乳腺癌是一種惡性腫瘤,其對于女性健康的威脅程度逐年升高,并且發(fā)病率在女性中具有年輕化趨勢,尤其在我國,其發(fā)病率上升趨勢較為明顯。針對乳腺癌致病基因的預測是當今時代亟待解決的重大問題。目前對于乳腺癌致病基因的分析多從基因單特征入手,已不能滿足當今的時代需求,為增加基因識別的準確性,本文利用乳腺癌三方面特征數(shù)據(jù),包括:乳腺癌拷貝數(shù)、甲基化、基因表達數(shù)據(jù),優(yōu)先篩選其單一層面差異基因,進而構建乳腺癌基因共改變網(wǎng)絡,增加基因間的相互作用關系,以預測乳腺癌相關癌癥基因。本文主要完成以下幾方面工作:首先,對于乳腺癌基因組學數(shù)據(jù)的獲取及處理。包括:基因拷貝數(shù)數(shù)據(jù)、甲基化數(shù)據(jù)、基因表達數(shù)據(jù)、蛋白質(zhì)互作數(shù)據(jù)及臨床信息數(shù)據(jù)。其次,對乳腺癌單一特征,即基因表達特征、拷貝數(shù)特征、甲基化特征分別進行分析,提取其中的差異基因,為后續(xù)的基因聯(lián)合分析奠定基礎。然后,整合基因三方面特征數(shù)據(jù)進行聯(lián)合分析。利用蛋白質(zhì)互作數(shù)據(jù)構建人類蛋白質(zhì)互作網(wǎng)絡,作為實驗的基礎網(wǎng)絡。利用乳腺癌基因數(shù)據(jù)篩選出蛋白質(zhì)互作網(wǎng)絡中與乳腺癌基因相關的節(jié)點,通過典型相關分析算法,計算基因間的相關系數(shù),作為權值賦給對應的邊,以構建乳腺癌基因共改變網(wǎng)絡。最... 

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【學位級別】：碩士

【文章目錄】：
摘要
Abstract
第1章 緒論
    1.1 研究背景與意義
    1.2 國內(nèi)外研究現(xiàn)狀
        1.2.1 基因表達研究
        1.2.2 拷貝數(shù)變異研究
        1.2.3 DNA甲基化研究
        1.2.4 乳腺癌基因識別
    1.3 主要研究內(nèi)容
第2章 乳腺癌多組學數(shù)據(jù)
    2.1 多組學數(shù)據(jù)
    2.2 數(shù)據(jù)來源
        2.2.1 TCGA數(shù)據(jù)庫
        2.2.2 其它數(shù)據(jù)來源
    2.3 數(shù)據(jù)獲取
        2.3.1 乳腺癌拷貝數(shù)數(shù)據(jù)獲取
        2.3.2 乳腺癌基因表達數(shù)據(jù)獲取
        2.3.3 乳腺癌甲基化數(shù)據(jù)獲取
        2.3.4 蛋白質(zhì)互作數(shù)據(jù)獲取
        2.3.5 乳腺癌癌癥基因數(shù)據(jù)獲取
    2.4 本章小結
第3章 基于單一特征的差異基因提取
    3.1 數(shù)據(jù)預處理
    3.2 乳腺癌基因在單一水平的差異分析
        3.2.1 拷貝數(shù)變異篩選
        3.2.2 甲基化變異篩選
        3.2.3 基因表達變異篩選
    3.3 結合多方影響因素識別乳腺癌差異基因
        3.3.1 拷貝數(shù)與基因表達關聯(lián)分析
        3.3.2 甲基化與基因表達關聯(lián)分析
    3.4 本章小結
第4章 基于共改變網(wǎng)絡的乳腺癌基因識別
    4.1 乳腺癌基因共改變網(wǎng)絡的構建
        4.1.1 乳腺癌差異基因提取
        4.1.2 利用典型相關算法計算相關系數(shù)
        4.1.3 共改變網(wǎng)絡構建
    4.2 基于共改變網(wǎng)絡識別乳腺癌差異基因
        4.2.1 隨機游走算法
        4.2.2 利用重啟的隨機游走算法識別乳腺癌相關基因
    4.3 本章小結
第5章 實驗與結果分析
    5.1 實驗算例
    5.2 實驗結果分析
        5.2.1 生存分析
        5.2.2 GO富集分析
    5.3 本章小結
結論
參考文獻
攻讀碩士學位期間發(fā)表的學術論文
致謝


【參考文獻】：
期刊論文
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[3]基于多組學數(shù)據(jù)識別癌癥驅(qū)動通路的模型和算法[J]. 蔡齊榮,吳璟莉.  計算機科學. 2019(09)
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[10]整合分析基因表達與拷貝數(shù)變異識別癌癥的驅(qū)動基因及調(diào)控子miRNAs[J]. 許艷,張淑娟,常志強,張善鎮(zhèn),尚德思.  現(xiàn)代生物醫(yī)學進展. 2016(05)

博士論文
[1]肺癌組織中p16基因mRNA和蛋白表達及基因異常甲基化的研究[D]. 張軍航.中國醫(yī)科大學 2002

碩士論文
[1]基于乳腺癌基因組數(shù)據(jù)的分析與可視化平臺實現(xiàn)[D]. 鄒杰民.湖南大學 2017
[2]單雙側原發(fā)性乳腺癌HER-2基因擴增差異及與臨床預后關系分析[D]. 董赟.南昌大學 2016
[3]肺癌組織中Fas蛋白、Fas mRNA表達與Fas基因甲基化的相關性分析[D]. 朱一霏.蘇州大學 2011



本文編號：3712740