發(fā)布時間：2021-12-30 20:58

　　太湖豬（Sus scrofa）是分布于我國太湖流域的地方豬種,因繁殖力高而著稱,且其兼具抗病性強(qiáng)、肉質(zhì)鮮美、耐粗飼等諸多優(yōu)點(diǎn),是生豬遺傳改良的重要資源。但太湖豬也存在生產(chǎn)性能較弱的顯著劣勢,常規(guī)育種及常用的分子育種方法對于生長性能的選擇往往會帶來其他性狀性能降低的副作用�；蚓庉嬍悄軌�?qū)崿F(xiàn)對目標(biāo)DNA序列精準(zhǔn)編輯的技術(shù),若能夠在基因組水平上比較中西方品種的差異,預(yù)測太湖豬可通過基因編輯提高生產(chǎn)性能的位點(diǎn),無疑將為進(jìn)一步揭示豬的重要經(jīng)濟(jì)性狀遺傳機(jī)制、改良我國地方品種遺傳資源起到極大的推動作用。然而目前大部分研究的方向主要是sgRNA的編輯效率及脫靶概率,或者針對單個基因或位點(diǎn)設(shè)計CRISPR/Cas9靶位點(diǎn),很少有報道關(guān)于適合利用基因編輯提升畜禽性能的靶點(diǎn)的篩選和最優(yōu)sgRNA的推薦的研究。全面系統(tǒng)的綜合7個太湖群體與西方品種的基因組信息進(jìn)行靶點(diǎn)篩選和sgRNA推薦的研究工作目前尚未見報道。因此,本研究利用458頭太湖地方品種豬和西方品種豬的測序數(shù)據(jù),結(jié)合豬數(shù)量性狀基因座（Quantitative Trait Locus,QTL）數(shù)據(jù)庫、基因本體（Gene Ontology,GO）、通路... 

【文章來源】：上海交通大學(xué)上海市 211工程院校 985工程院校 教育部直屬院校

【文章頁數(shù)】：79 頁

【學(xué)位級別】：碩士

【部分圖文】：

豬QTL數(shù)據(jù)庫結(jié)構(gòu)及與公共數(shù)據(jù)庫關(guān)系圖

上海交通大學(xué)碩士學(xué)位論文-24-圖2生長性狀候選基因關(guān)系網(wǎng)絡(luò)1Fig.2Network1ofgrowthcandidategenes表9IPA功能分析前10功能注釋信息Table9Informationoftop10IPAfunctionannotation功能注釋p-Value基因個數(shù)軀干發(fā)育1.47E-81172機(jī)體生長7.99E-81150體軸的發(fā)育4.93E-73163頭部發(fā)育3.92E-71156機(jī)體死亡5.04E-69228發(fā)病率或死亡率1.16E-68229泌尿生殖系統(tǒng)的發(fā)展4.62E-64147細(xì)胞凋亡1.30E-62230轉(zhuǎn)錄1.52E-62206RNA表達(dá)5.69E-62212

上海交通大學(xué)碩士學(xué)位論文-25-表10IPA分析前10上游調(diào)控因子信息Table10Informationoftop10IPAUpstreamRegulators上游調(diào)控因子分子類型P值目標(biāo)基因個數(shù)TGFB1生長因子8.92E-24103WNT3A細(xì)胞因子1.88E-2339CTNNB1轉(zhuǎn)錄調(diào)控因子5.66E-2263IGF1生長因子5.23E-1946dexamethasone化學(xué)藥物3.41E-1891HRAS酶7.46E-1850estrogen化學(xué)藥物4.10E-1734FGF2生長因子6.64E-1738TNF細(xì)胞因子4.46E-1688cycloheximide化學(xué)試劑7.64E-1637圖3生長性狀候選基因關(guān)系網(wǎng)絡(luò)2Fig.3Network2ofgrowthcandidategenes

【參考文獻(xiàn)】：
期刊論文
[1]基因編輯技術(shù)及其在畜牧業(yè)中的應(yīng)用研究進(jìn)展[J]. 李莉,畢延震,華再東,任紅艷,肖紅衛(wèi),劉西梅,鄭新民.  基因組學(xué)與應(yīng)用生物學(xué). 2016(12)
[2]綠殼蛋雞與白來航蛋雞microRNA變異及其靶基因預(yù)測分析[J]. 管毓渝,廖榮榮,王振,趙靜,陳振亮,張哲,肖倩,孫浩,王起山,張向喆,楊長鎖,潘玉春.  中國畜牧獸醫(yī). 2016(06)
[3]長白豬和大白豬生長激素基因多態(tài)性及其對部分經(jīng)濟(jì)性狀的影響[J]. 王靖,劉穎,董文華,程洪青,包文斌,吳圣龍.  中國畜牧雜志. 2014(11)
[4]動物遺傳育種方法研究進(jìn)展[J]. 屈小平,寧美艷,武琳,段茂林.  家畜生態(tài)學(xué)報. 2012(01)
[5]數(shù)量遺傳學(xué)的發(fā)展與動物育種應(yīng)用[J]. 馮政,劉貴生,孫華,武華玉,李良華,梅書棋.  國外畜牧學(xué)(豬與禽). 2011(04)
[6]DRD1及DRD2基因多態(tài)性與雞冠高和體重的相關(guān)性[J]. 徐海平,周敏,羅成龍,曾華,聶慶華,張德祥,張細(xì)權(quán).  中國農(nóng)業(yè)大學(xué)學(xué)報. 2010(02)
[7]豬生長激素基因多態(tài)性及其對國外豬種生長性狀的影響[J]. 蔡兆偉,趙曉楓,張金枝,蔣濤,馬敏標(biāo),陸建定,徐寧迎.  浙江農(nóng)業(yè)科學(xué). 2008(02)
[8]遺傳標(biāo)記輔助選擇及其在動物育種中的應(yīng)用[J]. 薛慧良.  生物學(xué)教學(xué). 2007(09)
[9]動物育種方法的研究進(jìn)展[J]. 王東勁,侯冠彧.  安徽農(nóng)學(xué)通報. 2006(08)
[10]人生長激素研究進(jìn)展[J]. 陳蓓,朱威.  生物學(xué)雜志. 2004(01)

博士論文
[1]基于SNP芯片和全測序數(shù)據(jù)的奶牛全基因組關(guān)聯(lián)分析和基因組選擇研究[D]. 吳曉平.中國農(nóng)業(yè)大學(xué) 2014

碩士論文
[1]基于基因本體（GO）的基因語義相似性度量方法的研究及應(yīng)用[D]. 連愛娥.上海師范大學(xué) 2010



本文編號：3558951