本研究旨在分析轉(zhuǎn)錄因子DREB2A基因在不同水稻種質(zhì)中的遺傳多樣性,以期為水稻耐滲透脅迫遺傳改良提供分子工具。利用單倍型分析、系統(tǒng)進化樹、遺傳距離和密碼子偏好性分析,對85份不同類型水稻種質(zhì)中DREB2A基因的功能性核苷酸序列變異及遺傳多樣性進行了研究。共鑒定出55個核苷酸變異位點,其中12個位于編碼區(qū),43個位于非編碼區(qū);鑒定出12個DREB2A等位基因型,其中來自非洲栽培稻（Oryza glaberrima）的3個等位基因型表現(xiàn)大片段變異;根據(jù)DREB2A基因的序列變異鑒定出39個單倍型,其中33個為新單倍型;將所有單倍型分為三組（Group Ⅰ、Ⅱ和Ⅲ）,其中非洲栽培稻（Oryza glaberrima）中的10個單倍型單獨分為一組（Group Ⅲ）;系統(tǒng)進化樹、遺傳距離和密碼子偏好性分析均表明Group Ⅲ與其他兩組具有較大差異。對85份不同類型水稻種質(zhì)中DREB2A基因的序列分析表明,非洲栽培稻（Oryza glaberrima）中的DREB2A等位基因在序列變異、系統(tǒng)進化關(guān)系和密碼子偏好性方面均明顯不同于其他種質(zhì)材料中的等位基因。 

【文章來源】：中國農(nóng)學通報. 2020,36(35)

【文章頁數(shù)】：13 頁

【部分圖文】：

DREB2A基因的氨基酸多態(tài)性位點

DREB2A基因單倍型的網(wǎng)絡(luò)圖

系統(tǒng)進化分析表明（圖3),DREB2A轉(zhuǎn)錄區(qū)域的39個單倍型被劃分為3組，第I組包括Hap1-Hap8等8個單倍型，第II組包括Hap9、Hap12、Hap14-Hap16、Hap24-Hap39等21個單倍型，第III組包括Hap10、Hap11、Hap13、Hap17-Hap23等10個單倍型，這與單倍型網(wǎng)絡(luò)圖的分組結(jié)果是一致的。盡管如此，普通栽培稻(Oryza sativa)中的18個單倍型被分別劃分至第I和II組中，其中5個單倍型與7個非洲栽培稻基因滲入系及長雄野生稻(Oryza longistaminata)、南方野生稻(Oryza meridionalis)、普通野生稻(Oryza rufipogon)、尼瓦拉野生稻(Oryza nivara)、展穎野生稻(Oryza glumaepatula)等聚在第I組，另外10個單倍型則與4個非洲新稻與21個非洲栽培稻基因滲入系的單倍型聚在第II組，表明普通栽培稻(Oryza sativa)中的這兩類單倍型分組間具有較大的遺傳差異，甚至大于普通栽培稻與其近緣野生種的遺傳差異，這暗示了其可能具有不同的起源和進化途徑。不同單倍型間的遺傳距離表明，39個單倍型可以很明顯的分為3組，并與單倍型網(wǎng)絡(luò)圖和系統(tǒng)進化樹的結(jié)果一致。其中，第III組的組內(nèi)遺傳差異最大，其組內(nèi)平均遺傳遺傳距離為0.008，變幅為0～0.019；第I組次之，其組內(nèi)平均遺傳遺傳距離為0.006，變幅為0.0016～0.011；第II組的遺傳差異最小，其組內(nèi)平均遺傳遺傳距離為0.003，變幅為0～0.008。不同分組間的遺傳距離分析表明，第I、III組之間的遺傳差異最大，其組間平均遺傳距離為0.018，分別為第I、III組的3.16倍和2.26倍，變幅為0.011～0.025；第II、III組次之，其組間平均遺傳距離為0.015，分別為第II、III組的4.57倍和1.88倍，變幅為0.01～0.02；第I、II組之間的遺傳差異最小，其組間平均遺傳距離為0.01，分別為第I、II組的1.78倍和3.1倍，變幅為0.004～0.018。這也與單倍型網(wǎng)絡(luò)圖中的兩兩單倍型間差異位點的數(shù)量（與連線垂直小線段的數(shù)量）的結(jié)果一致。

【參考文獻】：
期刊論文
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本文編號：3275874