基于轉錄組測序的海巴戟果實中乙烯調控相關基因表達分析
發(fā)布時間:2023-02-07 15:24
【目的】為了明確乙烯相關基因在海巴戟(Morinda citrifolia L.)果實采后后熟過程中的功能。【方法】以剛采摘的成熟海巴戟果實(0 d)和室溫(25℃)后熟2 d的海巴戟果實為研究對象,通過轉錄組測序(RNA-Seq)和實時熒光定量PCR技術(qRT-PCR),分析海巴戟果實的轉錄組數據、乙烯相關基因及其表達水平!窘Y果】海巴戟果實轉錄組經組裝獲得35 721個轉錄本,26 202個注釋基因,篩選后獲得3 754個差異基因(P≤0.05,LogFC≥2)。從差異基因中隨機選取10個上調基因和10個下調基因進行熒光定量驗證,結果表明轉錄組測序結果可靠。在乙烯合成途徑和乙烯信號轉導通路中發(fā)現4個乙烯合成相關基因-metK、ACS10、ACS12、ACO5和7個乙烯信號轉導相關基因-ETR、CTR1、MAPK6、EIN2、EIN3、EBF1、ERF1,這11個基因在乙烯合成途徑和乙烯信號轉導通路中表達量較高且差異顯著,選取其中表達量較高的metK、ACO5、EIN3和EBF1共4個基因進行熒光定量,進一步明確了這4個基因在海巴戟果實后熟過程中的重要作用!窘Y論】在乙烯合成途徑和...
【文章頁數】:10 頁
【文章目錄】:
1 材料和方法
1.1 試驗材料
1.2 總RNA提取、文庫構建及測序
1.3 表達差異分析
1.4 熒光定量驗證轉錄組
2 結果與分析
2.1 測序與拼接組裝
2.2 轉錄組功能注釋
2.3 轉錄組差異表達基因聚類分析
2.4 差異基因GO和KEGG顯著富集分析
2.5 乙烯的生物合成與信號轉導途徑分析
2.6 候選基因熒光定量表達分析
2.7 熒光定量驗證轉錄組
3 討論與結論
本文編號:3737067
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1 材料和方法
1.1 試驗材料
1.2 總RNA提取、文庫構建及測序
1.3 表達差異分析
1.4 熒光定量驗證轉錄組
2 結果與分析
2.1 測序與拼接組裝
2.2 轉錄組功能注釋
2.3 轉錄組差異表達基因聚類分析
2.4 差異基因GO和KEGG顯著富集分析
2.5 乙烯的生物合成與信號轉導途徑分析
2.6 候選基因熒光定量表達分析
2.7 熒光定量驗證轉錄組
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