目的:探討自噬相關基因（ATG）在舌癌發(fā)病機制中的作用,以建立一個基于ATG表達譜的舌癌患者預后預測模型。方法:基于TCGA和HADb數(shù)據庫,采用Wilcox檢驗方法確定舌癌中差異表達的ATG,COX回歸分析ATG與舌癌患者總生存率的相關性; GO、KEGG分析揭示舌癌中與自噬基因相關的信號通路和生物學過程;評價ATG與舌癌患者臨床性狀之間的關系。結果:舌癌組織和癌旁組織的ATG具有差異性表達,5個差異基因（VEGFA、ATG9B、WDR45、BAK1、VAMP3）與舌癌患者的總生存率顯著相關,可預測患者預后生存; GO、KEGG分析顯示多條關鍵自噬相關通路顯著富集,如細胞凋亡、P53信號通路、自噬功能、表皮生長因子受體酪氨酸激酶抑制劑耐藥等; ATG9B、VEGFA、WDR45等ATG與患者不同臨床病理特征具有顯著相關性。結論:VEGFA、ATG9B、WDR45、BAK1、VAMP3等差異自噬基因可預測舌癌的預后。 

【文章來源】：口腔生物醫(yī)學. 2020,11(04)

【文章頁數(shù)】：5 頁

【部分圖文】：

ATG在舌癌樣本中的差異表達

GO富集分析顯示線粒體組織的正向調控、自噬功能、凋亡線粒體改變、蛋白質膜定位等與自噬相關的通路顯著富集(P<0.05，錯誤發(fā)現(xiàn)率<0.05)。KEGG富集分析顯示細胞凋亡、P53信號通路、自噬、線粒體自噬、壞死、表皮生長因子受體(epidermal growth factor receptor,EGFR)酪氨酸激酶抑制劑抵抗等與自噬相關的通路顯著富集(P<0.05，錯誤發(fā)現(xiàn)率<0.05，圖2)。2.3 預后相關的ATG

COX回歸分析結果顯示:VEGFA、TP53INP2、ATG9B、WDR45、BAK1、ITGA3、ATI、VAMP3、MAP1LC3A等9個ATG與舌癌患者預后顯著相關，通過COX函數(shù)進行優(yōu)化，最終得到VEGFA(P=0.035)、ATG9B(P=0.012)、WDR45(P=0.010)、BAK1(P=0.048)、VAMP3(P=0.020)等5個ATG(圖3A)。根據風險值的中位值將所有樣本分為高低風險兩組，可得出不同風險組與生存率存在顯著相關性(P=1.014×10-4，圖3B);隨著風險值的增加患者死亡數(shù)量增加(圖3C);不同ATG在高低風險組具有不同程度的差異表達，ATG9B、WDR45表達量隨著風險值增加而逐漸降低，VEGFA的表達量隨著風險值增加而增加(圖3D)，提示ATG9B、WDR45可能是預后相關的低風險基因，VEGFA可能為高風險基因。2.4 與生存相關的獨立預后分析


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