橫紋肌肉瘤中融合基因陽(yáng)性和陰性細(xì)胞功能學(xué)及差異miRNA生物信息學(xué)分析
發(fā)布時(shí)間:2021-11-10 00:14
目的比較橫紋肌肉瘤(RMS)融合基因陽(yáng)性和陰性細(xì)胞的生物學(xué)行為,結(jié)合生物信息學(xué)分析差異miRNA,并在RMS細(xì)胞中驗(yàn)證篩選差異miRNA的表達(dá)。方法分別利用CCK-8、Transwell、流式細(xì)胞術(shù)檢測(cè)RMS中融合基因陽(yáng)性RH30細(xì)胞和融合基因陰性RD及PLA-802細(xì)胞的增殖、侵襲、遷移和凋亡能力;利用GEO2R分析融合基因陽(yáng)性和陰性細(xì)胞的差異miRNA;利用Sangerbox繪制差異miRNA火山圖,運(yùn)用qRT-PCR驗(yàn)證篩選的差異miRNA。結(jié)果 RD細(xì)胞的增殖能力高于RH30細(xì)胞和PLA-802細(xì)胞(P<0.05)。RH30細(xì)胞的侵襲、遷移和抗凋亡能力高于PLA-802細(xì)胞和RD細(xì)胞(P<0.05);鹕綀D結(jié)果顯示上調(diào)miRNA(紅色)多于下調(diào)miRNA(綠色)(P<0.05)。根據(jù)|log2FC|>3,P<0.05篩選得到12個(gè)差異miRNA(上調(diào)miRNA:miR-1、let-7d-5p和let-7b-5p,下調(diào)miRNA:miR-196a-5p、miR-455-3p、miR-21-5p、miR-193a-3p、miR-2...
【文章來源】:安徽醫(yī)科大學(xué)學(xué)報(bào). 2020,55(12)北大核心
【文章頁(yè)數(shù)】:5 頁(yè)
【部分圖文】:
3株RMS細(xì)胞系的遷移和侵襲能力
3株細(xì)胞系的細(xì)胞增殖能力
在RH30細(xì)胞、PLA-802細(xì)胞、RD細(xì)胞中利用qRT-PCR檢測(cè)篩選出的12個(gè)差異miRNA,結(jié)果顯示miR-1(F=28.908,PRD=0.001,PPLA-802=0.000),let-7d-5p(F=187.469,PRD=0.000,PPLA-802=0.000)和let-7b-5p(F=2920.115,PRD=0.000,PPLA-802=0.000)在融合基因陽(yáng)性RH30細(xì)胞中表達(dá)高于融合基因陰性PLA-802細(xì)胞和RD細(xì)胞(圖5);miR-196a-5p(F=98.196,PRD=0.000,PPLA-802=0.001),miR-455-3p(F=8.773,PRD=0.006,PPLA-802=0.040),miR-21-5p(F=187.469,PRD=0.000,PPLA-802=0.000),miR-193a-3p(F=87.856,PRD=0.000,PPLA-802=0.002),miR-29b-3p (F=16.142,PRD=0.001,PPLA-802=0.044),miR-29a-3p(F=16.573,PRD=0.006,PPLA-802=0.002),miR-100-5p(F=13.040,PRD=0.002,PPLA-802=0.038),miR-222-3p(F=53.234,PRD=0.000,PPLA-802=0.003)和miR-221-3p(F=48.550,PRD=0.000,PPLA-802=0.003)在融合基因陰性RD細(xì)胞和PLA-802細(xì)胞中表達(dá)高于融合基因陽(yáng)性RH30細(xì)胞(圖5)。上述結(jié)果與生物信息學(xué)分析結(jié)果一致。圖4 火山圖分析差異miRNA
本文編號(hào):3486182
【文章來源】:安徽醫(yī)科大學(xué)學(xué)報(bào). 2020,55(12)北大核心
【文章頁(yè)數(shù)】:5 頁(yè)
【部分圖文】:
3株RMS細(xì)胞系的遷移和侵襲能力
3株細(xì)胞系的細(xì)胞增殖能力
在RH30細(xì)胞、PLA-802細(xì)胞、RD細(xì)胞中利用qRT-PCR檢測(cè)篩選出的12個(gè)差異miRNA,結(jié)果顯示miR-1(F=28.908,PRD=0.001,PPLA-802=0.000),let-7d-5p(F=187.469,PRD=0.000,PPLA-802=0.000)和let-7b-5p(F=2920.115,PRD=0.000,PPLA-802=0.000)在融合基因陽(yáng)性RH30細(xì)胞中表達(dá)高于融合基因陰性PLA-802細(xì)胞和RD細(xì)胞(圖5);miR-196a-5p(F=98.196,PRD=0.000,PPLA-802=0.001),miR-455-3p(F=8.773,PRD=0.006,PPLA-802=0.040),miR-21-5p(F=187.469,PRD=0.000,PPLA-802=0.000),miR-193a-3p(F=87.856,PRD=0.000,PPLA-802=0.002),miR-29b-3p (F=16.142,PRD=0.001,PPLA-802=0.044),miR-29a-3p(F=16.573,PRD=0.006,PPLA-802=0.002),miR-100-5p(F=13.040,PRD=0.002,PPLA-802=0.038),miR-222-3p(F=53.234,PRD=0.000,PPLA-802=0.003)和miR-221-3p(F=48.550,PRD=0.000,PPLA-802=0.003)在融合基因陰性RD細(xì)胞和PLA-802細(xì)胞中表達(dá)高于融合基因陽(yáng)性RH30細(xì)胞(圖5)。上述結(jié)果與生物信息學(xué)分析結(jié)果一致。圖4 火山圖分析差異miRNA
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