目的篩選非小細胞肺癌（non-small cell lung cancer,NSCLC）預后的關鍵基因,并對其進行生物信息學分析及鑒定。方法從公共數(shù)據庫基因表達數(shù)據庫（Gene Expression Omnibus,GEO）中下載NSCLC cDNA芯片集GSE19188、GSE101929、GSE40275、GSE18842,利用在線工具GEO2R對差異表達基因（differentially expressed genes,DEGs）進行篩選,并用Venny取交集。基于DAVID數(shù)據庫對DEGs進行GO（Gene Ontology）分析及KEGG（Kyoto Encyclopedia of Gene and Genome）通路分析,運用STRING數(shù)據庫及Cytoscape軟件構建蛋白互作網絡。使用CytoHubba插件鑒定核心關鍵基因,并對其生存分析和表達檢測。結果 4個cDNA芯片集中共篩選得到130個差異表達基因,包括53個上調表達基因和77個下調表達基因。這些差異表達的基因主要集中在胞漿和細胞外區(qū)域,所參與的主要是細胞周期調控、有絲分裂、微管運動相關信號。篩選出的處于核心地位... 

【文章來源】：中國生物制品學雜志. 2020,33(10)CSCD

【文章頁數(shù)】：7 頁

【部分圖文】：

4個數(shù)據集中顯示共同差異表達的基因

分析結果顯示，這些差異表達基因其細胞定位主要集中于微管、外泌體、胞漿和細胞外區(qū)域；分子功能主要集中于微管運動活性、ATP結合及鈣離子活性調節(jié)方面；發(fā)揮的生物學作用主要集中于微管運動調節(jié)、細胞有絲分裂調控、細胞因子活性調節(jié)方面；而參與的信號通路也多集中于細胞周期、p53信號通路、細胞黏附分子（cell adhesion molecules,CAMs）和ECM-受體相互作用方面。見圖2和表2。2.3 20個核心位置基因的篩選

將共表達的所有130個差異表達基因輸入STRING制作的基因相關關系圖見圖3。經Cytoscape 3.6.0軟件分析挑選的作為核心基因的與周圍基因關聯(lián)度最強的前20個基因包括：UBE2C、TTK、CEP55、ASPM、PRC1、CCNB2、CCNA2、CCNB1、CDC6、KIF11、KIAA0101、TPX2、AURKA、RRM2、TOP2A、NUSAP1、PBK、BUB1、BUB1B和MELK，見圖4。2.4 核心位置基因生存分析


本文編號：3600895