SSR標(biāo)記是一種廣泛應(yīng)用的分子標(biāo)記技術(shù),在茶樹的研究中發(fā)揮了重要的作用。本研究運(yùn)用生物信息學(xué)及統(tǒng)計(jì)學(xué)的方法,對已成功繪制了高質(zhì)量基因組圖譜的‘云抗10號’茶樹全基因組進(jìn)行分析,獲得428 654個(gè)具有引物片段的SSR標(biāo)記。通過對這些SSR區(qū)段進(jìn)行分析,發(fā)現(xiàn)不同堿基數(shù)目的重復(fù)單元之間具有較大的差異:含有二核苷酸的重復(fù)單元最多,占總數(shù)的54.04%;其次為三核苷酸重復(fù)單元,占總數(shù)的31.52%。經(jīng)比較,在茶樹與可可的基因組SSR中,二核苷酸SSR重復(fù)單元數(shù)量最少的都是CG/GC基元;三核苷酸SSR重復(fù)單元中數(shù)量較少的都有CCG/CGC/GCC基元類型;四核苷酸SSR重復(fù)單元最多的都是AAAT/TTTA基元。為進(jìn)一步研究及驗(yàn)證所設(shè)計(jì)SSR引物的有效性及多態(tài)性,對茶樹酚類合成途徑中關(guān)鍵酶4-香豆酸乙酰連接酶(4CL)進(jìn)行SSR引物開發(fā)并進(jìn)行生物信息學(xué)分析,獲得17對引物。其中13對SSR引物擴(kuò)增的區(qū)域有分布在基因間區(qū),2對在內(nèi)含子區(qū)及2對在5’上游非翻譯區(qū)。挑選其中的6對引物進(jìn)行多態(tài)性的研究,發(fā)現(xiàn)位于內(nèi)含子區(qū)的2對引物具有多態(tài)性,其它不表現(xiàn)。在茶樹全基因組中大規(guī)模開發(fā)SSR標(biāo)記,將為茶樹的進(jìn)化...

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【文章目錄】：
1結(jié)果與分析
    1.1基因組中SSR數(shù)量及密度
    1.2 SSR重復(fù)單元數(shù)量和類型
    1.3不同SSR重復(fù)單元類型中基元類型及頻率
    1.4 4-香豆酸乙酰連接酶(4CL)基因SSR標(biāo)記引物的開發(fā)與應(yīng)用
        1.4.1 4-香豆酸乙酰連接酶(4CL)基因SSR標(biāo)記引物的開發(fā)
        1.4.2 4-香豆酸乙酰連接酶(4CL)基因SSR標(biāo)記應(yīng)用
2討論
3材料與方法
    3.1試驗(yàn)材料
    3.2 SSR檢測標(biāo)準(zhǔn)
    3.3茶葉基因組SSR引物設(shè)計(jì)
    3.4 4-香豆酸乙酰連接酶(4CL)基因組SSR標(biāo)記開發(fā)應(yīng)用
作者貢獻(xiàn)



本文編號：3827502