發(fā)布時(shí)間：2021-11-03 13:11

　　目的:表觀遺傳學(xué)改變包括DNA甲基化、組蛋白修飾、RNA調(diào)控和染色質(zhì)重塑等,可以通過影響基因突變、表達(dá)調(diào)控、細(xì)胞增殖等調(diào)節(jié)基因轉(zhuǎn)錄活性和表達(dá)。抑癌基因啟動子區(qū)高甲基化導(dǎo)致基因失活是表觀遺傳變異的重要機(jī)制之一,與腫瘤發(fā)生、發(fā)展密切相關(guān)。多項(xiàng)研究報(bào)道抑癌基因如P16、RASSF1A、Runx3、PCDH10、hMLH1等啟動子區(qū)甲基化與基因表達(dá)沉默密切相關(guān),參與胃癌發(fā)生及進(jìn)展。目前,用于差異性甲基化、差異性表達(dá)基因篩選的方法有多種,其中生物信息學(xué)分析是利用應(yīng)用數(shù)學(xué)、信息學(xué)、統(tǒng)計(jì)學(xué)和計(jì)算機(jī)科學(xué)的方法研究生物學(xué)問題。相較于基礎(chǔ)生物研究,生物信息學(xué)研究是在全基因組研究基礎(chǔ)上得到的數(shù)據(jù)結(jié)果,更為宏觀�；蛐酒ㄓ址QDNA芯片、生物芯片）是生物信息學(xué)分析主要的媒介工具,測序原理為雜交測序方法。其中,甲基化芯片使全基因組甲基化分析成為可能,基因表達(dá)譜芯片則可以分析全基因組中腫瘤相關(guān)差異表達(dá)基因。以往利用基因芯片進(jìn)行的研究,通常只是單一的甲基化譜或基因表達(dá)譜分析,或僅聚焦于某一個(gè)基因的甲基化與表達(dá)間關(guān)聯(lián)分析,而將二者相結(jié)合并經(jīng)一致性分析并驗(yàn)證,則有望明確胃癌發(fā)生發(fā)展過程中真正受甲基化調(diào)控的基因,并以此為... 

【文章來源】：中國醫(yī)科大學(xué)遼寧省

【文章頁數(shù)】：51 頁

【學(xué)位級別】：碩士

【部分圖文】：

.2差異甲基化-差異表達(dá)基因富集分析3.1差異甲基化-差異表達(dá)基因篩選

hsa05212 Pancreatic cancer 化-差異表達(dá)基因蛋白相互作用網(wǎng)絡(luò)構(gòu)建和核心基異基因提交到 STRING 數(shù)據(jù)庫后，在高甲基化低表在 650 個(gè)相互作用關(guān)系，另外在低甲基化高表達(dá)基相互作用關(guān)系。差異基因的蛋白相互作用網(wǎng)絡(luò)圖見網(wǎng)絡(luò)中，我們使用 centiscape 篩選網(wǎng)絡(luò)中的連接數(shù)甲基化低表達(dá)基因組中，前 10 核心基因?yàn)椋衡}感趨化因子配體 12（CXCL12），雌激素受體 1（ES，神經(jīng)介肽 U 受體 1（NMUR1），生長抑素（SS亡調(diào)節(jié)因子 Bcl-2（BCL2），鳥嘌呤核苷酸結(jié)合蛋白AS）和 cAMP 依賴性蛋白激酶催化亞基 β（PRKAC，沒有蛋白之間的連接數(shù)大于 10。

圖 3.3 低甲基化高表達(dá)基因的蛋白相互作用網(wǎng)絡(luò)圖析CODE 插件，我們對相互作用網(wǎng)絡(luò)進(jìn)行分析，得到達(dá)組我們得到 9 組模型，而在低甲基化高表達(dá)組得基化地表達(dá)組進(jìn)行富集分析（圖 3.4），其中模型 體活性和神經(jīng)受體-配體相互作用相關(guān)。模型 3 主要鉀通道活性相關(guān)。在低甲基化高表達(dá)組中的富集分導(dǎo)途徑相關(guān)（圖 3.5）。

【參考文獻(xiàn)】：
期刊論文
[1]Hypermethylation of TGF-β1 gene promoter in gastric cancer[J]. Yong-Qi Wang,Yu-Min Li,Xun Li,Tao Liu,Xiao-Kang Liu,Jun-Qiang Zhang,Ju-Wu Guo,Ling-Yun Guo,Liang Qiao.  World Journal of Gastroenterology. 2013(33)
[2]CpG island methylator phenotype and Helicobacter pylori infection associated with gastric cancer[J]. Ji-Bin Liu,Xu-Ming Wu,Jin Cai,Jin-Ye Zhang,Jin-Lin Zhang,Min-Xin Shi,Fu-Lin Qiang,Tumor Institute,Nantong Tumor Hospital,Nantong 226361,Jiangsu Province,China Shu-Hui Zhou,School of Radiology and Public Health,Soochow University,Suzhou 215123,Jiangsu Province,China.  World Journal of Gastroenterology. 2012(36)
[3]Carcinoma of the stomach: A review of epidemiology, pathogenesis, molecular genetics and chemoprevention[J]. Siddavaram Nagini.  World Journal of Gastrointestinal Oncology. 2012(07)
[4]p16 promoter hypermethylation:A useful serum marker for early detection of gastric cancer[J]. Mohammad Reza Abbaszadegan,Omeed Moaven,Hamid Reza Sima,Kamran Ghafarzadegan,Azadeh A’rabi,Mohammad Naser Forghani,Hamid Reza Raziee,Ali Mashhadinejad,Mostafa Jafarzadeh,Ehsan Esmaili-Shandiz,Ezzat Dadkhah.  World Journal of Gastroenterology. 2008(13)



本文編號：3473745