背景和目的:在全球范圍內(nèi),肝癌已經(jīng)成為最常見(jiàn)的惡性腫瘤之一。而中國(guó)的肝癌的發(fā)病人數(shù)居于世界肝癌患病人數(shù)的前列。通過(guò)以往的研究得知,與肝癌發(fā)生發(fā)展的因素很多,主要包括慢性肝炎病毒的感染、長(zhǎng)期大量飲酒和食用了受到黃曲霉毒素污染的食物等。然而,我們中國(guó)主要以慢性乙型肝炎病毒感染為主。今年來(lái),腫瘤的免疫廣泛收到關(guān)注,并且,免疫治療在多種癌癥治療中獲得了不錯(cuò)的療效。目前晚期肝癌的治療手段有限,而肝臟作為一種特殊的免疫器官,因而,我們希望找到潛在的、有效的肝癌的免疫治療模式。因此我們?yōu)榱诉M(jìn)一步深入的探索肝癌的免疫基因組,有助于發(fā)現(xiàn)與改善肝癌患者預(yù)后的免疫基因。而TCGA項(xiàng)目提供了大量HCC樣本表達(dá)譜數(shù)據(jù),結(jié)合與之匹配的臨床信息,可以全面的進(jìn)行HCC相關(guān)的免疫基因組學(xué)研究。方法:基于TCGA數(shù)據(jù)庫(kù),我們下載并且整合了具有完整臨床信息的263名HCC患者的RNA數(shù)據(jù)和與之匹配的隨訪信息。通過(guò)limma包計(jì)算并確定了HCC差異表達(dá)的基因,結(jié)合在線免疫數(shù)據(jù)庫(kù)IMMPORT篩選了與HCC的IRGs。隨后進(jìn)一步通過(guò)進(jìn)行GO和KEGG功能富集分析,探索HCC的免疫相關(guān)基因的生物學(xué)功能。結(jié)合臨床隨訪信息,通過(guò)單因... 

【文章來(lái)源】：青島大學(xué)山東省

【文章頁(yè)數(shù)】：49 頁(yè)

【學(xué)位級(jí)別】：碩士

【部分圖文】：

差異表達(dá)的免疫相關(guān)基因和TF

青島大學(xué)碩士論文102IRGs的GO功能富集分析和KEGG功能富集分析通過(guò)GO功能富集分析表明，生物過(guò)程，細(xì)胞成分和分子功能中最常見(jiàn)的生物學(xué)功能是“炎癥途徑”，“炎癥反應(yīng)調(diào)節(jié)”，“分泌顆�！焙汀笆荏w活性調(diào)節(jié)”（圖2A和表格5）。對(duì)于京都基因與基因組百科全書(shū)（KEGG）途徑，“細(xì)胞因子”與“細(xì)胞因子受體”的相互作用最常見(jiàn)的功能富集作用。（圖2B和補(bǔ)表格6）圖2差異表達(dá)的免疫相關(guān)基因的基因功能富集。（A）差異表達(dá)的免疫相關(guān)基因GO富集分析，X軸顯示GO功能富集的顯著性，Y軸顯示不同GO功能富集通路。（B）差異表達(dá)的免疫相關(guān)基因KEGG富集分析，X軸顯示KEGG功能富集的顯著性，Y軸顯示不同KEGG功能富集通路。

青島大學(xué)碩士論文123確定與預(yù)后相關(guān)的免疫相關(guān)基因?yàn)榱烁纳苹颊叩念A(yù)后，我們致力于發(fā)現(xiàn)與肝癌預(yù)后相關(guān)的潛在的生物分子標(biāo)志物。通過(guò)仔細(xì)的篩查，我們最終確定了69個(gè)與肝癌預(yù)后顯著相關(guān)的免疫相關(guān)基因（前十個(gè)如表格9）。我們對(duì)預(yù)后相關(guān)的免疫相關(guān)基因進(jìn)行基因本體論（GO）功能富集分析，發(fā)現(xiàn)與前面的結(jié)果相似，這些與肝癌預(yù)后相關(guān)的免疫基因主要參與炎癥反應(yīng)的調(diào)節(jié)和體液免疫反應(yīng)（圖3A和表格7）。而細(xì)胞因子-細(xì)胞因子受體相互作用主要參與KEEG通路（圖3B和表格8）。圖3與預(yù)后相關(guān)的免疫相關(guān)基因的基因功能富集。（A）差異表達(dá)的免疫相關(guān)基因GO富集分析，X軸顯示GO功能富集的顯著性，Y軸顯示不同GO功能富集通路。（B）差異表達(dá)的免疫相關(guān)基因KEGG富集分析，X軸顯示KEGG功能富集的顯著性，Y軸顯示不同KEGG功能富集通路。

【參考文獻(xiàn)】：
期刊論文
[1]Inhibition of allogeneic T-cell response by Kupffer cells expressing indoleamine 2,3-dioxygenase[J]. Mao-Lin Yan,Yao-Dong Wang,Yi-Feng Tian,Zhi-De Lai, Lv-Nan Yan,Department of Hepatobiliary Surgery,Fujian Provincial Hospital,Fuzhou 350001,Fujian Province,China.  World Journal of Gastroenterology. 2010(05)



本文編號(hào)：3351083