兒童激素抵抗型腎病綜合征的臨床和基因特征及INF2基因新發(fā)突變的功能研究
發(fā)布時間：2022-01-05 21:19
目的:通過探索兒童激素抵抗型腎病綜合征（SRNS）的遺傳性致病因素,從分子水平揭示中國東南地區(qū)人群SRNS致病和/或易感的遺傳特征。方法:對我院腎內(nèi)科2014年1月至2019年6月5年余間收治并依據(jù)《激素耐藥型腎病綜合征診治循證指南（2016）》臨床診斷為SRNS的患兒進行基因檢測。在國內(nèi)相關(guān)研究的基礎(chǔ)上擴展,對所有編碼基因的序列進行全外顯子組的高通量測序,并利用高效的測序數(shù)據(jù)分析方法,進行半自動化的臨床表型、基因變異致病性和遺傳學(xué)特征的綜合分析,尋找已知或未知的SRNS可能致病基因突變,再進行生物信息、分子生物學(xué)和分子/醫(yī)學(xué)遺傳學(xué)交叉學(xué)科分析;利用體外細胞系轉(zhuǎn)染表達靶向突變的INF2基因,通過Western blot、細胞免疫熒光、細胞遷移和粘附實驗分析攜帶特定突變的INF2基因是否對腎臟足細胞的生理功能產(chǎn)生影響。結(jié)果:共收集81例患兒的臨床和基因檢測資料數(shù)據(jù),先天性腎病患兒（<=3月齡）6名,3-12月齡2名,1-6歲43名,6-12歲26名,12-18歲4名。基因診斷陽性率為28.4%（23/81）,其中先天性腎病患兒陽性率為100%（6/6）,非先天性腎病患兒（3月-12...
【文章來源】：浙江大學(xué)浙江省 211工程院校 985工程院校 教育部直屬院校
【文章頁數(shù)】：127 頁
【學(xué)位級別】：博士
【部分圖文】：
捕獲測序?qū)嶒灹鞒?br>
浙江大學(xué)博士學(xué)位論文第一部分材料與方法152.3.4.5生物信息學(xué)分析高通量基因測序法已經(jīng)成為一種常規(guī)的實驗技術(shù)。高通量測序會得到大規(guī)模的原始基因圖像數(shù)據(jù)（RawData），因此需要對原始數(shù)據(jù)進行精細過濾，后續(xù)工作都基于過濾后的數(shù)據(jù)（CleanData）展開。將CleanData通過基因比對算法（BWA）比對到參考基因組hg19/GRch37上，使用SAMtools工具對比對結(jié)果進行重排、建索引和去重復(fù)處理，得到BAM格式的最終比對結(jié)果。使用GATK軟件進行單點突變檢測（SNPDetecion）和小片段插入缺失檢測（InDelDetection）分析，獲得更為可靠的兩種類型的基因突變數(shù)據(jù)集，在此基礎(chǔ)上使用ANNOVAR軟件進行基于dbSNP、千人基因組、ExAC、ESP等頻率數(shù)據(jù)庫及OMIM、Swiss-var、HGMD、ClinVar等疾病數(shù)據(jù)庫的關(guān)聯(lián)注釋及預(yù)測，再使用ProveanSIFT、Polyphen2-HVAR、Polyphen2-HDIV、Mutationtster等軟件進行蛋白質(zhì)突變危害性分析，從變異位置、變異類型、變異頻率、變異位點在基因數(shù)據(jù)庫中的特征等方面對注釋結(jié)果進行過濾，保留最有可能與SRNS疾病有關(guān)的變異。流程詳見圖1.3。圖1.3生物信息學(xué)分析流程圖2.3.4.6測序結(jié)果驗證相較于高通量的第二代基因測序方法，第一代測序方法有著極高的準確性，
浙江大學(xué)博士學(xué)位論文第一部分結(jié)果20圖1.423例SRNS病例的致病基因及突變信息圖。（A）突變種類頻數(shù)圖；（B）單堿基突變類型頻數(shù)圖；（C）23病例致病突變數(shù)目圖；（D）致病基因及其突變數(shù)目頻數(shù)圖。3.3.2基因突變的種類在23例患兒中發(fā)現(xiàn)了11個致病基因的相關(guān)突變，包括5例NPHS1、3例INF2、3例ANLN、3例PAX2、2例FAT1、2例NPHS2、1例ACTN4、1例ADCK4、1例PLCE1、1例TRPC6和1例WT1，各基因突變病例數(shù)在基因檢測陽性病例中所占比例見圖1.5。在我們的研究對象中最常見的基因突變?yōu)镹PHS1（22%），其次為INF2、ANLN和PAX2（各為13%）。而ACTN4、PLCE1、TRPC6、WT1（各為4%）相對較少見。
【參考文獻】：
期刊論文
[1]遺傳變異分類標準與指南[J]. 王秋菊,沈亦平,鄔玲仟,陳少科,陳子江,方向東,傅松濱,龔瑤琴,黃國英,黃國寧,黃荷鳳,黃山,郝曉柯,冀小平,李紅,梁波,廖燦,喬杰,蘇海翔,魏軍,王磊,王樹玉,王曉紅,邢清和,徐湘民,袁慧軍,楊正林,周從容,周文浩,曾勇,張學(xué)軍,黃濤生,鄭茜,秦勝營,于世輝,關(guān)靜,王洪陽,王大勇,趙立東,王慧君,孔令印,宣黎明,冒燕,祝軼君,徐君玲,王劍青,王莉,趙婷,秦一丁,夏瀅穎,樊麗霞,趙丁丁,邱浩,賀林. 中國科學(xué):生命科學(xué). 2017(06)
本文編號：3571095
【文章來源】：浙江大學(xué)浙江省 211工程院校 985工程院校 教育部直屬院校
【文章頁數(shù)】：127 頁
【學(xué)位級別】：博士
【部分圖文】：
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浙江大學(xué)博士學(xué)位論文第一部分材料與方法152.3.4.5生物信息學(xué)分析高通量基因測序法已經(jīng)成為一種常規(guī)的實驗技術(shù)。高通量測序會得到大規(guī)模的原始基因圖像數(shù)據(jù)（RawData），因此需要對原始數(shù)據(jù)進行精細過濾，后續(xù)工作都基于過濾后的數(shù)據(jù)（CleanData）展開。將CleanData通過基因比對算法（BWA）比對到參考基因組hg19/GRch37上，使用SAMtools工具對比對結(jié)果進行重排、建索引和去重復(fù)處理，得到BAM格式的最終比對結(jié)果。使用GATK軟件進行單點突變檢測（SNPDetecion）和小片段插入缺失檢測（InDelDetection）分析，獲得更為可靠的兩種類型的基因突變數(shù)據(jù)集，在此基礎(chǔ)上使用ANNOVAR軟件進行基于dbSNP、千人基因組、ExAC、ESP等頻率數(shù)據(jù)庫及OMIM、Swiss-var、HGMD、ClinVar等疾病數(shù)據(jù)庫的關(guān)聯(lián)注釋及預(yù)測，再使用ProveanSIFT、Polyphen2-HVAR、Polyphen2-HDIV、Mutationtster等軟件進行蛋白質(zhì)突變危害性分析，從變異位置、變異類型、變異頻率、變異位點在基因數(shù)據(jù)庫中的特征等方面對注釋結(jié)果進行過濾，保留最有可能與SRNS疾病有關(guān)的變異。流程詳見圖1.3。圖1.3生物信息學(xué)分析流程圖2.3.4.6測序結(jié)果驗證相較于高通量的第二代基因測序方法，第一代測序方法有著極高的準確性，
浙江大學(xué)博士學(xué)位論文第一部分結(jié)果20圖1.423例SRNS病例的致病基因及突變信息圖。（A）突變種類頻數(shù)圖；（B）單堿基突變類型頻數(shù)圖；（C）23病例致病突變數(shù)目圖；（D）致病基因及其突變數(shù)目頻數(shù)圖。3.3.2基因突變的種類在23例患兒中發(fā)現(xiàn)了11個致病基因的相關(guān)突變，包括5例NPHS1、3例INF2、3例ANLN、3例PAX2、2例FAT1、2例NPHS2、1例ACTN4、1例ADCK4、1例PLCE1、1例TRPC6和1例WT1，各基因突變病例數(shù)在基因檢測陽性病例中所占比例見圖1.5。在我們的研究對象中最常見的基因突變?yōu)镹PHS1（22%），其次為INF2、ANLN和PAX2（各為13%）。而ACTN4、PLCE1、TRPC6、WT1（各為4%）相對較少見。
【參考文獻】：
期刊論文
[1]遺傳變異分類標準與指南[J]. 王秋菊,沈亦平,鄔玲仟,陳少科,陳子江,方向東,傅松濱,龔瑤琴,黃國英,黃國寧,黃荷鳳,黃山,郝曉柯,冀小平,李紅,梁波,廖燦,喬杰,蘇海翔,魏軍,王磊,王樹玉,王曉紅,邢清和,徐湘民,袁慧軍,楊正林,周從容,周文浩,曾勇,張學(xué)軍,黃濤生,鄭茜,秦勝營,于世輝,關(guān)靜,王洪陽,王大勇,趙立東,王慧君,孔令印,宣黎明,冒燕,祝軼君,徐君玲,王劍青,王莉,趙婷,秦一丁,夏瀅穎,樊麗霞,趙丁丁,邱浩,賀林. 中國科學(xué):生命科學(xué). 2017(06)
本文編號：3571095
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