狐貍具有豐富多彩的毛色,是創(chuàng)制天然彩色毛皮的最佳材料,其顏色的變化對自身對抗疾病的能力和生產性能具有重要的反映作用。狐貍酪氨酸相關蛋白1（tyrosinase related protein 1,TYRP1）基因和前黑素小體蛋白（premelanosome protein,PMEL）基因是調控狐貍毛色的主要候選基因。本研究旨在篩選調控狐貍毛色基因TYRP1和PMEL的啟動子核心區(qū)域及轉錄因子結合位點,為探究該基因的表達調控機制提供理論依據,并為狐貍毛皮品質分子育種和彩色毛皮新材料的創(chuàng)制提供思路。本研究通過全基因組測序技術,獲得了狐貍TYRP1和PMEL基因上游啟動子序列。下載EPD數據庫中人和小鼠的TYRP1和PMEL基因啟動子序列,與已知狐貍啟動子序列進行BLAST比對。發(fā)現(xiàn)狐貍TYRP1基因已知序列-866/-512（355bp）區(qū)域和-866/-508（359bp）區(qū)域與人和小鼠TYRP1基因核心啟動子序列相似度較高,分別為82%和74%。發(fā)現(xiàn)EPD數據庫中存在人的兩種PMEL基因核心啟動子序列分別比對上狐貍PMEL基因已知啟動子序列A區(qū)域-1669/-684（986 bp）和B... 

【文章來源】：河北農業(yè)大學河北省

【文章頁數】：70 頁

【學位級別】：碩士

【文章目錄】：
摘要
abstract
1 引言
    1.1 影響哺乳動物黑色素形成的基因研究現(xiàn)狀
    1.2 TYRP1基因與毛色關系的研究現(xiàn)狀
    1.3 PMEL基因與毛色關系的研究現(xiàn)狀
    1.4 狐貍TYRP1和PMEL基因與毛色關系的研究現(xiàn)狀
    1.5 啟動子研究方法
        1.5.1 真核生物啟動子結構特征
        1.5.2 真核生物啟動子研究方法
    1.6 轉錄因子結合位點的研究方法
        1.6.1 真核生物轉錄因子研究
        1.6.2 真核生物轉錄因子結合位點的研究方法
    1.7 主要研究內容和研究意義
        1.7.1 研究內容
        1.7.2 研究意義
2 材料與方法
    2.1 材料
        2.1.1 狐貍樣品采集
        2.1.2 試驗菌株來源
        2.1.3 載體和細胞種類
        2.1.4 數據分析工具
        2.1.5 主要試驗試劑及來源
        2.1.6 試驗儀器設備
    2.2 方法
        2.2.1 狐貍樣品DNA提取
        2.2.2 狐貍TYRP1基因引物設計
        2.2.3 狐貍PMEL基因引物設計
        2.2.4 基因5’側翼區(qū)的PCR擴增
        2.2.5 PCR擴增產物檢測和純化
        2.2.6 PCR擴增產物克隆載體的構建
        2.2.7 連接產物轉化和陽性克隆載體的篩選
        2.2.8 陽性質粒的小量提取
        2.2.9 陽性質粒和pGL3-Basic質粒的雙酶切和片段回收
        2.2.10 酶切目的片段的表達載體構建
        2.2.11 無內毒素陽性目的重組質粒的大量提取
        2.2.12 轉染細胞的培養(yǎng)
        2.2.13 細胞的瞬時轉染
        2.2.14 重組質�；钚詸z測與數據處理
3 結果與分析
    3.1 狐貍TYRP1和PMEL基因上游序列同源性分析
        3.1.1 狐貍TYRP1基因已知上游序列的同源性分析
        3.1.2 狐貍PMEL基因已知上游序列的同源性分析
    3.2 狐貍TYRP1和PMEL基因上游序列與EPD數據庫比對分析
        3.2.1 狐貍TYRP1基因已知上游序列比對分析結果
        3.2.2 狐貍PMEL基因已知上游序列比對分析結果
    3.3 狐貍TYRP1基因上游序列啟動子預測
        3.3.1 狐貍TYRP1基因上游序列Promoter2.0預測結果
        3.3.2 狐貍TYRP1基因上游序列Neural Network Promoter Prediction預測結果
        3.3.3 狐貍TYRP1基因上游序列GPMiner預測結果
        3.3.4 狐貍TYRP1基因上游序列MethPrimer預測結果
    3.4 狐貍PMEL基因上游序列啟動子預測
        3.4.1 狐貍PMEL基因上游序列Promoter2.0預測結果
        3.4.2 狐貍PMEL基因上游序列Neural Network Promoter Prediction預測結果
        3.4.3 狐貍PMEL基因上游序列GPMiner預測結果
        3.4.4 狐貍PMEL基因上游序列MethPrimer預測結果
    3.5 狐貍TYRP1和PMEL基因啟動子缺失片段的載體構建
        3.5.1 狐貍DNA的提取
        3.5.2 狐貍TYRP1和PMEL基因啟動子缺失片段的PCR擴增
        3.5.3 狐貍TYRP1和PMEL基因啟動子缺失片段克隆載體的構建
        3.5.4 狐貍TYRP1和PMEL基因啟動子缺失片段報告基因載體的構建
        3.5.5 狐貍TYRP1和PMEL基因啟動子缺失片段報告基因載體的測序鑒定
    3.6 狐貍TYRP1和PMEL基因啟動子缺失片段活性驗證
        3.6.1 瞬時轉染的細胞培養(yǎng)
        3.6.2 瞬時轉染的最佳條件確定
        3.6.3 狐貍TYRP1基因啟動子缺失片段細胞轉染活性分析
        3.6.4 狐貍PMEL基因啟動子缺失片段細胞轉染活性分析
    3.7 狐貍TYRP1和PMEL基因核心啟動子區(qū)的轉錄因子結合位點研究
        3.7.1 狐貍TYRP1基因核心啟動子區(qū)的轉錄因子結合位點預測
        3.7.2 狐貍PMEL基因核心啟動子區(qū)的轉錄因子結合位點預測
        3.7.3 狐貍TYRP1基因核心啟動子區(qū)突變載體的構建與活性驗證
        3.7.4 狐貍PMEL基因核心啟動子區(qū)突變載體的構建與活性驗證
4 討論
    4.1 啟動子片段擴增分析
    4.2 啟動子表達載體的構建
    4.3 細胞培養(yǎng)和轉染的影響因素
    4.4 狐貍TYRP1基因核心啟動子區(qū)域分析
    4.5 狐貍PMEL基因核心啟動子區(qū)域分析
    4.6 轉錄因子結合位點分析
5 結論
參考文獻
作者簡歷
在讀期間發(fā)表論文情況
致謝
詳細摘要


【參考文獻】：
期刊論文
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博士論文
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碩士論文
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[2]藍狐KIT、KITLG及EDNRB基因的克隆及與顯性白毛色突變的相關性分析[D]. 侯佳妮.吉林大學 2014
[3]山羊TYRP1基因序列分析及SNPs研究[D]. 鄭會芹.河北農業(yè)大學 2010



本文編號：3317060