非同義單核苷酸多態(tài)性（Non-synonymous Single Nucleotide Polymorphisms,nsSNPs）可改變氨基酸的序列,形成單氨基酸多態(tài)性（Single Amino acid Polymorphisms,SAPs）并導(dǎo)致蛋白功能的改變。盡管?chē)?guó)內(nèi)外研究已經(jīng)預(yù)測(cè)了許多潛在與磷酸化/激酶相關(guān)的單氨基酸多態(tài)性（phosphorylation related SAPs,pSAPs）位點(diǎn),但目前這些預(yù)測(cè)的pSAPs蛋白序列還基本未驗(yàn)證過(guò),且它們的特征和功能的研究并不充分。本研究從多角度系統(tǒng)挖掘了pSAPs及它們的編碼基因表達(dá)特征及功能作用。根據(jù)先前通過(guò)質(zhì)譜數(shù)據(jù)驗(yàn)證過(guò)的SAPs和已知的磷酸化信息,我們鑒定到了847個(gè)高可信度的pSAPs,其中涉及到814個(gè)不同的變異蛋白。這些pSAPs具有690個(gè)編碼基因,而且這些基因在GTEx（Genotype-Tissue Expression）數(shù)據(jù)集中的27種不同正常組織中廣泛表達(dá),其中一部分在特定的組織中顯著富集高表達(dá)。接著,我們探索了pSAPs影響蛋白磷酸化修飾的方式,并系統(tǒng)分析pSAPs變異對(duì)蛋白功能的影響,結(jié)果顯示90%的... 

【文章來(lái)源】：華東師范大學(xué)上海市 211工程院校 985工程院校 教育部直屬院校

【文章頁(yè)數(shù)】：107 頁(yè)

【學(xué)位級(jí)別】：碩士

【部分圖文】：

研究策略及流程

是找到文本的位置，在該位置給出現(xiàn)給定的模式，允許匹配中出現(xiàn)有限數(shù)量的。這些錯(cuò)誤是生物學(xué)家知道的遺傳序列中常見(jiàn)的操作。兩個(gè)序列之間的距離被為將一個(gè)序列轉(zhuǎn)換成另一個(gè)序列的最小操作序列。兩個(gè)序列之間的比對(duì)只是每列的字符之間的配對(duì)匹配。成對(duì)序列比對(duì)分析通過(guò)搜索得分最高的比對(duì)來(lái)評(píng)判兩個(gè)序列的相似性�；谝�(guī)劃方法的成對(duì)序列分析有兩種對(duì)齊方式：1 ）全局對(duì)齊：嘗試對(duì)齊每個(gè)序列中的每個(gè)剩余部分，當(dāng)查詢(xún)集中的序列相似大小大致相等時(shí)，這種對(duì)齊方式最有用。Needleman 和 Wunsch 是第一個(gè)提出規(guī)劃算法的人[33]，該算法可以找到兩個(gè)氨基酸序列之間的全局對(duì)齊。2 ）局部對(duì)齊：對(duì)于懷疑在其較大序列上下文中包含相似區(qū)域的不同序列更有。Smith 和 Waterman[34]引入了一種新的算法，該算法采用了不同的評(píng)分相似法，目的是以全局評(píng)分為代價(jià)來(lái)尋找最佳的局部比對(duì)。

python2.7 實(shí)現(xiàn)了蛋白質(zhì)氨基酸序列比對(duì)的算法。人們?cè)缇椭澜Y(jié)構(gòu)信息比其基礎(chǔ)序列對(duì)應(yīng)物更具彈性[36]。序列匹配的原理相當(dāng)簡(jiǎn)單，利用 SAP（周?chē)?#177;7 個(gè)氨基酸殘基）序列與PhosphoSitePlus（2018.11.16）中的磷酸化位點(diǎn)/激酶結(jié)合區(qū)域序列，通過(guò)成對(duì)比對(duì)算法來(lái)構(gòu)建搜索 pSAPs 的算法（圖 2-2）。通過(guò)這種方式，可以無(wú)縫地組合序列比配算法，處理缺少或者對(duì)齊的情況，特別適合用于匹配變異肽段或者突變基因序列。組合磷酸化位點(diǎn)和激酶結(jié)合區(qū)域的幾個(gè)替代結(jié)構(gòu)對(duì)準(zhǔn)器的解決方案也提供了一種方便的方法，來(lái)客觀地解決基于替代結(jié)構(gòu)的序列比對(duì)模型時(shí)產(chǎn)生的困難。在這種情況下，基于一致性的方法可以識(shí)別所有考慮的方法中最佳匹配的變異肽段。

【參考文獻(xiàn)】：
碩士論文
[1]SAPs對(duì)蛋白質(zhì)功能影響特征分析及性能評(píng)估[D]. 龔小龍.華中科技大學(xué) 2011



本文編號(hào)：3366932