花鱸病毒感染后qPCR內(nèi)參基因的篩選與應(yīng)用
發(fā)布時間：2021-09-11 21:38
在開展花鱸（Lateolabrax maculatus）抗病毒飼料評價而采用qPCR進行病毒增殖以及免疫基因表達分析中需要首先確定病毒感染后穩(wěn)定的內(nèi)參基因。本研究選取12個組織/細胞（中腸、肌肉、胃、腦、心、肝、鰓、頭腎、后腎、胸鰭、脾和花鱸腎細胞）,采用qPCR方法檢測花鱸虹彩病毒（Lateolabrax maculatus iridovirus,LMIV）感染前后RNAPoLⅡ、HPRT、TUBA、ACTB、18S rRNA、B2M、RPL7及EF1A8個基因的Ct值,采用GeNorm、NormFinder、BestKeeper軟件評估內(nèi)參基因表達的穩(wěn)定性。以篩選的內(nèi)參基因為基礎(chǔ)建立qPCR方法,在LMIV感染花鱸腎細胞系10、24、48、72、96、120 h后對病毒ORF92R、基因進行表達分析。GeNorm軟件結(jié)果表明8個候選內(nèi)參基因在感染LMIV后的花鱸不同組織/細胞中的表達穩(wěn)定性為:RNAPoLⅡ=HPRT>RPL7>TUBA>ACTB>18SrRNA>B2M>EF1A。NormFinder軟件結(jié)果顯示18S rRNA在對照組花鱸不同組...
【文章來源】：飼料工業(yè). 2020,41(24)北大核心
【文章頁數(shù)】：9 頁
【部分圖文】：
攻毒組和對照組花鱸脾LMIV檢測電泳圖
Ge Norm分析顯示8個候選基因在正常花鱸不同組織/細胞中表達穩(wěn)定性為：RNAPo LⅡ=RPL7>18S r RNA>HPRT>ACTB>B2M>TUBA>EF1A，其中RNAPo LⅡ和RPL7是表達最穩(wěn)定的內(nèi)參基因；攻毒后8個內(nèi)參基因表達穩(wěn)定性為：RNAPo LⅡ=HPRT>RPL7>TUBA>ACTB>18S r RNA>B2M>EF1A，其中RNAPo LⅡ和HPRT的M值最小，是最穩(wěn)定的內(nèi)參基因，EF1A表達穩(wěn)定性最差(圖3A)；根據(jù)配對變異Vn/n+1值可以篩選多個內(nèi)參基因，最小配對變異值V2/3>0.15，且V3/4<0.15，因此選取3個內(nèi)參基因(圖4)；因此在LMIV感染后選取3個內(nèi)參基因(圖4A)，即RNAPo LⅡ、RPL7及HPRT。2.3.2 NormFinder軟件分析
Best Keeper軟件分析結(jié)果表明攻毒組中，TUBA、ACTB、18S r RNA、B2M、EF1A基因的SD>1，均不適合作為內(nèi)參基因使用，對照組中HPRT、TUBA、ACTB、B2M、EF1A基因的SD>1，也不適合作為內(nèi)參基因。8個內(nèi)參基因在攻毒后花鱸不同組織/細胞中RPL7的SD值最小（0.68);18S r RNA在對照組中SD值最�。�0.66）（表4）。圖4 Vn/n+1比值分析
【參考文獻】：
期刊論文
[1]達氏鱘實時熒光定量PCR內(nèi)參基因的篩選[J]. 武夢斌,葉歡,岳華梅,阮瑞,杜浩,周從利,向浩,李創(chuàng)舉. 中國水產(chǎn)科學. 2020(07)
[2]真鯛虹彩病毒引起養(yǎng)殖斑石鯛大規(guī)模死亡的研究[J]. 王海波,史成銀,謝國駟,劉冉陽,任寧欣. 漁業(yè)科學進展. 2020(04)
[3]飼料中添加復(fù)合芽孢桿菌對凡納濱對蝦抗病毒感染能力及抗病基因表達的影響[J]. 孫博超,楊運楷,李玉宏,宋曉玲,黃倢. 漁業(yè)科學進展. 2019(03)
[4]利用geNorm、NormFinder和BestKeeper軟件進行內(nèi)參基因穩(wěn)定性分析的方法[J]. 吳建陽,何冰,杜玉潔,李偉才,魏永贊. 現(xiàn)代農(nóng)業(yè)科技. 2017(05)
[5]我國花鱸養(yǎng)殖產(chǎn)業(yè)現(xiàn)狀與種子工程研究進展[J]. 溫海深,張美昭,李吉方,何峰,李昀. 漁業(yè)信息與戰(zhàn)略. 2016(02)
[6]β-葡聚糖對花鱸免疫和抗氧化指標的影響[J]. 曹俊明,吳春玉,黃燕華,王國霞,趙紅霞,莫文艷,齊飛,伏櫪龍. 水產(chǎn)科學. 2015(01)
[7]水產(chǎn)動物的病毒基因組及其病毒與宿主的相互作用[J]. 張奇亞,桂建芳. 中國科學:生命科學. 2014(12)
[8]飼料中添加益生菌對凡納濱對蝦（Litopenaeus vannamei）非特異免疫基因表達量和抗病力的影響[J]. 孫艷,劉飛,宋曉玲,麥康森,李玉宏,黃倢. 海洋與湖沼. 2012(04)
[9]熒光定量PCR技術(shù)在分子檢測上的研究進展[J]. 李安,謝金文,魏加貴,沈志強. 中國畜牧獸醫(yī). 2009(04)
[10]核糖體蛋白L7A在骨肉瘤組織中的表達及臨床意義[J]. 鄭水兒,林峰,沈贊,湯麗娜,姚陽. 中國癌癥雜志. 2009(02)
碩士論文
[1]枯草芽孢桿菌對櫻桃谷肉鴨增重、先天性免疫應(yīng)答及抗病力的影響[D]. 郝光恩.山東農(nóng)業(yè)大學 2018
本文編號：3393764
【文章來源】：飼料工業(yè). 2020,41(24)北大核心
【文章頁數(shù)】：9 頁
【部分圖文】：
攻毒組和對照組花鱸脾LMIV檢測電泳圖
Ge Norm分析顯示8個候選基因在正常花鱸不同組織/細胞中表達穩(wěn)定性為：RNAPo LⅡ=RPL7>18S r RNA>HPRT>ACTB>B2M>TUBA>EF1A，其中RNAPo LⅡ和RPL7是表達最穩(wěn)定的內(nèi)參基因；攻毒后8個內(nèi)參基因表達穩(wěn)定性為：RNAPo LⅡ=HPRT>RPL7>TUBA>ACTB>18S r RNA>B2M>EF1A，其中RNAPo LⅡ和HPRT的M值最小，是最穩(wěn)定的內(nèi)參基因，EF1A表達穩(wěn)定性最差(圖3A)；根據(jù)配對變異Vn/n+1值可以篩選多個內(nèi)參基因，最小配對變異值V2/3>0.15，且V3/4<0.15，因此選取3個內(nèi)參基因(圖4)；因此在LMIV感染后選取3個內(nèi)參基因(圖4A)，即RNAPo LⅡ、RPL7及HPRT。2.3.2 NormFinder軟件分析
Best Keeper軟件分析結(jié)果表明攻毒組中，TUBA、ACTB、18S r RNA、B2M、EF1A基因的SD>1，均不適合作為內(nèi)參基因使用，對照組中HPRT、TUBA、ACTB、B2M、EF1A基因的SD>1，也不適合作為內(nèi)參基因。8個內(nèi)參基因在攻毒后花鱸不同組織/細胞中RPL7的SD值最小（0.68);18S r RNA在對照組中SD值最�。�0.66）（表4）。圖4 Vn/n+1比值分析
【參考文獻】：
期刊論文
[1]達氏鱘實時熒光定量PCR內(nèi)參基因的篩選[J]. 武夢斌,葉歡,岳華梅,阮瑞,杜浩,周從利,向浩,李創(chuàng)舉. 中國水產(chǎn)科學. 2020(07)
[2]真鯛虹彩病毒引起養(yǎng)殖斑石鯛大規(guī)模死亡的研究[J]. 王海波,史成銀,謝國駟,劉冉陽,任寧欣. 漁業(yè)科學進展. 2020(04)
[3]飼料中添加復(fù)合芽孢桿菌對凡納濱對蝦抗病毒感染能力及抗病基因表達的影響[J]. 孫博超,楊運楷,李玉宏,宋曉玲,黃倢. 漁業(yè)科學進展. 2019(03)
[4]利用geNorm、NormFinder和BestKeeper軟件進行內(nèi)參基因穩(wěn)定性分析的方法[J]. 吳建陽,何冰,杜玉潔,李偉才,魏永贊. 現(xiàn)代農(nóng)業(yè)科技. 2017(05)
[5]我國花鱸養(yǎng)殖產(chǎn)業(yè)現(xiàn)狀與種子工程研究進展[J]. 溫海深,張美昭,李吉方,何峰,李昀. 漁業(yè)信息與戰(zhàn)略. 2016(02)
[6]β-葡聚糖對花鱸免疫和抗氧化指標的影響[J]. 曹俊明,吳春玉,黃燕華,王國霞,趙紅霞,莫文艷,齊飛,伏櫪龍. 水產(chǎn)科學. 2015(01)
[7]水產(chǎn)動物的病毒基因組及其病毒與宿主的相互作用[J]. 張奇亞,桂建芳. 中國科學:生命科學. 2014(12)
[8]飼料中添加益生菌對凡納濱對蝦（Litopenaeus vannamei）非特異免疫基因表達量和抗病力的影響[J]. 孫艷,劉飛,宋曉玲,麥康森,李玉宏,黃倢. 海洋與湖沼. 2012(04)
[9]熒光定量PCR技術(shù)在分子檢測上的研究進展[J]. 李安,謝金文,魏加貴,沈志強. 中國畜牧獸醫(yī). 2009(04)
[10]核糖體蛋白L7A在骨肉瘤組織中的表達及臨床意義[J]. 鄭水兒,林峰,沈贊,湯麗娜,姚陽. 中國癌癥雜志. 2009(02)
碩士論文
[1]枯草芽孢桿菌對櫻桃谷肉鴨增重、先天性免疫應(yīng)答及抗病力的影響[D]. 郝光恩.山東農(nóng)業(yè)大學 2018
本文編號：3393764
本文鏈接：http://www.sikaile.net/kejilunwen/jiyingongcheng/3393764.html
最近更新
教材專著
