目的:乳腺癌是全世界女性中最常見(jiàn)的癌癥,也是與癌癥相關(guān)死亡的主要原因之一。在乳腺癌中,腫瘤相關(guān)巨噬細(xì)胞（Tumour-associated macrophages,TAM）可以大量存在,并且可能占腫瘤細(xì)胞總數(shù)的50%以上。有研究表明TAM與乳腺癌預(yù)后不良密切相關(guān),而且TAM會(huì)影響常規(guī)療法（如化學(xué)療法和放射療法）和免疫療法的治療效果,因此減少巨噬細(xì)胞浸潤(rùn),抑制所涉及的信號(hào)傳導(dǎo)途徑或中斷TAM與腫瘤細(xì)胞之間的相互作用可能是乳腺癌潛在的治療手段。本研究將免疫浸潤(rùn)與加權(quán)網(wǎng)絡(luò)共表達(dá)分析（Weighted Gene Co-expression Network Analysis,WGCNA）將結(jié)合,旨在找出乳腺癌TAM相關(guān)的核心節(jié)點(diǎn)基因,為乳腺癌診斷與治療提供新的思路。方法:1.乳腺癌芯片數(shù)據(jù)來(lái)源于GEO（Gene Expression Omnibus）數(shù)據(jù)庫(kù),利用R語(yǔ)言中的affy包對(duì)芯片數(shù)據(jù)標(biāo)準(zhǔn)化。將標(biāo)準(zhǔn)化的基因表達(dá)數(shù)據(jù)上傳到CIBERSORT,計(jì)算出22種浸潤(rùn)免疫細(xì)胞的相對(duì)比例作為臨床表型。2.將分析得到的浸潤(rùn)免疫細(xì)胞比例與WGCNA的基因模塊聯(lián)合分析,篩選與乳腺癌TAM相關(guān)性最高的基因模塊,... 

【文章來(lái)源】：吉林大學(xué)吉林省 211工程院校 985工程院校 教育部直屬院校

【文章頁(yè)數(shù)】：70 頁(yè)

【學(xué)位級(jí)別】：碩士

【部分圖文】：

TCGA-BRCARNAseq下載界面

第1章免疫浸潤(rùn)分析21.1材料與方法1.1.1數(shù)據(jù)來(lái)源乳腺癌數(shù)據(jù)主要來(lái)源于開(kāi)源數(shù)據(jù)庫(kù)TheCancerGenomeAtlas（TCGA）（https://portal.gdc.cancer.gov/），包括兩部分：一是乳腺癌轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)（RNAseq），包括1101個(gè)癌癥樣本和121個(gè)癌旁樣本；二是乳腺癌患者臨床數(shù)據(jù)，共有1097乳腺癌患者臨床信息．在TCGA數(shù)據(jù)庫(kù)選擇HTSeq-FPKM-UQ乳腺癌數(shù)據(jù)進(jìn)行下載，HTSeq-FPKM-UQ是經(jīng)過(guò)標(biāo)準(zhǔn)化質(zhì)量控制的，以此消除批次效應(yīng)或文庫(kù)大小帶來(lái)的差異。圖1.1、1.2分別為乳腺癌轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)和乳腺癌患者臨床信息的下載界面。圖1.1TCGA-BRCARNAseq下載界面圖1.2TCGA-BRCA臨床數(shù)據(jù)下載

第1章免疫浸潤(rùn)分析41.2分析結(jié)果1.2.1免疫細(xì)胞比例圖1.3免疫細(xì)胞比例柱狀圖，不同顏色代表22種不用免疫細(xì)胞，縱坐標(biāo)代表不同免疫細(xì)胞所占百分比，橫坐標(biāo)代表TCGA乳腺癌樣本編號(hào)。圖1.4免疫細(xì)胞比例熱圖，縱坐標(biāo)代表不同的免疫細(xì)胞在組織中所占比例，橫坐標(biāo)代表TCGA乳腺癌樣本編號(hào)。不同的免疫細(xì)胞在組織中所占比例越高，顏色越紅，type中的con代表乳腺癌癌旁組織，treat代表乳腺癌組織。


本文編號(hào)：3273112