莫荷羅非魚(yú)“廣福1號(hào)”為莫桑比克羅非魚(yú)與荷那龍羅非魚(yú)的雜交種,與親本相比,在鹽堿脅迫調(diào)控方面具有明顯的雜種優(yōu)勢(shì)。本研究在轉(zhuǎn)錄組測(cè)序的基礎(chǔ)上分析了莫荷羅非魚(yú)鰓組織中miRNA與mRNA表達(dá)譜,并從中篩選出顯著差異表達(dá)的miRNA-mRNA對(duì),分析其在堿脅迫下莫荷羅非魚(yú)及雜交親本中的表達(dá)特征,初步了解所篩選出的差異表達(dá)的miRNA-mRNA對(duì)在堿脅迫下的調(diào)控功能。本研究結(jié)果為羅非魚(yú)堿脅迫下的miRNA及mRNA的表達(dá)調(diào)控機(jī)制以及羅非魚(yú)耐鹽堿分子遺傳機(jī)理的研究提供了重要的研究資料。1.堿脅迫下莫荷羅非魚(yú)miRNA文庫(kù)構(gòu)建及生物信息學(xué)分析以莫荷羅非魚(yú)為研究對(duì)象,取堿脅迫（濃度為4 g/L）24 h的莫荷羅非魚(yú)鰓組織（堿度0%為對(duì)照組）進(jìn)行miRNA轉(zhuǎn)錄組測(cè)序,實(shí)驗(yàn)設(shè)三個(gè)重復(fù)（A4、A5、A6）,每個(gè)重復(fù)為6尾魚(yú)。構(gòu)建堿脅迫下莫荷羅非魚(yú)鰓組織miRNA表達(dá)譜文庫(kù),并利用生物信息學(xué)的手段分析測(cè)序結(jié)果。結(jié)果顯示:在A4、A5、A6中分別發(fā)現(xiàn)180、185、186個(gè)已知miRNA,790、392、515個(gè)新miRNA;與對(duì)照組相比,在堿處理組中共篩選出41個(gè)顯著上調(diào)的miRNA,42個(gè)顯著下調(diào)的miR... 

【文章來(lái)源】：上海海洋大學(xué)上海市

【文章頁(yè)數(shù)】：106 頁(yè)

【學(xué)位級(jí)別】：碩士

【部分圖文】：

miRNA序列長(zhǎng)度分布

圖 1-2 各樣本中非編碼 RNA 分布及注釋(a-A4, b-A5, c-A6, d-C1, e-C5, f-C6)Fig.1-2 The distribution and annotation statistics of non-coding RNAin each samples. (a-A4, b-A5,c-A6, d-C1, e-C5, f-C6)2.3 已知 miRNA 的注釋及新 miRNA 的預(yù)測(cè)通過(guò) miRDeep2 對(duì)所獲得的序列與參考基因組進(jìn)行比對(duì)分析發(fā)現(xiàn)，在堿脅迫處理組(堿度：4 g/L) A4、A5、A6 中分別發(fā)現(xiàn)了 180、185、186 個(gè)已知 miRNA，789、391、515 個(gè)新 miRNA。在對(duì)照組(堿度：0%) C1、C5、C6 中分別發(fā)現(xiàn)了 186、182、180 個(gè)已知 miRNA，379、326、350 個(gè)新 miRNA(表 1-7)。對(duì)注釋到的已知 miRNA進(jìn)行分析發(fā)現(xiàn)，miRNA-21、miRNA-143、miRNA-203a-3p、miRNA-203-5p、miRNA-22a-5p、miRNA-181a-5p 等已知 miRNA 均大量存在(圖 1-3)。miRNA 家族分析結(jié)果發(fā)現(xiàn)已知 miRNA 共注釋到包括 let-7、miR-1、miR-133、miR-100、miR-9、miR-21、miR-133 在內(nèi)的共 109 個(gè)家族。

上海海洋大學(xué)碩士學(xué)位論文表 1-7 各樣本已知 miRNA 與新 miRNA 數(shù)量統(tǒng)計(jì)Tab.1-7 The number of known miRNAs and novel miRNAs in each samples樣品Sample已知 miRNA 數(shù)量Number of knownmiRNA新 miRNA 數(shù)量Number of novelmiRNAA4 180 789A5 185 391A6 186 515C1 186 379C5 182 326C6 180 350

【參考文獻(xiàn)】：
期刊論文
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博士論文
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碩士論文
[1]羅非魚(yú)耐鹽堿相關(guān)基因AQP1、mTOR克隆和表達(dá)特征分析[D]. 李茜茜.上海海洋大學(xué) 2016
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本文編號(hào)：3394296