本研究以馬氏珠母貝雜交家系（B與C）和近交家系（A與D）為實(shí)驗(yàn)材料進(jìn)行RNA-seq測(cè)序,結(jié)合已有生長(zhǎng)性狀QTLs數(shù)據(jù),篩選生長(zhǎng)相關(guān)基因,進(jìn)行候選基因鋅脂蛋白1（PmOSR1）,β-微管蛋白4B（PmTubB-4B）,G蛋白偶聯(lián)受體84（PmGPCR-84）與核受體亞家族5（PmNR5A2）特性分析,對(duì)PmOSR1,Pmβ-4B與PmEGFR基因進(jìn)行SNP標(biāo)記以及生長(zhǎng)指標(biāo)關(guān)聯(lián)分析,篩選優(yōu)異基因型,具體結(jié)果如下:1、本研究利用BGISEQ-500平臺(tái)共檢測(cè)8個(gè)樣品,每個(gè)家系2個(gè)平行樣,平均每個(gè)樣品獲得6.6Gb數(shù)據(jù),以[log₂ Ratio（BP/SP）]>1 and FDR<=0.001來(lái)篩選顯著差異基因,雜交家系B與近交家系A(chǔ),D相比有79個(gè)顯著性差異基因,42個(gè)上調(diào),37個(gè)下調(diào);雜交家系C與近交家系A(chǔ),D相比有68個(gè)基因,其中49個(gè)上調(diào),19個(gè)下調(diào);2、結(jié)合生長(zhǎng)性狀QTLs數(shù)據(jù)與轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù),篩選4個(gè)生長(zhǎng)候選基因（PmOSR1,PmTubB-4B,PmGPCR-84與PmNR5A2）,利用cDNA末端快速擴(kuò)增技術(shù)獲得候選基因全長(zhǎng),其中,PmOSR1全... 

【文章來(lái)源】：廣東海洋大學(xué)廣東省

【文章頁(yè)數(shù)】：99 頁(yè)

【學(xué)位級(jí)別】：碩士

【部分圖文】：

RNA-Seq測(cè)序Fig.2-1RNA-Seqsequencing

.3.1 家系材料甲基化結(jié)構(gòu)分析每個(gè)家系 16 個(gè)個(gè)體，以閉殼肌為實(shí)驗(yàn)材料，測(cè)量 4 個(gè)家系的生長(zhǎng)指標(biāo)，中親優(yōu)勢(shì)值（MHP），結(jié)果顯示雜交家系 B、C 的生長(zhǎng)性狀顯著高于近交家、D（P<0.05）。表 2-4 家系的生長(zhǎng)性狀比較Table 2-4 Growth traits among the four families of pearl oyster Pinctada fucata martensi家系 殼長(zhǎng)（mm） 殼高（mm） 殼寬（mm） 殼重（g） 總重（g）A59.84 3.2a60.78 2.7a19.42 1.4ab16.46 1.7a 23.38 4.4aB64.56 2.7ab66.34 3.9b22.14 1.5a17.77 1.9b 28.15 3.6bC67.32 3.5b69.82 4.4b22.88 1.7a19.78 2.3b 31.42 4.7bD56.92 2.3c57.82 3.4a18.68 1.2b15.57 1.2a 21.34 3.3aMPH% 12.9 14.9 18.2 17.2 33.2: 同列數(shù)據(jù)后具有相同字母的均值差異不顯著(P>0.05)ote: Mean values with the same letter within a column are not significant different (P>0.05)利用 20 對(duì)引物對(duì) 4 個(gè)家系進(jìn)行甲基化分析，凝膠結(jié)構(gòu)顯示如圖 2-2，全甲位點(diǎn)﹑半甲基化位點(diǎn)﹑非甲基化位點(diǎn)﹑組織甲基化結(jié)果如圖 2-3，雜交家系甲基化位點(diǎn)﹑半甲基化位點(diǎn)和組織甲基化顯著低于近交家系，非甲基化位點(diǎn)高于近交家系。

圖 2-3 4 個(gè)家系間甲基化數(shù)據(jù)比較ig2-3 The data of DNAmethylation among the four families of pearl oyster Pinctada fucmartensii: A、D：近交家系，B、C：雜交家系；同列數(shù)據(jù)相同字母的均值差異不顯著(P>0.05)。te: A、D is inbred family, B、C is hybrid family; Mean values with the same letter within a column are notnificant different (P>0.05).甲基化結(jié)構(gòu)顯示近交家系與雜交家系存在顯著差異，可用于后續(xù)轉(zhuǎn)錄組分個(gè)家系選擇 2 個(gè)個(gè)體提取總 RNA 用于建庫(kù)。.3.2 測(cè)序結(jié)果.3.2.1 轉(zhuǎn)錄組測(cè)序結(jié)果統(tǒng)計(jì)通過(guò) BGISEQ-500 平臺(tái)測(cè) 8 個(gè)個(gè)體，每個(gè)樣品平均產(chǎn)出 6.65Gb 數(shù)據(jù)，各 Q20 均大于 95%，Q30 均大于 87%，樣品對(duì)比基因組的平均比對(duì)率為 73.86%對(duì)基因集的平均比對(duì)率為 46.65%，各樣品的質(zhì)控結(jié)果和基因組比對(duì)率見表 表 2-5 轉(zhuǎn)錄組映射結(jié)果Table 2-5 Transcriptome mapping statistics analysisSampleTotal rawTotal CleanTotalCleanCleanReadsCleanReadsCleanReadsTotalMappingUniqMap

【參考文獻(xiàn)】：
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本文編號(hào)：3557330