本文關鍵詞：肝癌重測序數(shù)據(jù)整合以及肝癌關鍵致病基因的研究，由筆耕文化傳播整理發(fā)布。

【摘要】：研究背景：近幾年,大量的研究對肝癌進行了全基因組或外顯子組重測序,并找到了大量蛋白編碼基因的突變。但是,這些研究只關注有限數(shù)量的肝癌候選基因,仍有很多重要的基因突變值得去進一步研究。主要發(fā)現(xiàn)：在這個研究中,我們主要整合了13個不同來源的肝癌突變數(shù)據(jù),從而找出肝癌發(fā)生相關的關鍵致病基因和高頻突變基因。我們共找出45個肝細胞癌關鍵致病基因(突變率5%),包括眾所周知的癌癥基因TP53、CTNNB1、 AXINl以及最近發(fā)現(xiàn)的肝細胞癌相關基因COL11A1、USH2A、LRPIB、ALB、 GRPR98等,其中TNN、PCLO、RYR2、MUC4為未被報道過的肝細胞癌高頻突變基因(10%)。在進一步預后分析中,7個基因同時在生存分析和Cox比例風險模型分析中顯示與肝細胞癌預后顯著相關。通過基因共表達網(wǎng)絡分析和富集分析,我們共找到8條富集顯著的突變通路和26種基因富集顯著的突變功能,主要與細胞轉移、轉錄、復制、免疫反應等功能相關。結論：以上這些肝癌致病相關基因的發(fā)現(xiàn)為肝癌治療提供了潛在靶標。同時,我們的工作表明對同一主題的研究進行整合分析既可以增強結果的統(tǒng)計學強度,又能重新發(fā)現(xiàn)被單個研究所掩蓋的具有生物學意義的事件或信息。這種類型的生物信息學方法能讓研究者更好地利用激增的生物數(shù)據(jù),加速癌癥等復雜疾病的攻克。
【關鍵詞】：肝癌 肝細胞癌 關鍵致病基因 預后分析 基因共表達網(wǎng)絡分析
【學位授予單位】：華東師范大學
【學位級別】：碩士
【學位授予年份】：2016
【分類號】：R735.7
【目錄】：

• 摘要6-7
• ABSTRACT7-11
• 第一章 緒論11-24
• 第一節(jié) 肝癌概述11-17
• 一、肝癌介紹與分型11-13
• 二、肝癌基因組學研究現(xiàn)狀13-17
• 第二節(jié) 二代測序技術概述17-19
• 第三節(jié) 預后研究概述19-22
• 一、預后簡介19-20
• 二、預后分析的方法20-21
• 三、預后因素分析的意義21-22
• 第四節(jié) 基因共表達網(wǎng)絡的建立和分析22-24
• 第二章 肝癌突變數(shù)據(jù)的整合分析24-46
• 第一節(jié) 材料與方法24-27
• 一、肝癌突變數(shù)據(jù)的收集24-25
• 二、肝癌數(shù)據(jù)的基礎處理25-26
• 三、肝細胞癌預后分析26
• 四、肝細胞癌網(wǎng)絡分析26-27
• 第二節(jié) 結果27-46
• 一、關于13組不同來源肝癌基因突變數(shù)據(jù)的比較27-29
• 三、通過整合分析識別肝癌關鍵致病基因29-36
• 四、關于肝細胞癌關鍵致病基因的預后分析36-42
• 五、關于肝細胞癌關鍵致病基因的網(wǎng)絡分析42-43
• 六、網(wǎng)絡模塊基因的KEGG通路和GO功能富集分析43-46
• 第三章 討論與展望46-51
• 第一節(jié) 討論46-49
• 第二節(jié) 本研究創(chuàng)新之處49-50
• 第三節(jié) 展望50-51
• 參考文獻51-63
• 致謝63

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中國期刊全文數(shù)據(jù)庫 前10條

1 ;我國科學家發(fā)現(xiàn)房顫致病基因[J];中國臨床康復;2003年09期

2 ;上�？茖W家發(fā)現(xiàn)一智障致病基因[J];生物學教學;2012年12期

3 王丹;周敬華;曹學兵;;常染色體隱性遺傳肢帶型肌營養(yǎng)不良癥致病基因研究進展[J];國際神經(jīng)病學神經(jīng)外科學雜志;2007年03期

4 ;華裔博士楊平發(fā)現(xiàn)肺癌致病基因[J];養(yǎng)生大世界;2010年05期

5 劉文玲,胡大一;家族性預激綜合征致病基因的發(fā)現(xiàn)[J];中國心臟起搏與心電生理雜志;2001年06期

6 余家駒;智力為何與某些疾病伴生?——德系猶太人的高智商可能與他們帶有的某些致病基因有關[J];世界科學;2005年07期

7 任翔,梁直厚,姚淇,劉木根;肢帶型肌營養(yǎng)不良一家系致病基因排除性定位[J];華中科技大學學報(自然科學版);2005年09期

8 沈軼;曹國凡;蔣沁;;原發(fā)性開角型青光眼三個致病基因的研究進展[J];眼視光學雜志;2008年02期

9 丁華新,楊曉蘇;兒童型脊髓性肌萎縮癥致病基因的研究進展[J];中國當代兒科雜志;2003年03期

10 李謀,余利紅,劉小林,孫志賢,張成崗;原發(fā)性紅斑性肢痛癥致病基因研究進展[J];國外醫(yī)學.遺傳學分冊;2005年04期

中國重要會議論文全文數(shù)據(jù)庫 前10條

1 康曉靜;唐小輝;;表皮松解性掌跖角化病一維吾爾家系致病基因研究[A];中華醫(yī)學會第十五次全國皮膚性病學術會議論文集[C];2009年

2 卓業(yè)鴻;李秀梅;段山;侯飛;王梅;李亮;葛堅;;廣東普寧原發(fā)性開角型青光眼候選致病基因和臨床特征的研究[A];中華醫(yī)學會第十二屆全國眼科學術大會論文匯編[C];2007年

3 何君;王培光;楊春俊;楊森;張學軍;;原發(fā)性紅斑肢痛癥致病基因研究進展[A];中華醫(yī)學會第14次全國皮膚性病學術年會論文匯編[C];2008年

4 鄭多;潘乾;劉征;席興華;劉小平;胡正茂;夏昆;夏家輝;;一個常染色體顯性遺傳視網(wǎng)膜色素變性家系致病基因的定位與鑒定[A];中國的遺傳學研究——中國遺傳學會第七次代表大會暨學術討論會論文摘要匯編[C];2003年

5 崔勇;楊森;高敏;陳建軍;嚴開林;肖風麗;王培光;張學軍;;進行性對稱性紅斑角化癥致病基因的染色體定位[A];中華醫(yī)學會第十二次全國皮膚性病學術會議論文集[C];2006年

6 王玉萍;楊康鵑;;先天性特發(fā)性眼球震顫致病基因研究現(xiàn)狀[A];東北三省及內(nèi)蒙古地區(qū)遺傳學研究進展學術研討會論文匯編[C];2009年

7 張向陽;溫景敏;楊威;王程;高魯娜;鄭良宏;周專;姚鏡;張學;劉靜宇;;一個新的疼痛致病基因鑒定與分子致病機制研究[A];第十二次全國醫(yī)學遺傳學學術會議論文匯編[C];2014年

8 翟猛;林鵬飛;毛飛;孫文杰;劉奇跡;焉傳祝;龔瑤琴;;遺傳性痙攣性截癱家系致病基因突變分析[A];第十二次全國醫(yī)學遺傳學學術會議論文匯編[C];2014年

9 杜鵑;沈璐;唐北沙;;新的AD-HSP致病基因初步定位研究[A];中華醫(yī)學會第十三次全國神經(jīng)病學學術會議論文匯編[C];2010年

10 夏憶;柯鐵;吳小艷;金潤銘;;先天性長QT綜合征治病基因的研究進展[A];中華醫(yī)學會第十七次全國兒科學術大會論文匯編（下冊）[C];2012年

中國重要報紙全文數(shù)據(jù)庫 前10條

1 記者 唐先武;我科學家發(fā)現(xiàn)三個反常性痤瘡致病基因[N];科技日報;2010年

2 記者 葉又紅;中外攜手尋找致病基因[N];文匯報;2000年

3 通訊員 萬霞 張雯怡 記者 劉志偉;我科學家發(fā)現(xiàn)特發(fā)性基底節(jié)鈣化致病基因[N];科技日報;2012年

4 黃敏;非煙民為何患肺癌？致病基因已找到[N];新華每日電訊;2010年

5 盧蘇燕;中法科學家發(fā)現(xiàn)房顫致病基因——ＫＣＮＱ１[N];經(jīng)濟參考報;2003年

6 蔚然;中國科學家首次發(fā)現(xiàn)房顫致病基因[N];山東科技報;2003年

7 記者褚寧;首次發(fā)現(xiàn)：房顫致病基因[N];解放日報;2003年

8 馮立中 朱梅福;“花手花臉”致病基因藏身染色體[N];健康報;2003年

9 記者 高翔;我國專家克隆出顱內(nèi)鈣化致病基因[N];健康報;2012年

10 記者田泓;我科學家發(fā)現(xiàn)家族性心房顫動致病基因[N];人民日報;2003年

中國博士學位論文全文數(shù)據(jù)庫 前10條

1 戴禮猛;先天性并指（趾）畸形和先天性厚甲癥家系致病基因鑒定及功能研究[D];第三軍醫(yī)大學;2015年

2 徐浩;213例男性孤立性促性腺激素釋放激素缺乏癥患者的臨床特征及初步致病基因分析[D];華中科技大學;2015年

3 吳舜堯;基于復雜網(wǎng)絡的致病基因檢測研究[D];青島大學;2014年

4 谷峰;遺傳性白內(nèi)障致病基因的定位及其突變分析[D];中國協(xié)和醫(yī)科大學;2006年

5 劉奇跡;Smith-Fineman-Myers綜合征致病基因的精細定位及候選基因分析[D];山東大學;2005年

6 姜yN群;遺傳性對稱性色素異常癥致病基因的定位和突變研究[D];中國協(xié)和醫(yī)科大學;2004年

7 張?zhí)鞎?兩種遺傳性眼病致病基因的定位與突變研究[D];中國醫(yī)科大學;2008年

8 劉嘉利;三例遺傳性牙本質發(fā)育不全Ⅱ型家系致病基因的定位研究[D];中國人民解放軍第四軍醫(yī)大學;2003年

9 柳青;遺傳性對稱性色素異常癥致病基因的突變鑒定和功能分析[D];中國協(xié)和醫(yī)科大學;2005年

10 王英;遺傳性牙本質發(fā)育不全Ⅱ型致病基因的定位與克隆[D];第四軍醫(yī)大學;2001年

中國碩士學位論文全文數(shù)據(jù)庫 前10條

1 方明宏;基于熱擴散模型的致病基因預測方法研究[D];華中師范大學;2015年

2 周元珂;基于人類基因連接組的視網(wǎng)膜色素變異致病基因預測[D];青島大學;2015年

3 曾磊;全基因組外顯子測序搜尋一例家族性進行性色素沉著和色素減退家系的致病基因[D];安徽醫(yī)科大學;2016年

4 張攀;肝癌重測序數(shù)據(jù)整合以及肝癌關鍵致病基因的研究[D];華東師范大學;2016年

5 劉笑逸;基于異構網(wǎng)絡模型的致病基因預測算法[D];西安電子科技大學;2013年

6 劉青;基于相互作用網(wǎng)絡的致病基因預測方法研究[D];中南大學;2013年

7 高次子;一原發(fā)性開角型青光眼家系的臨床特點及致病基因的篩查[D];安徽醫(yī)科大學;2011年

8 鄭甄甄;原發(fā)性開角型青光眼大家系致病基因篩查研究[D];福建醫(yī)科大學;2014年

9 劉芳;遺傳性泛發(fā)性色素異常癥一家系致病基因的定位分析[D];華中科技大學;2010年

10 王春;常染色體顯性遺傳夜發(fā)性額葉癲癇新致病基因捕獲及驗證[D];南方醫(yī)科大學;2013年

  本文關鍵詞：肝癌重測序數(shù)據(jù)整合以及肝癌關鍵致病基因的研究，，由筆耕文化傳播整理發(fā)布。

本文編號：377819