)miRNA的生存分析曲線

為進(jìn)一步篩選在肝癌中具有預(yù)后意義的miRNA,我們對(duì)篩選得到的差異表達(dá)miRNA進(jìn)行Kaplan-Meier生存分析,篩選獲得25個(gè)具有預(yù)后意義的miRNA(log-ranktest,P<0.05),其中5個(gè)在肝癌中表達(dá)上調(diào)。分別為hsa-miR-9-5p、hsa-miR-13....

圖3韋恩圖展示5個(gè)miRNA靶基因

通過(guò)使用miRDB、TargetScan、StarBase這3個(gè)miRNA數(shù)據(jù)庫(kù)的預(yù)測(cè)結(jié)果,得到由4個(gè)miRNA調(diào)控的靶基因。為進(jìn)一步篩選在肝癌中具有差異表達(dá)意義的靶基因,結(jié)合mRNA的差異分析結(jié)果,最終得到235個(gè)差異表達(dá)的靶基因,其中hsa-miR-1180-3p調(diào)控7個(gè),h....

圖4靶基因集GO富集分析和kegg通路富集分析

我們對(duì)235個(gè)差異表達(dá)的靶基因進(jìn)行GO功能富集分析和KEGG通路富集分析,GO分析結(jié)果顯示,靶基因主要富集于血管生成和RNA聚合酶Ⅱ啟動(dòng)子轉(zhuǎn)錄調(diào)控(BP),細(xì)胞核和內(nèi)質(zhì)網(wǎng)(CC),DNA序列特異性結(jié)合和轉(zhuǎn)錄激活因子活性調(diào)控(MF)。KEGG通路富集分析結(jié)果表明,基因主要在上皮細(xì)胞....

本文編號(hào)：3913680