金色鏈霉菌Streptomyces aureofaciens DM-1是去甲基金霉素的高產(chǎn)菌株。通過Genome Sequencer FLX系統(tǒng)進行測序,得到一條完整的線性基因組序列,長度為6 824 334 bp,GC含量為72.6%。結(jié)合軟件glimmer 3.02、Genemark和Z-Curveprogram進行基因預測,最終在其基因組中鑒定出6431個基因。應用AntiSMASH軟件預測其基因組中存在28個次級代謝生物合成基因簇,其中包含了去甲基金霉素生物合成基因簇。其中甲基轉(zhuǎn)移酶CtcK因移碼突變提前終止翻譯,很可能是去甲基金霉素相對金霉素（CTC）缺失一個甲基的根本原因。研究結(jié)果為S. aureofaciens DM-1的功能基因組學和去甲基金霉素高產(chǎn)菌株育種提供了研究基礎(chǔ)。 

【文章來源】：生物工程學報. 2020,36(12)北大核心CSCD

【文章頁數(shù)】：10 頁

【文章目錄】：
1 材料與方法
    1.1 設(shè)備與試劑
    1.2 基因組DNA的提取
    1.3 基因組測序及組裝
    1.4 基因功能注釋及蛋白同源性分析
    1.5 次級代謝產(chǎn)物合成基因簇分析
    1.6 S.aureofaciens DM-1的去甲基金霉素合成基因簇及與CTC合成基因簇比較分析
2 結(jié)果與分析
    2.1 基因組DNA的提取
    2.2 基因組測序及組裝
    2.3 基因功能注釋及蛋白同源性分析
    2.4 次級代謝產(chǎn)物合成基因簇分析
    2.5 S.aureofaciens DM-1的去甲基金霉素合成基因簇及與CTC合成基因簇比較分析
3 討論


【參考文獻】：
期刊論文
[1]金霉素生物合成基因ctcK的研究[J]. 林龍鎮(zhèn),萬云鳳,洪文榮.  湖南師范大學自然科學學報. 2017(01)
[2]Actinoplanes sp.N902-109全基因組序列測定及分析[J]. 黃鶴,蘆現(xiàn)杰,胡海峰.  中國抗生素雜志. 2015(03)

碩士論文
[1]金霉素結(jié)構(gòu)功能基因研究[D]. 林龍鎮(zhèn).福州大學 2016



本文編號：3478239