目的挖掘與款冬萜類(lèi)化合物生物合成途徑相關(guān)的關(guān)鍵酶基因。方法利用Illumina HiSeq2500測(cè)序平臺(tái)對(duì)野生款冬花蕾和葉進(jìn)行轉(zhuǎn)錄組測(cè)序,使用Trinity軟件de novo從頭組裝,并通過(guò)基因功能注釋、差異表達(dá)基因分析等生物信息學(xué)方法進(jìn)行分析,挖掘款冬中萜類(lèi)化合物生物合成途徑相關(guān)的酶基因。結(jié)果轉(zhuǎn)錄組測(cè)序獲得39 912 371條高質(zhì)量reads(SRA號(hào):SRR9113366,SRR9113367),組裝獲得91 118條Unigene,55 830條Unigene在NR、Swiss-Prot、GO、COG、KEGG等數(shù)據(jù)庫(kù)得到注釋。鑒定出參與款冬萜類(lèi)化合物生物合成相關(guān)酶基因的129個(gè)Unigene,包括91個(gè)參與三萜骨架生物合成酶基因,32個(gè)萜類(lèi)合成酶基因,6個(gè)細(xì)胞色素P450基因,其中差異表達(dá)基因25個(gè),涉及上游MVA途徑的4個(gè)差異基因在花蕾中表達(dá)量高于葉,MEP途徑的5個(gè)差異基因在葉中表達(dá)高于花蕾,另外還有10個(gè)基因在葉中高表達(dá),9個(gè)基因在花蕾中高表達(dá)。根據(jù)差異基因HMGR、TPS、AS、CYP450基因在花蕾中高表達(dá),推測(cè)可能與花蕾中萜類(lèi)物質(zhì)含量高有關(guān)。結(jié)論從款冬轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)...

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【文章目錄】：
1 材料
2 方法
    2.1 總RNA提取
    2.2 文庫(kù)構(gòu)建、轉(zhuǎn)錄組測(cè)序和數(shù)據(jù)組裝
    2.3 功能注釋
    2.4 基因差異表達(dá)分析
3 結(jié)果與分析
    3.1 轉(zhuǎn)錄組測(cè)序與數(shù)據(jù)組裝
    3.2 Unigene功能注釋
        3.2.1 序列功能注釋
        3.2.2 GO分類(lèi)
        3.2.3 COG注釋
        3.2.4 KEGG代謝途徑注釋
    3.3 款冬花蕾和葉差異表達(dá)基因分析
    3.4 參與萜類(lèi)化合物生物合成相關(guān)酶基因的篩選
4討論



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